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[Analyses Multivariée] Cas pratique: ACP, AFC ?

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Message par Pablo Pezzino le Lun 2 Déc 2019 - 11:02

Bonjour à tous !

J'ai un jeu de données biologiques à analyser mais je suis incertain quant à la méthode à utiliser.
Mon jeu de donnée est sous la forme suivante:


  • En ligne les différents individus (au nombre de 29)


  • En colonne les variables d'intérêt: les moyennes de l'expression de différents comportements (représentés en % de tous les comportements effectués, car je n'ai pas le même échantillonnage pour chaque individu). Toutes les variables sont donc sous la même unité:un pourcentage.



J'étais parti sur des ACP non normées afin de ne pas donner le même poids aux variables, qui étaient toutes sous la même unité (un % de budget temps total), afin de voir justement quelles variables ressortaient/expliquaient le plus de variance de mon jeu de données, et également faire ressortir différents profils/groupes d'individus.

Le souci c'est qu'évidemment les valeurs extrêmes (même si rares et parfois peu pertinentes) tirent beaucoup les axes. J'avais pensé à réaliser une AFC sur les nombres de comportements pondérés automatiquement par le nombre de comportement total par individu, et non plus les pourcentages. J’espérais diminuer le biais de sur-représentation d'individus sous-échantillonnés: un individu échantillonné 1 ou 2 fois n'aurait plus autant de poids qu'un individu mieux échantillonné (+10 fois) comme ça l'est avec mes premiers ACP. En effet, en travaillant sur des pourcentages, cela gomme l'info de qualité d'échantillonnage sous-jacente.  

Qu'en pensez-vous, existe-il d'autres méthodes auxquelles je n'ai pas pensées ? Je ne suis pas du tout expert en analyses multivariées, tout conseil sera le bienvenu !

Merci d'avance, en espérant être clair,
Cordialement,                                                                                                                                                                                                         Pablo Pezzino

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[Analyses Multivariée] Cas pratique: ACP, AFC ?  Empty Re: [Analyses Multivariée] Cas pratique: ACP, AFC ?

Message par Florent Aubry le Lun 2 Déc 2019 - 14:15

Les ACP 'à la française' permettent de pondérer aussi bien les variables que les individus. Cela pourrait être une piste.

Florent Aubry

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Message par Eric Wajnberg le Lun 2 Déc 2019 - 15:15

L'afc sur la matrice des comptages me semble une bonne idée. En tout cas, ça vaul le coup d'essayer.

HTH,

Eric.
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Message par Pablo Pezzino le Mar 3 Déc 2019 - 8:31

Merci bien, je vais essayer ces pistes !

Pablo Pezzino

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