quels test pour mes données?

Bonjour,

Je réalise une étude sur la fonctionnalité des corridors en écologie, la question que je me pose est la suivante: Comment évaluer la Fonctionnalité des corridors?
pour les non biologistes un corridors est schématiquement une ligne ou des espèces animales et végétales peuvent circuler sans mortalité pour voyager entre deux patchs.

sur cette ligne je réalise des tronçons en fonction du milieux environnant c'est à dire s'il y a une pâture et ensuite une pelouse cela fait deux tronçons différents.

voici les indices que je pense faire au préalable pour caque tronçon :

- indice de shannon pour l'équitabilité
- indice de Simpson pour la diversité spécifique
- indice de jacquard pour la similarité

Pour chaque tronçon j'aurais 3 indices qui leurs correspondent.

Pour chaque tronçon je relève également la structure du corridor et un nombre d’espèces indicatrice présente sur le tronçon que je voudrai intégrer dans les tests statistiques pour donner plus de poids.

je voudrai donc les comparer entre eux afin de montrer lesquels sont les moins fonctionnels.

la complexité de la méthode est que je peux avoir 60 voir 80 tronçons à comparer !!!!!

Quels tests pouvez vous me conseiller?

j'avais penser à faire une Anova mais j'ai peur qu'avec les 80 tronçons a analyser je sois vite déborder voir coulée !!

Je vous remercie de vos éclairages et de vos réponses !!!

Marion

Tu peux classer tes troncons par groupe en faisant une CAH basée sur les indices

C'est à dire ?

Je connais pas l'abréviation CAH?

Cest un dendrogramme.
http://geai.univ-brest.fr/~carpenti/2006-2007/Documents-R/CAH-avec-R.html

Tu travailles avec R?
Je peux tenvoyer des lignes de script complementaires si cest le cas...

- indice de shannon pour l'équitabilité
- indice de Simpson pour la diversité spécifique
- indice de jacquard pour la similarité

tout ça n'a pas de sens biologique. Shannon et Simpson ne mesurent pas la diversité sous le même angle donc tes mesures ne seront pas complémentaires. Jacquard est très fortement dépendant de la richesse et n'est pas linéaire sur un gradient de richesse.
Donc si tes tronçons n'ont pas des richesses quasi-identiques alors tu ne peux pas comparer leurs diversités sans faire de grosses erreurs d'appréciation (notamment entre tronçons à fortes diversité).
Regarde ce que sont les nombres équivalents en faisant quelques recherches biblio. C'est une mesure de diversité bien moins biaisée mais elle n'évite pas le problème de l'incomparabilité de communautés trop différentes en richesse. .
L'équitabilité est un complet non sens si tu t'intéresse à des communautés qui mêlent différents niveaux trophiques. Tu compares des vaches et des loups et tu va regarder si le nombre d'individu est équitablement réparti ?? On sait d'avance qui'il y aura beaucoup plus de vaches et tu vas conclure à une inéquitabilité du système...tu auras redémontré qu'il y a plus de consommateur primaire que de prédateur...
Simpson donne un poids démesuré aux espèces abondantes donc en fait tu va mesurer la diversité des proies et éjecter celle des prédateurs.


Je ne comprends pas non plus la logique de comparaison. D'une part il faut définir des caractéristiques de corridor et les étudier afin de comprendre la fonctionalité des corridors. La biodiversité sera ta variable réponse.
D'autre part il faut grouper tes analyses par corridor car il se peut très bien que ce ne soit pas les tronçon l'unité fonctionnelle mais bien l'enchainement des tronçons, i.e. le corridor.
Enfin tu dis que ta difficulté vient du fait que tu as 80 tronçons différents. C'est vrai si tu cherches à comparer les tronçons entre eux. A mon avis ça va aboutir forcément à des différences significatives rien que par le nombre de catégorie. Mieux vaut encore une fois raisonner par corridor. Chaque corridor représente une possibilité de passage en terme de fonctionnement écologique. A toi de regarder si parmis les possibilités dont tu disposes certaines fonctionnement mieux que d'autre en terme de diversité. Dans l'idéal tu auras des réplicats de corridor.

La CAH est la classification ascendante hiérarchisée. De mon point de vue c'est de la statistique aveugle car tu confies à un algorithme, que tu ne maitrises pas, le soin de regrouper tes unités. Autant définir des groupes selon des hypothèses biologiques raisonnable que tu pourras par la suite tester. C'est beaucoup plus puissant et bien plus scientifique.

