Effet lieu

Bonjour à tous,

J'ai réalisé une expérimentation sur 3 lieux distincts GA, SU et VP sur lesquels j'ai fais pousser 50 variétés de tournesol différentes.
J'ai mesuré une variable continue qui correspond à un temps pour atteindre un stade donné.
J'ai réalisé une anova puis un test de comparaison des moyennes (type HSD) sur R pour identifier les génotypes qui atteindrons le stade donné le plus rapidement.
Voilà le resultat de mon ANOVA:
Df Sum Sq Mean Sq F value Pr(>F)
LIEU 2 181.85 90.92 244.724 <2e-16 ***
GENO 67 169.26 2.53 6.799 <2e-16 ***
LIEU:GENO 87 56.16 0.65 1.737 0.0013 **
Residuals 161 59.82 0.37

J'ai un effet lieu très marqué ainsi qu'un effet intéraction lieu/génotype. Ce qui m'amène à ma question, mon TEST HSD sur les génotypes prend-il en compte la pondération des lieux ? Autrement dit, l'effet lieu GA (lieu ayant des résultats nettement plus marqué que les deux autres lieux) est-il toujours aussi présent sur ma comparaison de moyenne?

En vous remerciant,

Cordialement,

Sunflower

Bonjour,

si tu utilises les lsmeans, je pense que l'effet lieu est bien pris en compte.
Peut-être que d'autres le confirmeront?

Niaboc

Si la comparaison multiple (quelle que soit la procédure utilisée) ne regarde que les génotypes, alors les lieux sont poolés pour chaque génotype dans la comparaison (on compare alors les moyennes de chaque génotype, tous lieux confondus). Pour prendre en compte l'effet lieu, on peut - par exemple - faire la comparaison multiple sur le terme d'interaction directement, plutôt que sur le terme qui décrit la variation entre génotypes seulement.

J'espère que c'est clair.

HTH, Eric.