ANOVA 2 et 3 facteurs post hoc

Bonjour,

Alors je commence déjà par me présenter, je suis biologiste (enfin en fin de master 2 en fait) spécialisé en biologie du vieillissement, et je suis actuellement en train de faire mon stage. J'ai déjà pas mal de données, analysées, je connais 2-3 trucs en stats, mais ça casse pas trois pattes à un canard non plus mais j'ai besoin d'un tout petit d'aide pour la fin, si possible, ce serait gentil !

Donc voilà, si ça vous intéresse, voici ce que j'analyse : je regarde l'évolution de granules autofluorescents (ma variable, qui est donc l'évolution de la fluorescence), dans un modèle animal (caenorhabditis elegans pour les curieux), dans le temps (4 temps de mesure, J1, J3, J6, J9), selon plusieurs lignées (3 à 6 pour le moment), et dans certains cas, j'ai 2 contextes d'expression génétique différents (ARNi, expression ou non d'un gène donné, en gros). J'ai normalement entre 10 et 15 valeurs pour temps de mesure et conditions (sauf à J9 où beaucoup sont déjà morts pour certaines souches).

Donc ça donne ça :
Variable : Fluorescence (quantitative)
Facteur 1 : Jour
Facteur 2 : Souche
Facteur 3 (optionnel) : ARNi
Effectif : 15>= n > 3

Selon la présence ou l'absence du facteur 3, j'ai fait des ANOVA 2 ou 3 facteurs. (D'ailleurs en passant, pour que ce post soit au moins utile, allez faireun tour sur le site real-statistics , où on peut télécharger un macro qui permet de faire tout plein de tests stats sur Excel, super facilement, gratuitement, et même des ANOVA2 avec des effectifs non égaux, ce qui n'est pas possible d'habitude sur excel).
Ça c'est fait pour moi, mais ma question maintenant est de savoir s'il y a des tests POST HOC, et si oui, lesquels, pour ces tests. Je sais que pour les ANOVA 1 on peut faire par exemple un test de Tukey HSD mais là je ne sais pas trop comment m'y prendre. Parce que de ce que j'ai pu apprendre, les ANOVA disent s'il y a une différence significative quelque part (et oui, j'en ai), mais ne disent pas où. Et j'aimerais bien savoir, ne serait-ce que pour mes graphiques.

Merci beaucoup et bonne journée !

Le facteur 1 est une mesure répétée. Et si j'en crois le site real statistics ils ne fournissent pas de macro adaptée à ton plan d'expérience (1 variable répété + 1 ou plusieurs variable groupe)
http://www.real-statistics.com/anova-repeated-measures/one-within-subjects-factor/

Ils conseillent dans ce cas d'utiliser leur "Two Factor ANOVA without Replication", ce qui est une belle connerie puisque cette analyse ne tient pas compte de la non indépendance des données répétées et ne calcule pas l'interaction, qui est LE truc qui t'intéresse: dans ce shéma, la réponse n'est pas dans des tests post hoc mais dans l'étude des interactions

Donc il va falloir que tu utilises un vrai soft de stats. Et fais gaffe à ce site.

Merci pour ta réponse !

Je remarque que j'ai oublié de préciser quelque chose qui a son importance : Les J1, J3 etc... sont faites sur des animaux différents à chaque fois (l'analyse implique malheureusement de ne pouvoir faire qu'une mesure par animal). Ce sont donc des valeurs non appariées.

Et sinon quand on fait des ANOVA 2 ou 3, ils donnent bien les interactions dans ce cas là en tout cas.

alors c'est sans réplication.