Nik

mon étude se porte exclusivement sur les espèces végétales, je réalise des relevés de végétations sur chaque tronçon, je me retrouve pour 1 tronçon avec une liste d’espèces avec leurs recouvrements respectifs (<5%, entre 5% et 25%, entre 25% et 50%, entre 50% et75%, >75%).
donc l'équitabilité me permet de voir sur chaque tronçon si j'ai une bonne répartition d'espèces et pas une qui domine.
Simpson me permet d'avoir la richesse spécifique en
fait je voulais faire un zoom avec ces deux indices

par exemple dire : j'ai une grande richesse spécifique mais car on y regarde un peu plus prés j'ai quelques une qui domine!

ensuite je voulais comparer les tronçons entre eux pour montrer les tronçons les plus fonctionnels ou moins fonctionnels pour proposer des mesures de gestion sur les moins fonctionnels
car je ne peux pas raisonner en corridor étant donner que chaque tronçon vont être très différents? sinon je n'ai rien compris et je fonces dans le mur lol!
car si je raisonne sur le corridor et non plus sur les tronçons des corridors comment je vais savoir sur quels tronçons je dois agir pour que l'ensemble du corridors soit fonctionnels dans sa globalité?

Enfin, j'avais dans l'idée de faire une régression entre lépidoptère et plante pour voir s'il y avais une relation

qu'en penses tu

mon étude se porte exclusivement sur les espèces végétales

ok ça atténue le problème mais ne lé résout pas. Tu ne peux pas empêcher les statégie r et K d'émerger. Donc à travailler en abondance tu ne regardes que les stratégies r au détriment des K. Dire qu'une espèce domine d'un point de vue recouvrement ne présage pas grand chose sur son réel rôle dans l'écosystème (même si encore une fois sur les plantes c'est un peu plus simple).

fait je voulais faire un zoom avec ces deux indices

je comprends pas ce que tu veux dire.

car si je raisonne sur le corridor et non plus sur les tronçons des corridors comment je vais savoir sur quels tronçons je dois agir pour que l'ensemble du corridors soit fonctionnels dans sa globalité?

oui je comprends bien cela mais d'une part les tronçons d'un même corridor sont nécessairement inter-dépendant. Il faut en tenir compte. Il ya les modèles mixtes pour ça par exemple.
Ensuite rien ne dit que ce ne soit pas une combinaison de tronçon qui soit fonctionnelle et pas avoir un corridor composé uniquement du même tronçon qui apparaissait optimal d'après ton modèle d'ANOVA.

D'autre part, que te dis la richesse ou la diversité sur le fonctionnement de ton corridor...à peu près rien. Il faut s'assurer que les différences de richesses observées ne sont pas avant tout fixée par le pool régional de ton corridor.
Le découpage d'un corridor en tronçon est arbitraire et il est peu probable que ce soit l'unité fonctionnel du corridor. Donc en travaillant sur une unité non représentative tu risques de passer à côté de l'essentiel.

Ce qui m'inquiète c'est ce sous-entendu qui voudrait dire qu'un corridor qui fonctionne bien c'est un corridro qui présente beaucoup d'espèces. C'est d'abord cette hypothèse qu'il faudrait tester et pour cela il te faut caractériser tes corridors par un autre moyen que leur diversité.

Pour te guider dans tes analyses il nous faut plus de détail sur l'organisation de tes données notamment celle des corridors/tronçons

Enfin, j'avais dans l'idée de faire une régression entre lépidoptère et plante pour voir s'il y avais une relation

why not mais c'est une autre question.

Pour te guider dans tes analyses il nous faut plus de détail sur l'organisation de tes données notamment celle des corridors/tronçons

Sur mes fiche terrain, je note: Type de corridor(naturel ou antropique), forme (linéaire ou surfacique), Milieu latéral droit et gauche, la structure (herbacée, arbustive...), Taux de recouvrement pour mes 6 espèces indicatrices et point GPS pour 10 autres espèces indicatrice ( en effet leur écologie fait qu'elle sont ponctuels et non pas en tapis comme les autres), et le taux de recouvrement des autres espèces non indicatrices, présence de mortalité, zone d'interruption, et des remarques sur les modes de gestions


avec tout ce qu'on dit j'avoue que je me sens un peu perdu !

je peux pas tout prendre en compte notamment les stratégie r et K, c'est les limites des méthodes ! je n'ai que 6 mois pour faire cette étude en comptant le terrain donc en gros 1 mois pour le traitement des données !! je ne peux pas me permettre de trop m'étendre !

