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bug courbe de survie sous Rstudio ?

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bug courbe de survie sous Rstudio ?

Message par loloyup le Lun 5 Juin 2017 - 15:46

Bonjour à tous,
Je suis actuellement confronté à un problème vraiment étrange concernant des courbes de survie (KM).
Je m'explique. Il y a plusieurs mois, j'avais réalisé une figure comparant 2 courbes de survie selon l'exposition ou non à un facteur. Et sur ces courbes, étaient présents les petits traits verticaux correspondant aux données censurées...
J'ai bien enregistré les codes du script.

Or il se trouve que je dois de nouveau refaire des courbes, en reprenant exactement les mêmes codes je retrouve bien les memes courbes, mais impossible de faire apparaitre les petites croix (ou traits verticaux) sur les courbes?????
Les codes sont exactement les memes pourtant.
En revanche je ne le fais pas sur le meme ordinateur et j'ai récemment installé une nouvelle version de R.

Pensez vous que cela puisse venir de ce changement de version???

Pour info voici le code que j'utilise:
install.packages("survival"); library(survival)
cmb<- survfit( Surv(Time,censure) ~StatutMb,data=mb)
plot <- survfit(Surv(Time,censure)~StatutMb,data=mb)
p <- plot(plot,col=c(1,1),bg = "lightblue",cex=0.75,lwd=2,lty=c("dotted","solid"),xlim=c(0,60), ylim=c(0.50,1),las=1)

Avec Time la durée en mois, censure 1 ou 0.

L'un d'entre vous a-il déjà été confronté à ce problème? comment faire pour faire apparaitre les données censurée sur le graphe?

Je vous remercie beaucoup



loloyup

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Re: bug courbe de survie sous Rstudio ?

Message par Ayana le Lun 5 Juin 2017 - 15:57

Bonjour,
As-tu essayé l'option mark.time=T?
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Re: bug courbe de survie sous Rstudio ?

Message par loloyup le Lun 5 Juin 2017 - 16:07

Bonjour, merci pour la suggestion,
R me renvoi le message suivant : "argument inutilisé (mark.time = TRUE)"

loloyup

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Re: bug courbe de survie sous Rstudio ?

Message par loloyup le Lun 5 Juin 2017 - 16:11

ah c'est bon !!!
Merci ++
Par contre je ne comprend pas pourquoi avant je n'avais pas besoin de préciser quoi que ce soit....

loloyup

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Re: bug courbe de survie sous Rstudio ?

Message par Ayana le Lun 5 Juin 2017 - 16:19

Tu as bien mis cette option dans l'appel à la fonction plot?
Je me demande si ça ne vient pas du fait que ta sortie de survfit s'appelle plot, tout comme la fonction. Car dans RStudio, le code suivant marche bien en utilisant les données d'exemple du package:
Code:
library(survival)
mod<-survfit(Surv(futime, fustat) ~ ecog.ps,
      data=ovarian)

plot(mod,col=c(1,1),bg = "lightblue",cex=0.75,lwd=2,lty=c("dotted","solid"),las=1,mark.time=T)

Et si tu mets mark.time=F, les marques disparaissent...


Dernière édition par Ayana le Lun 5 Juin 2017 - 16:32, édité 1 fois
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Re: bug courbe de survie sous Rstudio ?

Message par loloyup le Lun 5 Juin 2017 - 16:27

oui c'est bon cela fonctionne très bien!
Merci encore

loloyup

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Re: bug courbe de survie sous Rstudio ?

Message par Ayana le Lun 5 Juin 2017 - 16:31

Nos messages se sont croisés! De rien!
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Re: bug courbe de survie sous Rstudio ?

Message par Eric Wajnberg le Mar 6 Juin 2017 - 4:58

Dans la fonction plot.survfit(), l'argument mark.time est par défaut à TRUE. Il ne devrait pas y avoir besoin de le préciser..

Eric.
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Re: bug courbe de survie sous Rstudio ?

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