Analyse factorielle des correspondances

bonjour,

Je souhaite faire une AFC sur un tableau de contingence croisant des espèces et différents niveaux. Le hic c'est que l'échantillonnage n'a pas été effectué de la même façon dans tous les niveaux. 10 quadrats dans l'un, 8 dans un autre et 7 dans un troisième.Ce sont des quadrats de un quart de mètre carré chacun et je fais la somme des effectifs de chaque quadrats pour obtenir mon efFectif/espèce/niveau. Est ce que je peux quand même appliquer une AFC? Dois je procéder à une transformation de mes données?
Eclairez moi s'il vous plait.
Cordialement

Bonjour,

un échantillonnage non équilibré génère toujours des inégalités. Tu pourras toujours faire l'analyse, là n'est pas la question mais il faut bien que tu réalises que plus tu échnatillonnes, plus tu as de chance de trouver de nouvelles espèces. Donc tu vas mettre en évidence des différences entre niveau par le simple fait de la différence de leur nombre d'espèce qui lui proviendra certainement de la différence de l'effort d'échantillonnage et non d'une réelle distinction de condition environnementale ou autre.

Oui donc je peux faire une AFC mais elle sera bancale, il n'y a pas une méthode plus adaptée ou une transformation à faire???

En tout cas merci de votre réponse

Non il n'y a pas de méthode biologiquement miraculeuse à ce niveau. L'utilisation des analyses statistiques suppose des conditions d'expérimentation standardisées au maximum. Après il est toujours possible de faire une AFC en prenant un nombre de quadrat par niveau correspondant au minimum de quadrat rencontré dans les niveaux considérés. On peut ensuite réaliser toutes les combinaisons possible et faire une AFC à chaque fois afin de voir si les résultats sont différents. C'est une méthode où on standardise le nombre de quadrat tout en ne laissant pas de côté les données. On peut ensuite faire une synthèse des infos données par toute les AFC.

Bonjour,

ok, ok, merci!
Je viens de faire quelques AFC et il y en une qui me sort qu'un seul axe. J'ai jamais vu ça!!! et vous?

Ça peut arriver si tu as une correspondance pointue : une seule espèce se distingue des autres sur cet axe. Ça arrive quand une espèce est très rare, du genre présente dans un seul relevé et en très petit nombre. Si ça ne vient pas de ce genre de choses c'est qu'il y a un problème dans ton tableau.

micros

Pour ton problème d'échantillonnage tu peux aussi faire des tirages aléatoires de tes quadrats et voir si selon les quadrats que tu tires tu as des compositions faunistiques très différentes ou pas. Ceci pour les relevés ou tu as le plus de quadrat. Si c'est pas le cas alors tu tires au hasard 7 quadrats et tu peux faire ton AFC dessus.

micros

Bonjour,

"un échantillonnage non équilibré génère toujours des inégalités. Tu pourras toujours faire l'analyse, là n'est pas la question mais il faut bien que tu réalises que plus tu échnatillonnes, plus tu as de chance de trouver de nouvelles espèces. Donc tu vas mettre en évidence des différences entre niveau par le simple fait de la différence de leur nombre d'espèce qui lui proviendra certainement de la différence de l'effort d'échantillonnage et non d'une réelle distinction de condition environnementale ou autre"

En réfléchissant sur cette remarque, je voulais quand même être plus précise. En fait, le protocole que l'on suit pour l'échantillonnage (différence du nombre de quadrat pour des niveaux différents) a été mis en place pour obtenir 95% des espèces non rares.

Et donc, on a pensé à ramener les surfaces différentes d'échantillonnage (2.5 métre carré pour un niveau pour l'ensemble des quadrats, 1.75 métre carré pour un autre) à 1 métre carré. Est ce que c'est une solution aussi bonne que celle d'effectuer plusieurs AFC avec un tirage aléatoire de quadrats??

Ce que je te proposais n'est pas de faire plusieurs AFC sur des tirages aléatoires de quadrats, mais au préalable de ton AFC, de voir comment évolue la composition faunistique de tes communautés en prenant, 1 puis 2 puis 3 puis 4 puis 5 ... et x quadrats.

Du genre tu regardes comment évolue ta richesse spécifique en fonction de ton nombre de quadrats. Mais en faisant des tirages aléatoires de tes quadrats. Si tu atteins une sturation rapide de ta richesse avce le nombre de quadrats alors à la limite ça ne pose pas trop de problème. Dans ce cas la tu tires au hasard 7 quadrats parmis x pour tout tes relevés.

Par contre si au contraire ta richesse spécifique ne fait qu'augmenter linéairement avec le nombre de quadrat que tu prensd en compte alors il faudra bien que tu aies à l'esprit que les relevés avec 7 qudrats seront potentiellement différent des autres uniquement sur la base de l'échantillonnae. Comme l'a dit Nik plus haut. Dans ce cas la même si tu ramènes les effectifs de tes individus sur une échelle comparable, tu auras toujours ce "biais".

micros

tu as de très forte chance de ne pas saturer ta courbe "nb d'espèce" en fonction de la surface sauf si tu es dans un milieu très pauvre. Si tu peux détailler exactement ton jeu de donnée, je peux éventuellement te proposer une autre forme d'analyse. Cela va dépendre de l'allure de tes données et bien sûr des questions posées.

Merci, je vais rester sur une AFC car si je prend 7 quadrats dans chaque niveau je garde 93% (au minimum) de mes espèces non rares. C'est pas mal non?

Et sinon j'ai encore une petite question, les quadrats sont de 0.25 métre carrée chacun . Pensez vous que je dois ramener mes données au métre carrée en multipliant par 4 mes données brutes pour les AFC et test de normalité que je fais au préalable???