ANOVA a 1 facteur aléatoire sur R

Bonjour à tous,

données 2 :

données complète :


Pour expliquer le problème auquel, je suis confrontée, je vais essayer de bien vous expliquer j'ai procédé. Je possède un jeu de données sur la migration de l'avifaune (c'est juste un extrait dans l'image et non la totalité du jeu de données), effectué a plusieurs dates différentes pour un même endroit. Les nombres que l'on observe dans la colonne tout à gauche sont les effectifs totaux (alouette des champs par exemple) par tranche horaire (c'est a dire 8h-9h = tranche 1, 6 alouettes sont passés, 9h-10h = tranche 2, etc. Bien sur, si aucun individu de cette espèce n'a été observé durant la tranche horaire 3 par exemple alors elle ne sera pas noté dans le jeu de données. Les facteurs aléatoires qui m’intéresse sont dans les colonnes, pluie, nuages, visibilité,etc.

Mon 1er objectif est pour l'instant de réaliser une anova à 1 facteur aléatoire avant de tenter une anova à facteur croisé avec les facteurs aléatoire ou non qui me semblent pertinents.
La problématique de mon étude est de déterminer (pour l'anova à 1 facteur aléatoire pour l'instant) si le facteur aléatoire type de pluie avec pour modalités (1 = absente, 2 = bruine, 3 = Averse) influe sur la densité d'alouette des champs (variable quantitative) ? (il est possible que je me trompe dans la formulation de ma problématique).
Pour réaliser cela, j'ai isolé les colonnes pluie, espèces et nombre dans un autre fichier et via le logiciel R sélectionné uniquement les lignes concernant l'espèce alouette des champs.
J'oublie de préciser que comme les relevés sont effectués a des jours différents avec des conditions météo différents, je me retrouve aussi avec des unités expérimentales (si on peut appeler cela comme ca) très déséquilibré pour chaque modalité. Par exemple, modalité 1 = 13 lignes avec les effectifs alouette des champs reparti dans les différentes tranches horaires, modalité 2 = 3 lignes, modalité 3 = 25 lignes.

Enfin voici mon problème, est ce que la manière dont je vais traiter mon jeu de données sera différent dans les fonctions a utiliser sur R par rapport à une anova à facteur fixe ?
Ai-je tort de tenter cette anova sans prendre en compte pour l'instant en compte le facteur tranche horaire ?

Je vous remercie pour vos réponses,
Bonne journée !

Rapidement, le seul réel problème que je vois c'est que vous voulez utiliser une procédure d'ANOVA qui est construite sur l'hypothèse que les données que vous analysées suivent des lois normales. Or ce sont des comptages que vous analysez, qui suivent plutôt des lois de Poisson. Il vous faut vous orienter sur des outils d'analyse de variables de comptage, comme par exemple le modèle log-linéaire, etc.

Rien à dire à priori pour le reste.

HTH, Eric.