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Proportions de bactéries, comment les tester !?

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Proportions de bactéries, comment les tester !?

Message par Mytilus le Ven 25 Aoû 2017 - 10:48

Bonjour à tous,

Voila ma question statistique : Y a-t-il une différence de proportion entre les familles bactériennes en fonction du site/de la date (?) ; et pour un même site en fonction de la date / et pour une même date, en fonction du site (je pense que la question est peut-être un peu la même, pas sure scratch ) ?

En bref, la méthodo était la suivante: nous avons échantillonné des moules (oui je travaille sur les moules  Rolling Eyes ) (15 lots), sur différents sites (n=9), à différentes dates (n=3), nous avons fait de la culture bactérienne avec leurs tissus, nous avons prélevés 20 colonies bactériennes différentes qui nous semblaient majoritaires sur chacun des lots, et nous avons séquencé et identifié les 20 colonies et nous avons regroupé les différentes bactéries en 5 groupes.

(Je mets une impression écran en fichier joint pour vous montrer mon tableau de données !)

J'ai donc une nature de données que je n'arrive même pas à apprécier, car c'est un chiffre, une quantité, une proportion, ... et ce en faible effectif ; tout ce que je peux faire jusque là c'est transformer ça en pourcentage et dire que j'ai tant de pourcent de tel et tel groupes de bactérie dans tel site et à telle date, mais rien de plus.
J'aimerais simplement savoir si j'ai des différences significatives dans mes proportions de bactéries entre tous les sites, pour la même date et au sein d'un même site pour deux dates différentes !

J'espère que c'est clair study

N'hésitez pas si vous voulez des précisions,

En espérant que l'un(e) de vous puisse m'éclairer !!

Merci Smile

Maud
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Mytilus

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Re: Proportions de bactéries, comment les tester !?

Message par Eric Wajnberg le Sam 26 Aoû 2017 - 5:41

Il semble que vous êtes dans le cas d'une régression logistique où vous chercher à analyser (modéliser) la proportion binomiale de bactéries en fonction du site, de la date, et de l'interaction site-date. La régression logistique est un GLM particulier spécialement conçu pour l'analyse de données distribuées selon une loi binomiale, ce qui semble être votre cas.

HTH, Eric.
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Re: Proportions de bactéries, comment les tester !?

Message par Mytilus le Dim 27 Aoû 2017 - 10:14

Bonjour Eric,
Merci pour votre réponse ! Smile
Alors, je ne sais absolument pas ce qu'est une régression logistique Crying or Very sad (personnellement, je ne connais que les bases des stats, en gros loi normale, tests associés, si pas normale, tests non paramétriques et voila...).
Du coup j'ai fouiné un peu sur internet, mais ça ne m'a pas l'air d'être simple cette petite chose !
Une fois que j'aurai saisi la chose (si un jour j'y arrive), ou alors si je vous fait 100% confiance (ce qui peut être bcp plus simple que de comprendre ce qu'est une régression logistique Rolling Eyes ), est-ce facile à faire sur R ? J'ai déjà fait des régression linéaire et des tests de corrélation, donc si ça peut s'en rapprocher, ça pourrait être top (mais je suis surement trop naïve, la simplicité n'existe pas en statistiques !! ^^)

Merci Smile

Maud

Mytilus

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Re: Proportions de bactéries, comment les tester !?

Message par Eric Wajnberg le Dim 27 Aoû 2017 - 16:28

Une régression logistique est comme une régression linéaire (ou encore une ANOVA) mais pour des données de pourcentage. Ca se rapproche, oui, des régressions simples, corrélation, etc. Ca se fait facilement sur R, et le web est truffé d'exemples.

Eric.
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