Quel analyse perspicace me conseiller vous pour ces données?

Re!

Je ne vois pas trop ce que tu veux dire dans ton premier paragraphe, ce sont des variables quantitatives je ne vais pas les rentrer en binaires...!!?

Sur tes graphiques, tu as plusieurs variables pour ta variable pH, de même pour ta variable maltose. Donc je pense que soit tu les as traité en binaire, soit ton importation des données ne les prend pas en compte comme des données quantitatives, soit... Bin je ne sais pas.
En tout cas, normalement le pH varie, et c'est donc une seule et même variable, il n'y a donc qu'une seule flèche sur ton cercle des corrélations...

Au sujet du maltose , tu dis, si j'ai bien compris, que la contribution est bonne et qu'il est mal projeté sur les axes...pour moi c'est contradictoire...quand on parle de contribution on parle de l'inertie de la projection du nuage de points sur les 2 premiers axes...Qu'en dis tu?

Dans tes commentaires, tu dis souvent que les contributions sont fortes, hors tu nous montre les corrélations, d'où ma remarque, mais je n'ai pas dit que les contributions étaient fortes et les corrélations faibles (ce qui en effet serait contradictoire, encore que...
Quand on parle de contribution on parle de l'importance de la variable dans la création de l'axe principale. Quand on parle de la corrélation, on parle de la projection sur cet axe. Ainsi, une variable peu ne pas contribuer fortement mais se retrouver bien corrélée avec un axe.
Du coup, quand tu nous dit que les contribution du Ph et du maltose sont faible, je te dis que c'est plutot les corrélations, etant donné que ce sont des coordonnées sur le graphique des corrélations, et qu'en plus ce sont des variables illustratives, donc leur contribution est de 0.

J'ai lancé mes analyses sur R(Rcmdr), j'ai chargé mes données, lancer l'ACP mais je n'ai aucune idée de comment obtenir les représentations graphiques.
Je te serai très reconnaissant de bien vouloir m'aider à faire cela sur R.

Je te conseille de télécharger FactoMineR, qui est un package qui va te permettre de faire ton acp en faisant du clic bouton sous Rcmdr, et te permettre de faire de jolis graphs tout beaux tout propres!
http://factominer.free.fr/interface/index_fr.html

N'hésite pas si tu as d'autres remarques

RE

J'ai fait l'analyse sur R avec Facto.
J'ai mis le pH et le maltose en var illustratives et comme tu le disais cette fois ci je n'obtiens qu'un seul trait pour le pH et un seul pour le maltose.
Je suppose que ce vecteur pH obtenu est la composante de tous les autres que j'avais auparavant...mais du coup je trouve que l'interprétation que l'on peut en faire est moins intéressante ou alors c'est que j'interprète mal. Avant je lisais le graphe en remarquant qu'il y avait une corrélation entre pH=8.1 et forte oscillations ce qui me laisser penser à une signification hypothétique pour l'axe 1. Maintenant je vois juste que le pH est corrélé avec les oscillations mais qui me dit pour quelle valeur de pH...Merci de m'éclairer parce que là je nage dans le flou...

C'est ce que j'obtiens en faisant avec R et Xcel maintenant (En effet je m'étais trompé avec les variables bien vu!)



Du coup les valeurs ont changé...
Le maltose est surtout représenté sur l'axe 5 donc je ne peux pas tirer d'interprétation le concernant sur mes 2 premiers axes.
Que puis dire à son sujet?

Je pense que ce n'est pas très utile d'aller jusqu'au 5ème axe...
En effet, tu résume déjà 80% de tes données avec la visualisation des 2 premiers axes, dont presque 60% rien que sur le premier axe.
Donc je pense (tu peux regarder le graph des valers propres R de factominer qui correspond, tu dois surement l'avoir sous Xcel aussi) que se contenter des 2 premiers axes est suffisant, et que regarder les autres axes ne serait qu'étudier le bruit que tu as autour de tes données.

Pour ce qui est du pH c'est maintenant clair,
étant donné que tu pars d'un pH faible pour aller vers celui de la mer, le vecteur te dis que les oscillations sont dépendantes du pH, et qu'il y a oscillation max pour ph max (ici ton pH, celui de la mer, 8.1)
Pour le maltose, rien sur les 2 premiers dimensions, meme pas sur la 3 ou la 4. Seulement sur la 5ème alors qu'elle résume surement environ 5% de la variabilité de tes données. En gros, ça n'a aucune influence sur les oscillations selon tes données. A toi de voir comment a été faite ton expérience, si tu as fait assez varier les concentrations...

L'axe 1 le pH donc, si il se rapproche de celui de la mer, les oscillation augmentent.
L'axe 2 on en a déjà parlé, cela distingue les oscillations horizontales des verticales. Il y a un lien faible (angle = 60% environ, et 90% = aucun lien = corrélation de 0), donc les oscillations sont presque indépendantes. En gros, quand les horizontales oscillent, ça ne veut pas dire que les verticales le font.

Peut être que les résultats antérieurs te plaisaient plus, malheureusement ceux-ci sont statistiquement plus fiables que les anciens...

