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Message par titus_dbt le Mar 25 Juin 2019 - 15:01

Bonjour à tous,
Je travail sur du traitement de donnés isotope en écologie marine et j'aurais grandement besoin d'aide.
Mon jeu de donné ce présente sous cette forme :

Organe    Préservation   d13C
... ... ...
... ... ...

Je possède 3 organes d'étude : nageoire, muscle, foie et 2 méthodes de préservation de mes échantillons : éthanol et congélation
Je souhaiterais voir s'il existe des différence significative entre les organes, les méthodes de préservations et les deux combiner.
La méthode la plus adaptée est donc l'Anova à deux facteurs, ce que j'ai fait :  

> mod_presOrg <- lm(analyseC$d13C ~ analyseC$Organe * analyseC$Preserv)

Mais maintenant j'aimerais réaliser un post hoc sur cette Anova à deux facteurs afin de me retrouver avec une comparaison nageoire-éthanol = nageoire-congélation / nageoire-éthanol = muscle-éthanol... etc soit au total 15 comparaisons (puisque 6 conditions différentes).
Seulement, impossible de trouver la ligne de code me permettant de réaliser ce test post hoc...
Je vous remercie d'avance !
Titus

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Message par Florent Aubry le Mar 25 Juin 2019 - 15:17

Puisque tu utilises R, tu peux réaliser tes tests post-hoc avec le package emmeans et la fonction de même nom.

Florent Aubry

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Message par titus_dbt le Mer 26 Juin 2019 - 7:27

Florent Aubry a écrit:Puisque tu utilises R, tu peux réaliser tes tests post-hoc avec le package emmeans et la fonction de même nom.

Bonjour Florent, merci de ta réponse mais lorsque je lance library(emmeans) il me dit qu'il n'a trouvé aucun package correspondant à emmeans, bizarre...
Sinon, j'avais tenté la ligne de code suivante :
> library(multcomp)
> summary(glht(mod_presOrg, linfct=mcp(Organe="Tukey")))
mais un message d'erreur s'affiche... Il faudrait que dans ma ligne de code Tukey je lui fasse comprendre que je veux qu'il analyse deux conditions : l'organe et la préservation, mais pour le coup, je sèche...

titus_dbt

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Message par Florent Aubry le Mer 26 Juin 2019 - 9:01

Il faut d'abord que tu les charges depuis un des sites miroir de R. Tu vas dans le menu "Packages" et ensuite "installer le package". Pour ce que tu cherches, le package emmeans est plus simple à utiliser.

Florent Aubry

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Message par titus_dbt le Mer 26 Juin 2019 - 12:55

Ok c'est good, j'ai chargé emmeans et voilà ce que j'ai fais :
> lnl<-emmeans(mod_presOrg,specs = "Organe")
> summary(lnl)
> test<-contrast(lnl,method = "pairwise")
> summary(test)

Seulement, comme pour le test post hoc classique, il ne me compare que les Organes entre eux, j'aimerais y intégré les méthodes de conservation...
Merci

titus_dbt

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Message par droopy le Mer 26 Juin 2019 - 14:13

bonjour,

essaie :
Code:
emmeans(lnl, pairwise ~ Organe*Preserv)
cdlt
droopy
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Message par titus_dbt le Mer 26 Juin 2019 - 14:41

Bonjour,
j'ai trouver la solution à mon problème. Je vous met le lien si jamais qqln en aurait besoin un de ces jours...
[EDIT] je ne peux pas mettre de lien, tappez sur YouTube : Two way analysis of variance using R studio, Tukey HSD test, Interaction bar graph
Merci

titus_dbt

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Message par Eric Wajnberg le Jeu 27 Juin 2019 - 5:30

titus_dbt a écrit:Je possède 3 organes d'étude : nageoire, muscle, foie et 2 méthodes de préservation de mes échantillons : éthanol et congélation
Je souhaiterais voir s'il existe des différence significative entre les organes, les méthodes de préservations et les deux combiner.
La méthode la plus adaptée est donc l'Anova à deux facteurs, ce que j'ai fait :  

> mod_presOrg <- lm(analyseC$d13C ~ analyseC$Organe * analyseC$Preserv)
Oui, sauf si les différents organes sont prélevés sur les mêmes individus (ce qui est classique en expérimentation). Si tel est le cas, les données ne sont plus indépendantes, et l'ANOVA telle que réalisée ici est fausse. Il faut soit une ANOVA sur données répétées, soit un modèle mixte.

HTH, Eric.
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