Bactéries fécales, rivières et statistiques !

Bonjour à tous !

Ce message risque d'être un peu long puisque je vais 1) me présenter, 2) présenter mon problème !
Bien, alors 1), je suis étudiante en Master 2 dans l'écologie et actuellement en stage aux USA, à l'agence de protection environnementale. Et là où on les penserait calés sur tout et surtout sérieux, il n'en est rien. Je n'ai plus de maître de stage, ceux qui m'entourent ne connaissent rien aux stats et personne pour répondre à mes questions. Voilà pourquoi je me tourne vers ce forum !
2) Leur étude, à laquelle je participe, consiste en deux synoptiques (un en octobre dernier et un qu'on vient de finir) sur l'étude des bactéries indicatrices fécales (E. coli et enterococcus) et les pathogènes (salmonelles, listéria, campylobacter).
Voilà un peu les données dont je dispose actuellement (et vous allez remarquer à quel point ils ont été erratiques dans leur collection de données.....)
Premier synoptique : - semaine 1 = [E.coli sédiment], [E.coli eau], [Enterococcus sédiment], [Enterococcus eau], t°C, O2 dissous, TSS.
                           - semaine 2 = [E.coli sédiment], [E.coli eau], [Enterococcus sédiment], [Enterococcus eau], t°C, O2 dissous, TSS + présence/absence campylobacter + présence/absence de listéria !
                           - semaine 3 = [E.coli sédiment], [E.coli eau], [Enterococcus sédiment], [Enterococcus eau], t°C, O2 dissous, TSS, présence/absence campylobacter, présence/absence de listéria  + présence/absence de salmonella dans l'eau !

Deuxième synoptique : - semaine 1 = [E.coli sédiment], [E.coli eau], [Enterococcus sédiment], [Enterococcus eau], t°C, O2 dissous, TSS, présence/absence campylobacter, présence/absence de listéria, présence/absence de salmonella dans l'eau ET les sédiments !

A cela se rajoute la taille des particules à partir de la deuxième semaine du premier synoptique, et les pourcentages de répartition de l'utilisation des sols autour de chaque site (forêt, pâture, station d'épuration, sachant que certains sites (15) ont un peu de tout).

Donc, 1) les données ne sont pas les mêmes pour chaque semaine, donc je ne peux pas comparer de façon censée, 2) ils veulent pourtant comparer les deux synoptiques afin d'établir un schéma de référence pour chaque site (mais ils ne savent encore ce qu'ils veulent vraiment étudier sur ces données...), 3) Je suis... dans la mouise !!

J'avais pensé à effectuer des analyses spatio-temporelles, pour voir si les concentrations en E;coli et entéro varient en fonction du site ou bien de la période d'échantillonnage. Ensuite je voulais comparer (par des AFC, mais lesquelles ? classiques ? ou existe-t-il des modèles pour les bactéries et ce genre d'étude ?) les pathogènes avec les indicatrices, l'usage des sols, les données abiotiques, mais cela ne peut se faire de façon effective que si je dispose des mêmes données partout. Ce qui signifie seulement la troisième semaine de chaque synoptique et encore... Pas sérieux scientifiquement...

Ainsi donc, je m'en remets à vos méninges et vos idées de génie (je vous avoue que j'ai cramé les miens et que j'ai aussi cramé l'intérêt que j'avais pour ce stage quand je vois les sous mis en jeu et le peu de... rigueur scientifique qu'ils apportent à tout cela).

Merci d'avance à tous ceux qui me répondront !!

Lucile

trop long....
Désolé mais je ne prends plus le temps de lire des messages aussi long donc fais un effort de synthèse sinon tu perds une partie des répondants possibles.
En plus, généralement on se perd dans la lecture de pareils pavés donc on doit le lire plusieurs fois

Je ne peux malheureusement pas raccourcir. Je suis dans l'obligation de presenter les donnees dont je dispose, sinon les reponses apportees a mon probleme ne correspondront pas.

Efw28 a écrit:Je ne peux malheureusement pas raccourcir. Je suis dans l'obligation de presenter les donnees dont je dispose, sinon les reponses apportees a mon probleme ne correspondront pas.

Je peux le comprendre.

Malheureusement c'est vrai que ça fait "peur" à lire. D'ailleurs mes sujets ont tendance à être assez long aussi, et c'est un exercice en soit de bien synthétiser.

Bon courage,

Khalid

Efw28 a écrit:Bonjour à tous !

Ce message risque d'être un peu long puisque je vais 1) me présenter, 2) présenter mon problème !
Bien, alors 1), je suis étudiante en Master 2 dans l'écologie et actuellement en stage aux USA, à l'agence de protection environnementale. Et là où on les penserait calés sur tout et surtout sérieux, il n'en est rien. Je n'ai plus de maître de stage, ceux qui m'entourent ne connaissent rien aux stats et personne pour répondre à mes questions. Voilà pourquoi je me tourne vers ce forum !
2) Leur étude, à laquelle je participe, consiste en deux synoptiques (un en octobre dernier et un qu'on vient de finir) sur l'étude des bactéries indicatrices fécales (E. coli et enterococcus) et les pathogènes (salmonelles, listéria, campylobacter).
Voilà un peu les données dont je dispose actuellement (et vous allez remarquer à quel point ils ont été erratiques dans leur collection de données.....)
Premier synoptique : - semaine 1 = [E.coli sédiment], [E.coli eau], [Enterococcus sédiment], [Enterococcus eau], t°C, O2 dissous, TSS.
                           - semaine 2 = [E.coli sédiment], [E.coli eau], [Enterococcus sédiment], [Enterococcus eau], t°C, O2 dissous, TSS + présence/absence campylobacter + présence/absence de listéria !
                           - semaine 3 = [E.coli sédiment], [E.coli eau], [Enterococcus sédiment], [Enterococcus eau], t°C, O2 dissous, TSS, présence/absence campylobacter, présence/absence de listéria  + présence/absence de salmonella dans l'eau !

