AFC et pourcentages

Bonjour à tous,

Je travaille actuellement sur des assemblages de diatomées (pour ceux qui connaissent pas, ce sont des microalgues qui vivent dans l'océan) dans différents types d'échantillons (phytoplancton, glace etc...) à différentes stations.
J'ai fait une AFC sur ces donnée afin d'avoir une distribution des différents échantillons les uns part rapport aux autres et en fonction des espèces caractéristiques. Et pour le moment ça marche pas trop mal

En revanche, je viens de m'apercevoir que j'ai fait mes analyses sur des pourcentages et non sur des effectifs brutes de mes diatomées dans mes échantillons. Ai-je fait une grosse boulette? Est ce que l'AFC peut se faire sur des pourcentages et non sur des effectifs? ou dois-je tout refaire?

Merci à tous
Vet

En théorie tu peux faire l'AFC sur des pourcentages, la preuve est que le programme ne plante pas...

Par contre, tout dépend de la façon dont tu as fait tes pourcentage (pourcentage par cellule, par ligne ou par colonne), car tu peux déformer ton nuage de point en fonction de l'option que tu as choisi...

Salut Hadrien,
Merci pour ta réponse.
En fait mes espèces sont en colonnes et mes stations en ligne. Chaque espèce représente un pourcentage de l'assemblage total dans chaque station. Donc la somme de chaque ligne fait 100% et signifie bien quelque chose.
En revanche, ce qui m'embête c'est que la somme de chaque colonne de signifie rien (on n'a pas de pourcentage de chaque station dans une espèce de diatomée Or, pour moi, l'AFC se fait sur un tableau de contingence et donc la somme des colonnes et la somme des lignes signifient quelque chose (ce qui n'est pas le cas pour mes colonnes... :S)
Mais peut etre que je me trompe...
vet

Salut,

En fait mes espèces sont en colonnes et mes stations en ligne. Chaque espèce représente un pourcentage de l'assemblage total dans chaque station. Donc la somme de chaque ligne fait 100% et signifie bien quelque chose.

C'est effectivement la pratique usuelle. Mais sur le fond la proportion calculée ne veut rien dire car tu as additionné des vaches et des cochons pour trouver ton nombre total d'individu par ligne. Mais bon passons car pour le moment on va dire qu'on ne sait pas faire autre chose.

En revanche, ce qui m'embête c'est que la somme de chaque colonne de signifie rien (on n'a pas de pourcentage de chaque station dans une espèce de diatomée Or, pour moi, l'AFC se fait sur un tableau de contingence et donc la somme des colonnes et la somme des lignes signifient quelque chose (ce qui n'est pas le cas pour mes colonnes... :S)
Mais peut etre que je me trompe...

oui l'AFC est une analyse symétrique et en calculant tes pourcentages tu as rendu ton tableau dissymétrique. Donc en général il est plus approprié de faire une ACP centrée sur des données de pourcentage. Le fait que l'AFC se fasse n'est pas forcément un signe qu'on a le droit ou pas de le faire. Les caluls sont aveugles à la nature profonde des données. C'est au praticien de s'assurer que les analyses qu'il fait permettent bien de rendre compte du phénomène qu'il souhaite observer.

Au passage, tu remarqueras qu'en passant en pourcentage tu as rendu interdépendantes les valeurs d'abondance d'espèces : si tu as k espèces et que tu connais k-1 valeurs de pourcentage alors tu connais nécessairement la k ième valeur. Par conséquent si tu as par exemple un gradient amont aval entre tes stations et qu'une espèces abondantes réagit à ce gradient alors la transformation en % risque fort d'induire une réaction (négative ou positive) au gradient sur les autres espèces, et ce, que la réaction existe naturellement ou pas. Du coup, tu dilues ce gradient sur l'ensemble de tes espèces, qui servent à calculer les composantes de ton AFC/ACP (ou autre) et tu as donc un gradient amont-aval qui se retrouve sur tous les axes par mécanique mathématique et pas du tout parce que la communauté dans son ensemble évolue de manière amont-aval ou pas.

Tu es donc dans le dilemne classique : dois-je transfomer mes valeurs pour les rendres mathématiquement comparable au risque (quasi-certains) de créer une information biologique faussée. La base de ce bins étant qu'on met ensemble, veau, vaches, cochons, rhinocéros et diatomées du zimbabwe à la Siberie en passant par l'équateur et son s'étonne de devoir standardiser à outrance pour pourvoir comparer.

Nik

Merci Nik,

Donc bilan des courses : j'ai refait mon analyse en remplaçant les pourcentages par les effectifs. Le résultat n'est pas très différent, mais au moins c'est statistiquement juste
En ce qui concerne les veaux, vaches, cochons... tous mes individus sont des diatomées (de différentes espèces certes... mais bon) donc ils ne représentent pas des choses si différentes que ça les unes des autres. Pis j'ai fait cette analyse surtout pour résumer la distribution de mes différentes stations en tenant compte des assemblages de diatomées, donc l'AFC est là surtout pour appuyer mes observations et les rendre "lisible" sur un seul et même graphique (et ça marche pas trop mal, puisque mes résultats sont "biologicalement" logique). Donc, on ferme les yeux sur les vaches et les cochons et on les transforme tous en diatomées )

En tout cas, merci à tous les 2
vet

En ce qui concerne les veaux, vaches, cochons... tous mes individus sont des diatomées (de différentes espèces certes... mais bon) donc ils ne représentent pas des choses si différentes que ça les unes des autres

Peut être que de ton point de vue d'humain, travaillant à l'échelle humaine, toutes les diatomées se ressemblent mais d'un point de vue écosystémique ce n'est certainement pas le cas. On fait le raccourci d'appeler toutes les diatomées d'une communauté "individus" car on ne sait mathématiquement pas faire autre chose (ou on ne s'en donne pas trop les moyens). Donc dis toi bien que de toute façon l'écologie des communautés se base sur des maths dont elle transgresse totalement les règles les plus élémentaires. Il n'y a donc rien d'étonnant à ce qu'on ait du mal à mettre en évidence des règles communes aux écosystèmes.

Nik