Ce qu'il faut c'est le plan d'expérience :
-combien de corridor/ mesure par corridor
-combien de tronçon
-est ce toujours les mêmes tronçons par corridor

etc...

voila le soucis !! c'est en fonction du terrain, je peux avoir 10 tronçon comme je peux en avoir 60 ! ça dépend de la composition du paysage !

en règle général j'ai 1 tronçon a tester sauf dans 3 cas !

les mesure par corridor est ma fiche terrai.

c'est en fonction du terrain, je peux avoir 10 tronçon comme je peux en avoir 60

C'est sûr que dans ce cas tu n'as pas le cul tiré des ronces !
Tu te rend bien compte que tu ne peux pas seulement comparer les types de tronçon. Tu as plus de chances d'avoir plus d'espèces dans les corridor avec plus de tronçon différents et un même type de tronçon n'aura sans doute pas la même richesse s'il est entouré de 9 ou 59 autres tronçons. Donc tu dois tenir compte de l'autocorrélation spatiale de tes données sinon ta comparaison n'a aucun sens.

Et n'hésite pas à détailler plus tes données surtout si ce n'est pas équilibré. Il est nécessaire que l'on se rende compte de ce que tu as a disposition.

en règle général j'ai 1 tronçon a tester sauf dans 3 cas !

c'est à dire ??

Nik a écrit:[quoteLa CAH est la classification ascendante hiérarchisée. De mon point de vue c'est de la statistique aveugle car tu confies à un algorithme, que tu ne maitrises pas, le soin de regrouper tes unités. Autant définir des groupes selon des hypothèses biologiques raisonnable que tu pourras par la suite tester. C'est beaucoup plus puissant et bien plus scientifique.

comment définir des groupes quand tu as plusieurs variables quantitatives caractérisant ton milieu??

Comment tester des groupes définis selon des hypotheses biologiques raisonnables? Avec une AMMI?

comment définir des groupes quand tu as plusieurs variables quantitatives caractérisant ton milieu??

tu peux définir des scénarios possible sur les combinaison de variables importantes. A toi ensuite de définir les critères d'exclusion ou d'inclusion dans un groupe donné. Cela permet en plus de calibrer les variables et donc de donner plus facilement un sens à leur interprétation. Il n'y a pas besoin d'un algorithme qui lui ne se base que sur des critères purement empirique pas forcément en lien avec les hypothèses biologiques. De plus, ces algorihmes travaillent généralement sur une distance qui elle est très souvent biaisée en écologie des communautés.

Comment tester des groupes définis selon des hypotheses biologiques raisonnables? Avec une AMMI?

Une fois les groupes définis, c'est une variable catégorielle comme les autres qui peut permettre d'explorer les hypothèses à tester.

je pratique les biostat depuis peu (3 ans) et je n'ai vu que les test courament pratiqué comme l'anova, regression, et les test non paramétrique, je voudrai les mettre en application, ça sera beaucoup plus simple car la j'avoue ne plus rien comprendre !

quels sont les test simple que je peux mettre en place, je sais qu'il a des biaie mais je suis pas une pro des biostat je veux mettre en évidence des choses sans aller dans le compliquer et le ça devient compliquer pour moi !!

Je sais qu'il a des biaie mais je suis pas une pro des biostat je veux mettre en évidence des choses sans aller dans le compliquer et le ça devient compliquer pour moi !!

C'est bien là le problème...si c'est biaisé que peux tu mettre en évidence ? Les données sont ce qu'elles sont et elles correspondent malheureusement très rarement aux tests les plus simples, c'est à dire ceux qui sont enseignés dans les cours de base. Les cours vous donne les élements pour comprendre la suite et pas l'ensemble de ce qui vous est nécessaire.

Je t'ai donné les éléments concernant tes données (notamment les limites) et comment potentiellement répondre à ton interrogation. Il faut peut être aussi que tu indique dans quel cadre tu fais cette étude...peut être que le niveau d'exigence ne sera pas le même.

Tu peux faire ce que t'indiquait Mokila, ça te donnera éventuellement des groupes de tronçon similaires que tu pourra mettre en parallèle avec tes mesures de diversité. Mais de là à parler de fonctionnement du corridor, il y a un grand écart que je ne pratiquerais pas pour moi-même.

