multcompletters

Bonjour

je suis nouveau sur le forum et j'espère que vous pourrez m'aider.
je suis entrain de faire un test statistique sur R
J'ai fait un test anova sur mon jeu de donnée suivit d'un posthoc (tukeyHSD)
par la suite j'aimerais avoir une comparaison par lettre des résultats sortie mais il m'affiche ceci :
> ELON <- ED
> anovaELON<-aov(ELON$elongation~ELON$modalie)
> summary(anovaELON)
Df Sum Sq Mean Sq F value Pr(>F)
ELON$modalie 5 917 183.4 1.195 0.315
Residuals 138 21178 153.5
> pELON<-TukeyHSD(anovaELON)
> pELON
Tukey multiple comparisons of means
95% family-wise confidence level

Fit: aov(formula = ELON$elongation ~ ELON$modalie)

$`ELON$modalie`
diff lwr upr p adj
MYC12-HUM 3.0000000 -7.335601 13.335601 0.9596869
MYC800-HUM -3.1458333 -13.481434 7.189768 0.9507931
PM-HUM -0.9166667 -11.252268 9.418934 0.9998467
PRA-HUM -4.8333333 -15.168934 5.502268 0.7555641
T--HUM -2.7500000 -13.085601 7.585601 0.9722569
MYC800-MYC12 -6.1458333 -16.481434 4.189768 0.5219669
PM-MYC12 -3.9166667 -14.252268 6.418934 0.8825630
PRA-MYC12 -7.8333333 -18.168934 2.502268 0.2489135
T--MYC12 -5.7500000 -16.085601 4.585601 0.5947847
PM-MYC800 2.2291667 -8.106434 12.564768 0.9891379
PRA-MYC800 -1.6875000 -12.023101 8.648101 0.9970360
T--MYC800 0.3958333 -9.939768 10.731434 0.9999976
PRA-PM -3.9166667 -14.252268 6.418934 0.8825630
T--PM -1.8333333 -12.168934 8.502268 0.9956145
T--PRA 2.0833333 -8.252268 12.418934 0.9920397

> getElon <-get.pvalues(pElon)
Error in get.pvalues(pElon) :
Not an object of class PMCMR or pairwise.htest
> getElon <-get.pvalues(pElon)
Error in get.pvalues(pElon) :
Not an object of class PMCMR or pairwise.htest
> getpELON<-multcompLetters (getELON, threshold=0.01)
Error in multcompLetters(getELON, threshold = 0.01) :
objet 'getELON' introuvable

Je ne suis pas expert mais j'espère que vous pourrez me guider

CDT

Plusieurs points:

1) Merci de fournir vos codes ici avec la balise "code"
2) Dans R, les minuscules et les majuscules sont reconnues différemment. Les objets "getElon" et "getELON" ne sont pas les mêmes.
3) Il y a des packages R qui font ca, par exemple agricolae.

HTH, Eric.

Merci pour ces éclaircissement

Question bête certainement mais comment utiliser la balise "code" :/
j'applique vos conseils et je reviendrai pour confirmer ou non le résultat

Merci

Bonjour fanchvigne, la balise code est la 10ème balise juste au dessus de l'emplacement de texte où tu peux répondre (il ressemble à "<>" et il suffit d'écrire ton code à l'intérieur des balises.

bonjour je reviens sur le sujet posé. J'ai téléchargé le package agricolae.
Seul petit soucis c'est que je n'arrive pas a obtenir le classement que je cherche à avoir comme avec multcomplView.
J'ai testé order.stat, order.group, HSD.test

Code:

NTEST<-subset(N, N$date=="20170608")
anovaN<-aov(NTEST$conct~NTEST$modalie)
summary(anovaN)

#si significatif faire un test post-HOC qui permet de comparé un à un les résultats et de donner lesquels sont significativements différent l'un par rapport a l'autre
PNTEST<-TukeyHSD(anovaN)
PNTEST

out<-HSD.test(anovaN, "modalie")
out

Les seuls réponses que j'ai c'est : NULL mais au vue des résultats ça me semble étrange.

Code:

> PNTEST<-TukeyHSD(anovaN)
> PNTEST
  Tukey multiple comparisons of means
    95% family-wise confidence level

Fit: aov(formula = NTEST$conct ~ NTEST$modalie)

$`NTEST$modalie`
                   diff          lwr        upr     p adj
MYC12-HUM     -2.416667 -24.31067624  19.477343 0.9995036
MYC800-HUM     6.583333 -15.31067624  28.477343 0.9494012
PM-HUM       -13.250000 -35.14400957   8.644010 0.4878286
PRA-HUM      -26.833333 -48.72734290  -4.939324 0.0077733
T--HUM        -5.000000 -26.89400957  16.894010 0.9845997
MYC800-MYC12   9.000000 -12.89400957  30.894010 0.8321524
PM-MYC12     -10.833333 -32.72734290  11.060676 0.6951739
PRA-MYC12    -24.416667 -46.31067624  -2.522657 0.0201365
T--MYC12      -2.583333 -24.47734290  19.310676 0.9993132
PM-MYC800    -19.833333 -41.72734290   2.060676 0.0977277
PRA-MYC800   -33.416667 -55.31067624 -11.522657 0.0004224
T--MYC800    -11.583333 -33.47734290  10.310676 0.6318551
PRA-PM       -13.583333 -35.47734290   8.310676 0.4597046
T--PM          8.250000 -13.64400957  30.144010 0.8772024
T--PRA        21.833333  -0.06067624  43.727343 0.0510464


Code:

> out<-HSD.test(anovaN, "modalie")
> out
NULL

Est-ce que vous arrivez - à minima - à faire tourner l'exemple fourni avec la documentation de la fonction HSD.test() dans le package agricolae, avec leur jeu de données sweetpotato ? (je n'utilse personnellement pas ce package, je ne sais si je peux vraiment vous aider).

Sachez qu'il existe également un tutoriel détaillé de ce package ici.

HTH, Eric.

Je viens d'utiliser l'exemple qu'ils proposent, ça marche le seul problème c'est que je ne sais pas comment aller chercher les différentes informations pour les intégrer à la formule. Dans les exemples donnés ils rentrent des jeux de données directement :

Code:

means<-c(20,40,35,72,49,58)
std.err<-c(1.2, 2, 1.5, 2.4, 1, 3.1)
minimun<-c(15,38,30,68,43,54)
maximun<-c(23,45,39,76,53,61)
replications <- c(4,4,3,4,3,3)

hors moi mes données sont déjà dans mon fichier excel.csv et elles ont été traitées par l'anova.
Je ne sais pas si je me fais comprendre et surtout si j'ai bien compris le test :/
merci d'avance pour les infos

Dans l'exemple fourni par les auteurs (dans le reference manuel), le premier argument de HSD.test() est "model" qui est un objet créé par la fonction aov(). C'est un objet de type anova. Ils n'entrent donc pas des jeux de données directement comme vous le dites.

Où avez-vous été chercher ça ?

Je ne sais guère comment vous aider d'avantage à ce point.

Cordialement, Eric.