[Analyses Multivariée] Cas pratique: ACP, AFC ?

Bonjour à tous !

J'ai un jeu de données biologiques à analyser mais je suis incertain quant à la méthode à utiliser.
Mon jeu de donnée est sous la forme suivante:

• En ligne les différents individus (au nombre de 29)
  

• En colonne les variables d'intérêt: les moyennes de l'expression de différents comportements (représentés en % de tous les comportements effectués, car je n'ai pas le même échantillonnage pour chaque individu). Toutes les variables sont donc sous la même unité:un pourcentage.
  

J'étais parti sur des ACP non normées afin de ne pas donner le même poids aux variables, qui étaient toutes sous la même unité (un % de budget temps total), afin de voir justement quelles variables ressortaient/expliquaient le plus de variance de mon jeu de données, et également faire ressortir différents profils/groupes d'individus.

Le souci c'est qu'évidemment les valeurs extrêmes (même si rares et parfois peu pertinentes) tirent beaucoup les axes. J'avais pensé à réaliser une AFC sur les nombres de comportements pondérés automatiquement par le nombre de comportement total par individu, et non plus les pourcentages. J’espérais diminuer le biais de sur-représentation d'individus sous-échantillonnés: un individu échantillonné 1 ou 2 fois n'aurait plus autant de poids qu'un individu mieux échantillonné (+10 fois) comme ça l'est avec mes premiers ACP. En effet, en travaillant sur des pourcentages, cela gomme l'info de qualité d'échantillonnage sous-jacente.  

Qu'en pensez-vous, existe-il d'autres méthodes auxquelles je n'ai pas pensées ? Je ne suis pas du tout expert en analyses multivariées, tout conseil sera le bienvenu !

Merci d'avance, en espérant être clair,
Cordialement,                                                                                                                                                                                                         Pablo Pezzino

Les ACP 'à la française' permettent de pondérer aussi bien les variables que les individus. Cela pourrait être une piste.

L'afc sur la matrice des comptages me semble une bonne idée. En tout cas, ça vaul le coup d'essayer.

HTH,

Eric.

Merci bien, je vais essayer ces pistes !