HELP !!!! Petit problème d’écologie : AFC ou ACP ?

Bonjour,
Je suis actuellement en stage pro d’écologie et je suis complètement pas encadré et n’y connaît pas grand chose en stats (forcément je suis en parcours pro alors…).
En fait je travaille sur une petite expérimentation fort sympathique qui se déroule en Ardèche et qui concerne des habitats d’interêt communautaire bref des habitats fort sympathiques quoi. Il s’agit de landes (un milieu dominé par la présence d’arbustes) bien spécifiques qui ont une fâcheuse tendance à devenir trop fermée et à se faire recouvrir par la forêt. Du coup une expérimentation a été faite pour tester différents modes d’ouverture de ces landes sur plusieurs parcelles (9). Les travaux d’ouverture ont été faits entre 2006 et 2007.

Sur ces 9 parcelles on a 26 placettes de relevés de végétation (transects) qui sont suivies tous les ans depuis 2006. Il serait intéressant de voir l’impact des travaux d’ouverture réalisés entre 2006 et 2007 sur le cortège floristique de chaque type de travaux. Pour cela on m’a conseillé les stats descriptives mais le truc c’est que je vois pas trop comment faire. Déjà je me pose la question AFC ou ACP ??
Je dirai plutôt ACP vu qu’en fait mon tableau de données ressembleraient à : « en lignes » les placettes et « en colonnes » les espèces avec l’abondance de chacune. (ce qui ne ressemble pas trop à un tableau de contingence utilisé il me semble pour l’AFC si j’ai tout compris…..)
Voilà ensuite où est ce que je mets le facteur année ???? Faut-il que je mette 26*3 lignes dans mon tableau (les 26 placettes au cours des 3 années). Ou est-ce que je fais une AFC par année ??
Et après quand j’aurais obtenu ma magnifique AFC il faudra que je regarde les groupes qui se forment et que je regarde si ces groupes correspondent à un type d’ouverture ???

Dites moi ce que vous pensez que je dois faire et si mon raisonnement est juste ou foireux et surtout avez vous d’autres idées pour analyser mes données (je répète la question c’est de savoir s’il y a un impact des travaux d’ouverture sur le cortège floristique au cours des années).

Voilà merci pour vos réponses !!!
Pas évident tout ça j’espère que vous aurez compris un minimum…

Bonjour, Je ne suis pas non plus un stateux mais un écologue comme toi. Le champs des analyses est très vaste.La question AFC/ACP repose surtout ce qui se trouve à l'intersection ligne/colonne : abondance ou presence/absence ? Ton tableau est une table de contingence : une variable qualitative en ligne, les sites, et une variables qualitatives en colonne, les espèces. abondance -> plutôt ACPpresence/abence -> plutôt AFCC'est pour simplifier car on peut faire les deux. Tout dépend de ce qui a de l'importance pour toi car l'AFC donne un poids important aux espèces rares et va donc baser la typologie selon la présence ou non de ces espèces dans tes placettes. L'ACP va donner un poids important aux espèces les plus abondantes. Dans les deux cas, si une seule espèce répond particulièrement au critère alors elle va fortement influencer ton analyse (les données d'abondances sont souvent transformées en log pour contrer le problème des trop fortes abondances). Il faut que tu fasses un peu de biblio là dessus car dans ton rapport tu devras forcément expliquer tes choix et donc que tu maîtrises au moins en partie tes analyses. Pour les années, tu peux tout mettre en un seul jeu de donné et tester l'effet année dans le plan de l'analyse (AFC ou ACP) par une analyse inter-classe(between). Tu auras aussi certainement à utiliser des analyses intra qui permettent de "supprimer" un effet d'une variable pour voir l'effet d'une autre. Renseigne toi aussi là dessus. Tu pourras procéder selon la même méthodologie pour tes autres facteurs (effet placette, effet parcelle)Si tu fais trois AFC différentes, elles ne seront pas directement comparable : les plans ne sont pas les mêmes. Il existe des méthodes associées mais c'est encore autre chose. Pour un master pro, je ne pense pas que tu aies besoin de sortir l'artillerie lourde (tu pourrais aussi analser tes données via des modèles : GLM, GLMM...). Les analyses multivariées te donnent une idées d'ensemble mais sont limitées du point de vue des tests. Pour finir, je te conseillerais aussi de ne aps oublier les statistiques plus classiques type ANOVA, et aussi de prendre des mesures simples (la richesse) de ton jeu de données pour l'explorer un peu avant de te lancer dans des analyses complexes et pas toujours informatives.Nik

Bonjour,


pour compléter la réponse de Nick,la comparaison des 3 afc (ou acp, dépend de l'objectif de l'analyse) peut se faire à l'aide de méthodes multitableaux (K-tableaux).

