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Problème avec lsmeans [RÉSOLU]

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Problème avec lsmeans [RÉSOLU] Empty Problème avec lsmeans [RÉSOLU]

Message par Liyongo le Ven 30 Aoû 2019 - 13:06

Bonjour,

Lorsque j'utilise lsmeans j'obtiens cette réponse :

Code:
lsmeans(model$aov,pairwise~GR*TEMPS)
Note: re-fitting model with sum-to-zero contrasts
Error in formula(aov_formula) : objet 'aov_formula' introuvable

Je ne comprends pas d'où vient le problème ?


Dernière édition par Liyongo le Sam 31 Aoû 2019 - 12:00, édité 1 fois

Liyongo

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Problème avec lsmeans [RÉSOLU] Empty Re: Problème avec lsmeans [RÉSOLU]

Message par Florent Aubry le Ven 30 Aoû 2019 - 17:50

Comment obtiens-tu la variable que tu appelles 'model' et que représente sa composante 'aov' ?

De pus, il est maintenant préférable le package emmeans à la place lsmeans.

Florent Aubry

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Problème avec lsmeans [RÉSOLU] Empty Re: Problème avec lsmeans [RÉSOLU]

Message par Liyongo le Ven 30 Aoû 2019 - 18:17

Merci de prendre le temps de m'aider

j'obtiens model ainsi :

Code:
model<-ezANOVA(data=DataANOVA, dv=DISCRI, wid=ID, between=GR, within=TEMPS, type=3, return_aov=T)

Pour aov j'obtiens :

Code:
model[["aov"]]

Call:
aov(formula = formula(aov_formula), data = data)

Grand Mean: 2.091667

Stratum 1: ID

Terms:
                      GR Residuals
Sum of Squares  37.40833  11.08333
Deg. of Freedom        1        58

Residual standard error: 0.4371407
1 out of 2 effects not estimable
Estimated effects are balanced

Stratum 2: ID:TEMPS

Terms:
                TEMPS GR:TEMPS Residuals
Sum of Squares  46.875  39.675    14.950
Deg. of Freedom      1        1        58

Residual standard error: 0.5076993
Estimated effects may be unbalanced

Pour model j'obtiens :

Code:
model
$ANOVA
    Effect DFn DFd        F            p p<.05      ges
2      GR  1  58 195.7609 3.045644e-20    * 0.5896493
3    TEMPS  1  58 181.8562 1.574058e-19    * 0.6429306
4 GR:TEMPS  1  58 153.9231 5.825679e-18    * 0.6038047

$aov

Call:
aov(formula = formula(aov_formula), data = data)

Grand Mean: 2.091667

Stratum 1: ID

Terms:
                      GR Residuals
Sum of Squares  37.40833  11.08333
Deg. of Freedom        1        58

Residual standard error: 0.4371407
1 out of 2 effects not estimable
Estimated effects are balanced

Stratum 2: ID:TEMPS

Terms:
                TEMPS GR:TEMPS Residuals
Sum of Squares  46.875  39.675    14.950
Deg. of Freedom      1        1        58

Residual standard error: 0.5076993
Estimated effects may be unbalanced


Avec le package emmeans j'obtiens le même résultat

Code:
> emmeans(model$aov,pairwise~GR*TEMPS)
Note: re-fitting model with sum-to-zero contrasts
Error in formula(aov_formula) : objet 'aov_formula' introuvable

Le but de la manipulation est d'afficher des comparaisons multiple pour une ANOVA mixte (split plot).



Liyongo

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Problème avec lsmeans [RÉSOLU] Empty Re: Problème avec lsmeans [RÉSOLU]

Message par Florent Aubry le Ven 30 Aoû 2019 - 20:26

Désolé de ne pouvoir t'aider plus n'ayant jamais utilisé ezANOVA. Au premier abord, cela semble signifier que la fonction ezANOVA crée la formule (sans doute sous forme de chaines de caractères) dans une variable appelée aov_formula qui lui est locale donc que lsmeans ou emmeans trouve une description formelle du modèle (formule) incluent formula( aov_formula) mais quand il essaye de l'interpréter dans le contexte de l'analyse, la variable n'est pas définie.

Pourquoi ne pas essayer avec lmer comme suggéré par https://stackoverflow.com/questions/48794127/discrepancy-emmeans-in-r-using-ezanova-vs-estimated-marginal-means-in-spss

Florent Aubry

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Problème avec lsmeans [RÉSOLU] Empty Re: Problème avec lsmeans [RÉSOLU]

Message par Liyongo le Sam 31 Aoû 2019 - 11:59

Merci beaucoup ce conseil m'a beaucoup aidé puisque j'ai pu réaliser mes tests de comparaisons multiples grâce à lmer.

C'est déjà vraiment sympa d'avoir pris le temps de me proposer une solution différente

Liyongo

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Problème avec lsmeans [RÉSOLU] Empty Re: Problème avec lsmeans [RÉSOLU]

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