ANOVA

Bonjour ,
J'aimerais savoir si je pouvais utiliser l'anova à 2 facteurs.
J'ai deux mesure:l'abondance transformé log(x+1) sur le graphique de gauche et le nombre d'espèces transformée log(x+1)sur le graphique de droite.
J'aimerais alors comparé ces deux variables pour deux sites boite rouges et boite bleu.
Il semble parfois y avoir hétéroscedasticité.
Est ce un problème? Dois je comparé tout les sites de chaque mois par un Mann-W?

Bien cordialement

Salut,

C'est pas vraiment une ANOVA que tu dois utiliser. Il ya très peu de chance que tes termes d'erreurs soient normalement distribuées comme tu analyses des données de comptage Dans ce cadre on utilise souvent une distribution de type Poisson. Avec deux facteurs il est intéressant d'utiliser un modèle mixte qui permettra de tenir compte de l'hétéroscédasticité des données dans les groupes formé par le croisement des deux facteurs (site et temps).

Au passage on remarque que les valeurs décrivent une belle sinusoïde donc il serait intéressant de la rentrer dans le modèle.

Pour conclure sur un point de vue biostat, il n'y a pas vraiment de justification à log-transformer les données d'abondance et encore moins celle de richesse taxonomique. ça apu représenter à une époque une commodité statistique pour traiter l'hétéroscédasticité des données en écologie mais aujourd'hui on a des outils pour la prendre en compte d'une manière beaucoup plus adéquate.

nik

super merci Nik, je redoutais un peu le GLM.

En faite pour faire simple Nik pour un demi idiot (si c'est possible) , quand tu plot un histogramme de la déviance résiduelles de ton modèle GLM tu vois de suite si la loi que tu as choisis est bonne , c'est ça?

Non c'est loi d'être suffisant. Il y a autant d'éléments à regarder que pour un lm. Il faut vérifier l'autocorrélation des résidus, s'il n'y a pas des résidus abérrant (via la distance de cook par exemple). Regarder les valeurs leviers et ainsi regarder s'il ne s'agit pas par hasard des mêmes résidus abérrants ensuite il ya l'étape de l'adéquation au modèle qui peut se vérifier via un test du rapport des vraisemblance Bref pas mal de choses

Il faut lire de la doc sur le sujet Le top est le livre de Mcullagh et Nelder sur les glm Et dans ton cas un bon livre sur les modèles mixtes ne serait pas de trop ( comme Zuur et al par ex, qui reste dans ton domaine d'application en plus)

nik

Re Nik j'ai commencé par deux modèles GLMs sans interactions.
Le premier est pas mal avec la diversité selon une loi de poisson .
Le second avec l'abondance brute m'ennuie pas mal car trop de surdispersion, par contre si je transforme l'abondance en log(x+1) le modèle poisson est pas mal. Mais je crois qu'on a pas le droit de faire ça?
Cordialement

désolé j'ai fais ça comme un cochon