MERCI hadrien de ton aide précieuse c'était vraiment très aimable à toi.
Je suis en stage de 6 mois en océanologie...jusqu'à la mi-aout. Je n'ai pas encore commencé mes expériences celle ci étaient des données plus anciennes pour que je m'exerce au STAT donc y a de fortes chances que je revienne ici pour demander de l'aide avec mes propres données dans les prochains mois j'espère...

Si il existe un moyen de te rendre la pareille je le ferai avec plaisir...(ça sera certainement pas en STAT )

Encore merci

Polo24

Tout dépend ou tu fais ton stage en océanologie

Bon courage pour ton stage en tout cas!

Aux bermudes...

Excuse moi Hadrien mais en faisant un compte rendu de ces résultats je remarque que j'ai besoin de plus de précision:

-J'ai lu qu'un angle de 180 °c signifiait qu'il y avait une corrélation négative. C'est bien ce que l'on peut observer entre le maltose et les oscillations verticales non?

-Je ne comprend pas pourquoi tu dis que l'axe 1 est le pH si l'axe factorielle 1 est censé résumer un ensemble de variables on ne peut pas l'identifier à seulement l'une d'entre elle (le pH)...?!
Pour moi il se doit d'être l'explication d'un phénomène sous jacent qui relie ses variables entre elles.
Qu'en penses tu?

-Est ce que tu penses qu'une ANOVA ou qu'un test du Khi 2 peut me permettre de tirer des informations supplémentaires, invisibles à l'ACP...
Mon maitre de stage me parlait de ces 2 tests mais si j'ai bien compris c'était pour mesurer les éventuels différences entre toutes les varaibles d'oscillations (savoir si la gauche V est pareille que la droite verticale par ex) mais selon moi l'ACP nous apporte la réponse à cette question...

J'ai lu qu'un angle de 180 °c signifiait qu'il y avait une corrélation négative. C'est bien ce que l'on peut observer entre le maltose et les oscillations verticales non?

L'angle entre le maltos et les oscillations est plutot de 90°. Il faut le voir en 3D, et toutes les fleches ont en fait la même longueur. Donc le maltose est dans une direction perpendiculaire au plan, alors que les oscillations sont presque dans le plan. L'angle est donc de + ou - 90°, ce qui se vérifie pas la corrélation très faible entre ces variables.

-Je ne comprend pas pourquoi tu dis que l'axe 1 est le pH si l'axe factorielle 1 est censé résumer un ensemble de variables on ne peut pas l'identifier à seulement l'une d'entre elle (le pH)...?!

En effet, l'espace est construit sur la base des oscillations. Cependant, il est impossible d'interpréter les résultats sans les variables illustratives. L'axe 1 défini les cas ou les oscillations sont fréquentes des cas ou elles le sont moins. Et en effet, il y a une cause sous jacente, comme tu le dis. C'est justement le pH.

Un test du Khi2 est basé sur des effectifs, donc des croisements entre variables qualitatives. Donc tu ne peux pas l'utiliser.
Par contre, le sexe, il me semble que tu ne l'as pas utilisé. Par conséquent, tu peux faire des ANOVA pour voir si le sexe influence les oscillations. Le reste, tu l'as déjà fait à travers l'ACP.

Bon courage!

Ah je crois que j'ai compris en fait c'est parce que j'ai analysé le pH comme une variable illustrative du coup elle n'est pas prise en compte pour la construction des axes.
Donc si je veux observer des phénomènes invisibles reliant ces variables je ferai peut etre bien de considérer le pH au même titre que les variables d'oscillations...

Oulah concernant la vue 3D je vois ce que tu veux dire mais dans ce cas je n'arrive pas à voir comment serait représentée une corrélation négative entre 2 variables (180°) .
Si je comprends bien le pH et les oscillations sont quasiment dans le même plan d'ou des longueurs de traits similaires dans la vue en 2D...

ça m'énerve je crois avoir compris et puis je m'aperçois que c'était encore pas tout à fait ça...

merci

Exactement, variables illustrative donc non prise en compte dans la formation des axes. Et donc, si tu veux oberserver une cause sous jacente aux oscillations, c'est bien en illustrative que tu dois le considérer (comme le maltose). La nuance est un peu complexe, mais c'est bien en illustratif que tu dois le considérer, car sinon ton graph sera construit en fonctino du pH, et pour faire bref, si tu le considère en actif, tu force la relation entre le pH et les oscillations, hors toi tu cherches à voir s'il y a une corrélation.

Pour la vue en 3D, imagine que ton cercle des corrélations est en fait une sphère, et ton graphique des 2 premiers axes cette même sphère coupée de façon à ce que l'on observe le plus de différences entre les oscillations. La flèche pour le maltose est toute petite, donc c'est comme si elle était orintée droit vers toi, donc l'angle est de 90°. Si l'angle était de 180°, la flèche serait exactement celle de l'oscillation, mais dans le sens opposé.

Mais stu as bien compris, oscillations et pH sont presque dans le même plan, d'où leur longueur similaire et élevée, et donc leurs corrélations fortes.