Deuxième synoptique : - semaine 1 = [E.coli sédiment], [E.coli eau], [Enterococcus sédiment], [Enterococcus eau], t°C, O2 dissous, TSS, présence/absence campylobacter, présence/absence de listéria, présence/absence de salmonella dans l'eau ET les sédiments !

A cela se rajoute la taille des particules à partir de la deuxième semaine du premier synoptique, et les pourcentages de répartition de l'utilisation des sols autour de chaque site (forêt, pâture, station d'épuration, sachant que certains sites (15) ont un peu de tout).

Donc, 1) les données ne sont pas les mêmes pour chaque semaine, donc je ne peux pas comparer de façon censée, 2) ils veulent pourtant comparer les deux synoptiques afin d'établir un schéma de référence pour chaque site (mais ils ne savent encore ce qu'ils veulent vraiment étudier sur ces données...), 3) Je suis... dans la mouise !!

J'avais pensé à effectuer des analyses spatio-temporelles, pour voir si les concentrations en E;coli et entéro varient en fonction du site ou bien de la période d'échantillonnage. Ensuite je voulais comparer (par des AFC, mais lesquelles ? classiques ? ou existe-t-il des modèles pour les bactéries et ce genre d'étude ?) les pathogènes avec les indicatrices, l'usage des sols, les données abiotiques, mais cela ne peut se faire de façon effective que si je dispose des mêmes données partout. Ce qui signifie seulement la troisième semaine de chaque synoptique et encore... Pas sérieux scientifiquement...

Ainsi donc, je m'en remets à vos méninges et vos idées de génie (je vous avoue que j'ai cramé les miens et que j'ai aussi cramé l'intérêt que j'avais pour ce stage quand je vois les sous mis en jeu et le peu de... rigueur scientifique qu'ils apportent à tout cela).

Merci d'avance à tous ceux qui me répondront !!

Lucile

Pour ma part je fais un effort de lecture: Je t'ai barré le texte inutile ou en tout cas très superflu (qui peut être résumé en qqs mots).
Donc à toi de reprendre ton message de façon plus concises en insistant sur les données à disposition car dans tout ce pavé tu n'as pas parlé une seule fois du nb de sites à disposition.
Par contre, il faut que tu fasses des choix sur les questions à traiter et là ça ne relève pas des stats mais bien des objectifs de l'étude. Si on ne t'en donne pas alors c'est à toi de les formuler. Ici c'est pas un forum de stat de bio/écologie.

Et je ne suis pas sûr que le terme "synoptique",employé dans ce contexte, parle à tout le monde. En tout cas, pas à moi.

Nik

forêt, pâture, station d'épuration, sachant que certains sites (15) ont un peu de tout -> si si, j'ai bien mis que j'avais 15 sites à ma disposition.

Quand aux questions de l'étude, je me les pose perso. Là, tout ce que je demande, c'est des idées sur le genre de stats qui pourraient convenir aux données dont je dispose. Donc il me semble bien que je sois sur le bon forum, ou alors il faudrait que je change d'études...

Pour le texte "inutile" ou "superflu", étant donné que c'était la première fois que je viens sur ce forum, je voulais éviter d'être malpolie et direct de demander de l'aide. Mais je le saurais pour la prochaine fois. Désolée de tout ce tracas.

Pour le terme synoptique, "vue d'ensemble", il s'agit du mot que eux emploient, et je ne pense pas trouver de meilleur équivalent en français.

Lucile

Ton nb de site n'était pas clair. J'avais compris que tu avais 15 sites avec "un peu de tout" mais que tu en avais d'autres à côté.

Quand aux questions de l'étude, je me les pose perso. Là, tout ce que je demande, c'est des idées sur le genre de stats qui pourraient convenir aux données dont je dispose. Donc il me semble bien que je sois sur le bon forum, ou alors il faudrait que je change d'études...

Justement, les questions orientent les stats autant que les données. Ces deux éléments sont un tout indissociable dans les choix statistiques.

Passons, pour le terme synoptique pour lequel, décidément je n'arrive pas à raccrocher les wagons. Pour moi, ce que tu décris c'est le plan d'échantillonnage

 Pour présenter la suite, pose les questions/hypothèses que tu veux aborder dans ton étude et indique clairement les données dont tu disposes pur y répondre. Pour l'instant j'y vois pas très clair car ça se croise un peu dans tous les sens dans les changements de variables mesurées les semaines etc...

Pour le côté politesse, ne t'inquiète pas un simple bonjour suffit à contenter la plupart des gens ici.