Il y a beaucoup de documentation sur le sujet sur le site d'enseignement de biostatistique de UCBL (http://pbil.univ-lyon1.fr/R/enseignement.html).

une version STATIS-AFC a aussi été proposée par Gaertner, Chessel et al (1998). On peut également adapter des méthodes comme l'AFM (Escoffier et Pagès 1994) ou encore l'ACOM (Chessel et Hanafi 1996).


en espérant avoir aider un peu

@++

badox


REferences:

http://pbil.univ-lyon1.fr/R/enseignement.html

Chessel, D., Dufour, A. & Thioulouse, J. (2001) Méthodes K-tableaux. Biométrie et Biologie Evolutive - Université Lyon1 " Fiche de Biostatistique". Université Lyon I. http://pbil.univ-lyon1.fr/R/cours/bsc.pdf.

Chessel, D. & Bornette, G. (1997). Instabilité de descripteurs et stabilité de structures en végétation aquatique. Documentation de la programmathèque ADE-4 "Analyses multivariées et expression graphique des données environnementales". Lyon I. ftp://pbil.univ-lyon1.fr/pub/mac/ADE/ADE4/DocThemPDF/Thema5A.pdf. In.

Gaertner, J.-C., Chessel, D. and Bertrand, J., 1998. Stability of spatial structures of demersal assemblages: a multitable approach. Aqat. Liv. Resour. 11, pp. 75–85.

Escofier, B. & Pages, J. (1994) Multiple factor analysis (AFMULT package). Computational Statistics & Data Analysis, 18(1), 121-40.

Chessel, D. & Hanafi, M. (1996) Analyses de la co-inertie de K nuages de points. Revue de Statistique Appliquée, 44, 35-60.

Merci à tous les deux et en particulier à Nik pour ces réponses!!!
Pour moi ça serait plutôt l'abondance qui serait importante à analyser donc plutôt ACP (merci de m'avoir éclairé sur la différence AFC/ACP).
Mais en fait je trouve que c'est un vrai casse tête tout ça, c'est très dur de trouver une analyse qui permette de prendre en compte toutes les subtilités des données.
J'essaie de prendre différents points de vue pour savoir ce qui intéresse vraiment ceux qui me demandent les analyses (et ce qui intéresse vraiment le gestionnaire). Du coup j'en suis arrivé à la conclusion que c'est pas vraiment le cortège floristique qui nous intéresse mais plutôt la vitesse à laquelle les arbustes recouvrent le milieu et aussi l'équitabilité du peuplement. Je pense que faire des ACP pour moi serait peut-être un peu trop ambitieux (j'en ai déjà fait mais avec un logiciel facile à utiliser, si je commence avec R je crois que je suis pas sortie de l'auberge) et surtout pas forcément utile. En effet en analysant les résultats en ce moment je m'aperçois que le cortège floristique dépend surtout de la proximité des placettes (de la parcelle à laquelle elles appartiennent) et ne dépend pas trop du type de travaux.
De plus je n'ai que 27 placettes donc je ne peux pas faire d'ANOVA ou de tests paramètriques je suis obligé de faire des test non paramètriques (surtout vu le peu de répétitions que j'ai par type d'habitat et de travaux). Voilà donc ouais je peux pas trop faire de modèle gml et tout. Ou est ce que je me trompe???????
Je vais en rester au bon vieux test de comparaison de Friedman je crois enfin le test non paramètrique qui permet de comparer 3 échantillons (3 années) (c'est bien ce test là, non?), après il faut choisir la variable, je pencherais pour l'équitabilité ou l'indice de shannon.
En tous cas ca fait du bien d'échanger un peu la dessus parce que je suis vraiment seule au monde face à ces stats (mon maitre de stage n'y connait rien et mes profs sont trop occupés (on a même pas de tuteur, c'est nazzz)). Bref, si vous pouvez répondre à ces dernières petites questions.

Merci beaucoup
Bye

c'est très dur de trouver une analyse qui permette de prendre en compte toutes les subtilités des données.

Parce qu'il n'y en a pas

j'en ai déjà fait mais avec un logiciel facile à utiliser, si je commence avec R je crois que je suis pas sortie de l'auberge

cf les liens donnés par badox. La librairie ade4 est assez facile d'utilisation.

En effet en analysant les résultats en ce moment je m'aperçois que le cortège floristique dépend surtout de la proximité des placettes (de la parcelle à laquelle elles appartiennent) et ne dépend pas trop du type de travaux.

prudence...il ya peut être une interaction.

