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Comment intégrer plusieurs variables aléatoires dans GLM?
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Comment intégrer plusieurs variables aléatoires dans GLM?
Bonjour à tous et merci d'avance pour votre aide,
J'espère ne pas avoir fait de sujet "doublon", mais je n'ai rien trouvé de semblable sur le forum.
Je mène une étude sur la bioacoustique des amphibiens. Je veux construire un modèle type GLM mixte pour répondre à la question suivante : Quelles sont les variables environnementales et météorologiques influençant l'activité de chant des amphibiens ?
J'ai un jeu de données avec 2500 enregistrements de sons, avec, pour chaque enregistrement :
- une donnée de présence-absence de l'espèce concernée ("HYLMER") --> variable réponse
- des variables environnement/météo associées (température, humidité, vent...) --> variables explicatives fixes (que j'ai rassemblées dans une ACP : "acp1$li[,1:2]")
- la date, l'heure ("Sunset"), et le site d'étude --> variables explicatives aléatoires.
J'ai donc construit un modèle en utilisant le package nlme :
mod1=lme(fixed=HYLMER~acp1$li[,1:2], random=~1|sunset,random=~1|date,random=~1|site, data = Hylmer)
Or, R me sort :
Erreur dans lme(fixed = HYLMER ~ acp1$li[, 1:2], random = ~1 | sunset, random = ~1 | :
argument formel "random" correspondant à plusieurs arguments fournis
Est-ce que vous savez à quoi c'est du ? Ca à l'air d'être à cause du fait que j'ai plusieurs random dans mon modèle, mais je ne sais pas quelle est la formulation exacte pour une telle situation... Je n'ai pas trouvé de réponse dans l'aide de R...
Merci d'avance pour vos réponses,
Elise
J'espère ne pas avoir fait de sujet "doublon", mais je n'ai rien trouvé de semblable sur le forum.
Je mène une étude sur la bioacoustique des amphibiens. Je veux construire un modèle type GLM mixte pour répondre à la question suivante : Quelles sont les variables environnementales et météorologiques influençant l'activité de chant des amphibiens ?
J'ai un jeu de données avec 2500 enregistrements de sons, avec, pour chaque enregistrement :
- une donnée de présence-absence de l'espèce concernée ("HYLMER") --> variable réponse
- des variables environnement/météo associées (température, humidité, vent...) --> variables explicatives fixes (que j'ai rassemblées dans une ACP : "acp1$li[,1:2]")
- la date, l'heure ("Sunset"), et le site d'étude --> variables explicatives aléatoires.
J'ai donc construit un modèle en utilisant le package nlme :
mod1=lme(fixed=HYLMER~acp1$li[,1:2], random=~1|sunset,random=~1|date,random=~1|site, data = Hylmer)
Or, R me sort :
Erreur dans lme(fixed = HYLMER ~ acp1$li[, 1:2], random = ~1 | sunset, random = ~1 | :
argument formel "random" correspondant à plusieurs arguments fournis
Est-ce que vous savez à quoi c'est du ? Ca à l'air d'être à cause du fait que j'ai plusieurs random dans mon modèle, mais je ne sais pas quelle est la formulation exacte pour une telle situation... Je n'ai pas trouvé de réponse dans l'aide de R...
Merci d'avance pour vos réponses,
Elise
Lilileb- Nombre de messages : 2
Date d'inscription : 08/07/2014
Re: Comment intégrer plusieurs variables aléatoires dans GLM?
Bonjour,
Je vous conseille de télécharger package "lme4" et utiliser la fonction "lmer" que répond à votre question:
Remarque: il faut que les deux variables "HYLMER" et "acp1$i[,1:2] existent dans le tableau Hymler.
Je vous conseille de télécharger package "lme4" et utiliser la fonction "lmer" que répond à votre question:
- Code:
mod1=lmer(HYLMER~acp1$li[,1:2]+(1|sunset)+(0+1|date)+(0+1|site), data = Hylmer)
Remarque: il faut que les deux variables "HYLMER" et "acp1$i[,1:2] existent dans le tableau Hymler.
FMarwen- Nombre de messages : 226
Date d'inscription : 17/04/2013
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