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R - superposition de courbes de survie

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R - superposition de courbes de survie

Message par Kolmogorov le Jeu 11 Déc 2008 - 13:35

Logiciel utilisé: R

Bonjour,

J'ai plusieurs courbes de survies faites via "survfit".
J'aimerais les afficher sur un même graphique.
J'ai essayé de mettre des "par(new=T)" entre mes plot mais ça me superpose mes graph avec une échelle en absicces différentes pour chacune de mes courbes.
Comment les superposer avec une même échelle en abscisses ?

D'avance merci de votre aide.

Cordialement,

Kolmo
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Re: R - superposition de courbes de survie

Message par Invité le Jeu 11 Déc 2008 - 14:17

Bonjour,

Code:
# soit fit1 le premier modèle et fit2 le deuxième :
fit1 <- survfit(Surv(time,status) ~ x, data = aml, subset = x=="Maintained")
fit2 <- survfit(Surv(time,status) ~ x, data = aml, subset = x=="Nonmaintained")

# définition des bornes :
xlim1 <- range(c(fit1$time,fit2$time))
ylim1 <- c(0,1)

plot(fit1,conf.int=FALSE,xlim=xlim1,ylim=ylim1,panel.first=abline(h=c(0,1),col="grey70",lty=2))
lines(fit2,col="grey50")

micros

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Re: R - superposition de courbes de survie

Message par Kolmogorov le Jeu 11 Déc 2008 - 14:42

Merci Micros.

Que veut dire l'argument : panel.first=abline(h=c(0,1) ?

Sinon effectivement, ça marche comme ça. J'avais à une époque appris une commande que j'utilisais pour superposer. Je lançais cette commande puis ensuite tous les graphiques que je faisais se mettaient dans la même fenêtre. Ensuite une deuxième commande permettait de désactiver cette superposition... Si jamais vous vous souvenez de quelque chose du style je suis intéressé.
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Kolmogorov

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Re: R - superposition de courbes de survie

Message par Kolmogorov le Jeu 11 Déc 2008 - 15:03

En fait, je souhaite superposer plusieurs courbes de survies avec les intervalles de confiance. On dirait que lines permet d'ajouter les courbes mais ne permet pas d'ajouter les intervalles de confiance....
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Kolmogorov

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Re: R - superposition de courbes de survie

Message par Invité le Jeu 11 Déc 2008 - 15:05

tu peux aussi utiliser le par(new=TRUE) du moment que dans tes deux graphiques tu fixes les mêmes bornes avec le xlim1 et ylm1 :
Code:
old <- par()
xlim1 <- range(c(fit1$time,fit2$time))
ylim1 <- c(0,1)
plot(fit1,xlim=xlim1,ylim=ylim1,panel.first=abline(h=c(0,1),col="grey70",lty=2))
par(new=TRUE,ann=FALSE)
plot(fit2,axes=FALSE,xlim=xlim1,ylim=ylim1,col="red")
par(old)

Le panel.first=abline(h=c(0,1)) permet de tracer les deux lignes
horizontales en 0 et 1 avant de tracer la courbe de survie ce qui
permet à la courbe de survie d'être représenter au premier plan et les
deux lignes horizontales au second plan. C'était juste un raffinement
graphique. Voir aussi du côté de la fonction matplot qui peut être utile.

micros

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Re: R - superposition de courbes de survie

Message par Kolmogorov le Jeu 11 Déc 2008 - 16:15

Merci beaucoup Micros !
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Re: R - superposition de courbes de survie

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