Une analyse multivariée type ACM pourrait t'aider à décortiquer de manière exploratoire tes données.

Voilà tout ce que je peux te dire.

Nik

c'est dans le cadre d'un master 2 professionnel, peu de gens s'aventure dans les stats et le font à dire d'expert ! donc c'est déjà bien de vouloir démontrer avec des biostats.

je me suis aussi peut être mal expliqué en parlant de fonctionnement, j'aurai du dire plutôt état de conservation des corridors!

selon toi, je pourrai faire un dendogramme pour déterminer mes groupes qui sont similaires et avec mes indices de biodiversité je pourrai expliquer que certains tronçon sont en bon état de conservation et d'autre non!

une analyse multivariée type ACP ou AFC pourrait peut être me donner des relation entre les paramétre tels que le type du corridor ou la structure?

selon toi, je pourrai faire un dendogramme pour déterminer mes groupes qui sont similaires et avec mes indices de biodiversité je pourrai expliquer que certains tronçon sont en bon état de conservation et d'autre non!

Expliquer, non, car expliquer suppose tester et dans cette démarche tu testeras par groupe et pas par tronçon. Tu pourras dresser un parallèle entre biodiversité et rapprochement de certains tronçons.

je me suis aussi peut être mal expliqué en parlant de fonctionnement, j'aurai du dire plutôt état de conservation des corridors!

oui c'est très différent

c'est dans le cadre d'un master 2 professionnel, peu de gens s'aventure dans les stats et le font à dire d'expert ! donc c'est déjà bien de vouloir démontrer avec des biostats.

C'est pas parce que certains ne se posent pas de question sur les stats qu'ils pratiquent que tout le monde doit faire pareil .

une analyse multivariée type ACP ou AFC pourrait peut être me donner des relation entre les paramétre tels que le type du corridor ou la structure?

Oui mais ce serait une ACM vu tes variables et derrière tu pourrais tout à fait faire une CAH sur les coordonnées factorielles obtenues, ça de fait bcp.

Mais garde toujours bien en tête l'autocorrélation spatiale de tes données, le lien entre nombre de tronçon et diversité qui sont certainement des éléments prépondérants dans la structure de tes données et dont tu ne vas pas tenir compte par ces méthodes.

Nik

j'y vois plus clair ! l'ACM me permet de dégager une tendance et le dendrogramme permet de confirmer voir d'affiner !

je comprend mieux !

maintenant c'est l'application qui va être dur je n'ai jamais réaliser ce type d'analyse !

pour faire mon tableau de contingence je mets en ligne mes tronçons de corridors et en colonnes je peux mettre le nombre d’espèces indicatrices totale, nombre d’espèces non indicatrice, structure du corridor, la forme du corridor, les milieux latéral droit et gauche en attribuer un code pour chaque milieu a savoir tres bonne note pour un bon milieu avec un gradient et la zone d'interruption ..... ça fait pas beaucoup comme variable ?

merci pour le temps passé sur mon cas !
bonne soirée

Pour l'ACM , il ne faut que des variables qualitatives. Si tu veux rentrer les variables continues également, il faut s'orienter vers une analyse de hill & smith.
A toi de voir. Personnellement, j'aurais tendance à caractériser les corridors par ACM dans un premier temps et ensuite étudier leur conservation avec cette caractérisation. Mais ce n'est qu'un avis.

Nik

des variable qualitative veut dire : 0, 1, 2, 3 etc .... car je suis en train de changer mon tableau pour justement avoir un beau tableau aec que ces valeurs !

Des variables qualitatives ou plutôt nominale je devrais dire sont des variables à plusieurs modalités qui ne sont pas ordonnées et qui n'ont pas de sens numérique comme par exemple une variable couleur ou ton type de tronçon.

je suis entrain de changer mon tableau cad:
Pour un tronçon linéaire ou surfacique ça sera 0 ou1
etc...
pour les espèces comme j'ai utilisé le coef de Braun Blanquet j'ai des classes comme <5% entre 5% et 25% etc.... et donc j'ai dressé un code pour chaque 0 pour le petit <5% et 5 pour >75%... je peux donc faire une ACM ? non ?

Et donc pour mon tableau je peux mettre en ligne mes troncon et en colonnes mes caractéristiques!?