Gestionnaire de données scientifiques

Type de poste: CDD autre CDD
Durée du poste:
6 mois renouvelable
Ville:
Caen
Laboratoire:
Anatomie - Anapathologie CRN-Mesopath
Adresse:
CHU de Caen

Service Anatomie-Pathologie

Avenue de la Côte de Nacre

CS30001

14033 Caen Cedex 9

Nom du contact:
Madame le Professeur GALATEAU SALLE
Email du contact:
galateausalle-f@chu-caen.fr
Date de validité:
30/09/2014
Description du poste:
Dans le cadre du réseau Mésothéliome la base de données clinico-biologique (BCB) MESOBANK a pour objectifs principaux :

La centralisation des données cliniques, biologiques, épidémiologiques et « omics » autour de ce cancer
La mise à disposition de ces informations et des prélèvements associés à la communauté scientifique nationale et internationale.
Dans ce cadre vos missions principales seront :

Etre administrateur de cette base : Gestion compte utilisateur, formation utilisateur.
Mettre en place et mener les campagnes de recueil des données provenant de différents centres de ressources biologiques en France.
Vous assurer de la qualité et de la cohérence des données.
Effectuer les extractions des données pour les différents projets scientifiques et enquêtes institutionnelles.
Mettre à jour le site internet avec les actualités et les statistiques d’inclusion.
Participer aux différents rapports et bilan d’activités de cette BCB.
En relation avec la DSI, être administrateur technique de l’architecture : Installer, mettre à jour, s’assurer du bon fonctionnement des applications.
Exploiter les données du séquençage du mésothéliome à partir des ressources biologiques.
Il existe plusieurs BCB en France et dans le monde, pour des raisons scientifiques, il est nécessaire d’utiliser des systèmes interopérables pour les gérer. Vous serez donc en charge de faire évoluer l’architecture existante en prenant en compte cette contrainte et en restant à l’écoute des évolutions des autres bases clinico-biologique.

Vous participerez également à des réunions de travail avec l’ISPED-LSTE et l’université de Bordeaux 2 sur la mise en place d’une plateforme de bases clinico-biologiques et sur la définition de l’ontologie du mésothéliome pour l’harmonisation des bases clinico-biologiques.



Profil recherché

Ingénieur ou formation universitaire équivalente Master 2 (débutant accepté), ou bac +2 avec au moins 3 ans d’expérience.

Dans le domaine de l’informatique de gestion des systèmes d’information, analystes en bases de données et systèmes décisionnels, bio-informatique, en Biologie-santé avec compétence complémentaire en informatique ou Data management.

Le candidat aura déjà participé à un projet scientifique multi collaborateur aboutissant à la gestion de données médicales ou aura une expérience professionnelle en data management clinique.

Ce poste nécessite un bon relationnel, une réelle autonomie, une rigueur forte et une curiosité scientifique et technique.

Le candidat sera l’intermédiaire entre les médecins-chercheurs, le personnel technique et les informaticiens.



Compétences

Informatique
Algorithmique.
Architecture des machines et des réseaux (Windows).
Principe des langages de programmation (PHP, HTML).
Administration de bases de données (MySQL, Oracle) et de serveur web (APACHE).
Gestion de données
Modélisation des données.
Requête SQL avancée.
Manipulation de données : R ou Perl ou ETL ou autres.
Intégration de données.
Data management : test de cohérence, contrôle qualité des données (queries).
Très bonne culture scientifique dans le domaine de la santé / oncologie.
Rédaction de cahier des charges et procédures


Contact

CV et lettre de motivation à envoyer par email.

Pr Galateau Sallé.

CHEF DE SERVICE PRATICIEN HOSPITALIER

Tel : 02 31 06 44 07

Email : galateausalle-f@chu-caen.fr

CHU de Caen

Service Anatomie-Pathologie

Avenue de la Côte de Nacre

CS30001

14033 Caen Cedex 9