De plus je n'ai que 27 placettes

Si c'est l'histoire du n=30 qui te bloque saches qu'en pratique peu de gens l'appliquent. Ce qui compte surtout c'est l'homoscedasticité des variances pour l'ANOVA et les hypothèses associées au modèle sous-jacent.
bref le choix de l'analyse te revient suivant ta question et les données que tu veux analyser.
Je dirais juste qu'en arriver à du non paramétrique avec des données comme celles là c'est assez dommage . Ceux qui ont fait le jeu de donnée pensaient l'analyser de quelle manière ?

je pencherais pour l'équitabilité ou l'indice de shannon

Ces indices sont très loin de correspondre à ce qu'on veut bien leur attribuer. La litterature est très abondante sur le sujet et il faut bien se renseigner. Ils ont des propriétés dont peu d'écologue ont conscience et notamment parmi les gestionaires qui tirent des conclusions sur des valeurs dont ils n'ont aucune idée de la signification réelle. Que ce soit en raison de limitations statistiques et ou de signification écologiques, il faut bien savoir qu'encore à l'heure actuelle on ne sait pas mesurer une biodiversité au sens où on l'entend de manière plus ou moins conceptuelle : quand on entend partout parler de sauvegarder la biodiversité...no comment 

Mon conseil serait plutôt de regarder du côté des analyses multivariées mais après tu fais aussi comme tu le sens car c'est toi qui devra rédiger ton rapport.

En fait j'ai 27 placettes avec 19 placettes qui se trouve sur un type d'habitat particulier et 7 sur un autre. De plus, j'ai moins de 5 placettes par type de travaux. Je ne vois pas comment je pourrais utiliser l'ANOVA dans ces conditions, la variabilité entre les placettes d'un même type de travaux peut être plus grande qu'entre placettes ayant subi des travaux différents donc... Après je ne sais pas comment on regarde l'homoscedasticité des variances. Jl'ai déjà dis mais je ne m'y connais pas beaucoup en stats et du coup j'ai du mal à visualiser tout ça.

Je pense que l'indice d'équitabilité renseigne bien sur l'équitabilité du peuplement. Je le vois bien avec mes analyses, même si la diversité n'augmente pas spécialement on voit que le peuplement change à l'issue des travaux et que l'espèce dominante, cible des travaux, régresse et les herbacées en profitent pour augmenter. J'ai bien visualisé cela en faisant à chaque fois le calcul de l'équitabilité par année et le graphe du cortège floristique et ça colle bien même si on est d'accord il y a toujours des gants à prendre quand on interpréte. En attendant les indices de shannon et équitabilité sont là et sont relativement facilement accessible pour un gestionnaire (mm si ça peut être trompeur et que c pas aussi simple). Or le gestionnaire utilise ce qui existe et si les chercheurs mettaient leur savoir plus accessible ça éviterai peut-être parfois des interprétations hasardeuses. Si tu as des articles à me conseiller sur l'utilisation de ces indices dis le moi, je suis intéressée.

Merci pour ces conseils,
Bye

Bonjour,

ok, j'avais compris que tu avais 27 placettes par parcelles...
Donc là effectivement ton jeu de donnée est plus restreint que ce que je pensais. Donc effectivement pourquoi pas s'orienter vers les tests non paramètriques.
En ce qui concernen l'indice d'équitabilité : ça ne dit pas grand chose c'est un pourcentage de l'indice de shannon (si tu utilises shannon), qui lui même est une entropie et non une diversité. Je n'ai pas réellement de lecture à te conseiller alors pour me limiter et ne pas remplir plusieurs pages du forum sur cette question je citerais :

Jost,L. 2006. Entropy and diversity. OIKOS 113(2) : 363-375.

Cet article est très révélateur . Pour toi il serait peut être intéressant de comparer les diversités Beta et non pas simplement regarder les valeurs locales des indices.

Bon courage.

Nik

Salut,


Et oui je n’ai pas beaucoup de placettes et c’est bien ce
qui me pose des problèmes en plus il faut séparer les 2 habitats ce qui fait 19
d’un côté et 7 de l’autre.


Je suis en train de réfléchir que même faire des tests non
paramètriques n’est peut-être pas la bonne solution. En effet, si je compare
les types de travaux entre eux (sur une variable que j’aurais choisi), à ce
moment là si je trouve quelque chose de significatif ça ne voudra pas forcément
dire que le type de travaux est en cause. En effet, les travaux ont eu lieu
dans l’hiver 2006-2007 donc forcément les changements dans la végétation entre
2006 et 2007 sont imputables aux travaux (en majorité). Par contre l’évolution
entre 2007 et 2008 est plutôt imputable à la gestion qui s’est établi et qui a
permis de gérer la repousse ou pas des végétaux. Par exemple j’ai une placette où il y a eu brûlage mais la
parcelle est paturée au mois d’octobre avec des chevaux qui ne mangent pas le
genêt (espèce cible des travaux) et qui a une action plutôt mécanique. Cette
placette est envahie par de la linaire. Alors que si elle était paturée au
printemps par des brebis l’effet serait différent. Je pense donc que comparer
les types de travaux après 2007 est pas pertinent, qu’en penses tu ?? Mais
bon là je m’égare quand mm pas mal des questions purement techniques sur les
stats…. C’est à moi de réfléchir là dessus !!! lol…


Bref je vais arrêter de t ‘embêter.


Merci pour la référence de l’article, mais je l’ai pas
trouvé en libre accès sur le net, j’ai demandé à un de mes profs mais bon c les
vacances alors pas trop d’espoir…

J'ai pensé aussi à la diversité bêta.Merci!!!!