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Problème avec R

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Message par soso_4990 le Jeu 21 Oct 2010 - 17:14

Bonjour tout le monde, j'espère que ce sujet n'a pas déjà été posté
Je suis débutante avec "R" (comme vous allez pouvoir vous en rendre compte Embarassed ) et je suis à la recherche de quelqu'un qui pourrait répondre à quelques questions.

J'ai importé ma base de données data.txt (8 colonnes et 700 lignes => individus)
et j'ai réussi à obtenir les moyennes,valeur min,max... pour chaque colonne avec "summary(data)" mais après je suis bloquée scratch
(je sais ça à pas été long ). Je n'arrive pas à étudier les colonnes individuellement,quand je donne le titre de la colonne (ex:"N°ind" =>soit "NÂ.ind" après importation dans R pour n°individu et "NP2005" pour nombre de plasmides en 2005), R n'apprécie pas trop.

Je dois étudier:
- l'effet année (3 années et donc 3 colonnes) sur la moyenne des données de ces colonnes
- l'effet des données d'une colonne (données binaires =>1ou0) sur la moyenne des données d'une autre colonne
- la répartition des données (normale?;pour la colonne en système binaire =>50%/50%?)


Je dois accompagner ces études (autant que possible) par des études de variances, résultats de tests, histogrammes, boxplot,... affraid

PS:il y a des données manquantes dans certaines colonnes (que j'ai "éliminée" => na.strings="*")

Je sais que ça fait pas mal de boulot mais si quelqu'un peut m'aider ce serait vraiment sympa
Merci d'avance Smile

soso_4990

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Message par A.D. le Ven 22 Oct 2010 - 9:09

Bonjour,

Après avoir importé tes données, par exemple de la sorte :

Code:
tab<-read.table("data.txt",header=TRUE)

Pour récupérer la colonne dont le nom est "NP2005" dans "data.txt", il faut utiliser par exemple la commande suivante :

Code:
macolonne<-tab$NP2005

Par contre, je pense que si le nom d'une de tes colonnes est "N°ind", cela risque peut-être de poser un problème à R, mais pas sûr...
Après, pour ce qui est du reste de ton étude, si tu as des questions sur des méthodes en particulier, n'hésite pas à les poser Very Happy

Bonne continuation !


A.D.

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Message par soso_4990 le Dim 24 Oct 2010 - 18:42

Bonsoir,
Merci pour ton aide, ça m'a énormément aidée cheers Very Happy

J'ai encore une petite question :
J'ai 4 colonnes binaires (type présence (1) ou absence (0)), j'ai réussi à obtenir le nombre de 0 et de 1 pour chaque colonne (et donc le % de chaque).
Je voudrais avoir un intervalle de confiance à 95% pour chaque colonne et/ou commun aux 4 colonnes (mais je sais pas trop si c'est possible Question )

Merci d'avance Very Happy

soso_4990

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Message par FredoFredo le Sam 30 Oct 2010 - 10:40

Sauf erreur, l'estimateur d'une proportion suit une loi normale N(p, p(1-p)/n)
où p est la proportion estimée et n la taille de l'échantillon.
L'intervalle de conf est donc p +/- t*sqrt(p(1-p)/n) où t est le quantile de la loi de student df = n-1, 1-alpha/2.

Facile à calculer sous R pour chaque colonne.
Un truc du genre devrait marcher:

myIC <- function(x){
n <- length(x)
p <- length(x[x==1])/n
t <- qt(0.975, df = n-1)
ic <- t*sqrt(p(1-p)/n)
return(ic)
}

ICs <- apply(mydata[,1:4], 2, myIC) # si colonnes de 1 à 4 par exemple

Par contre je ne vois pas l'intérêt du "commun aux 4".

FredoFredo

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Message par soso_4990 le Sam 30 Oct 2010 - 10:47

Ok merci beaucoup c'est sympa Wink

soso_4990

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