Séminaire Pacbio - Lille – mercredi 28 novembre

Bonjour,

Le réseau régional d’ingénieurs en bioinformatique de Lille et le PPF
bioinformatique vous convient à une conférence
Mercredi 28 novembre 2012, 10h30-12h, Amphithéâtre de l'Institut de
Biologie de Lille, 1, rue du Pr Calmette, LILLE.

Comment diversifier les données de séquençage à haut débit pour
optimiser la bioinformatique ?
Les stratégies hybrides PacBio & Roche 454/Illumina HiSEq

Dr Christophe Meynier et Sabrina Benoussaidh - GATC Biotech France &
Belgique


Les nouvelles technologies de séquençage (NGS) ont permis d’améliorer
drastiquement la caractérisation des génomes avec la génération
de séquence en haut débit et ce à faible coût. Malgré cela, l’assemblage
d’un génome reste souvent problématique et diffère en fonction des
technologies utilisées. En effet la qualité d’un assemblage de novo est
influencée par différents facteurs inhérent à la structure intrinsèque
du génome et en parallèle à la longueur des fragments, au nombre de
séquences et à la qualité de ces dernières.

La technologie PacBio RS fournit les plus longues séquences jamais
obtenues (3500 bases en moyenne) ce qui simplifie et améliore la
création de contigs. Des études ont montré qu’en corrigeant les
séquences générées par le PacBio RS avec des données issues de secondes
générations de séquenceurs (Roche 454, HiSeq), nous optimisons alors les
avantages de chacune de ces technologies (couverture, fiabilité
des bases et longueurs des séquences). En diminuant le nombre de contigs
tout en augmentant leurs tailles, les chercheurs ont désormais les
outils pour obtenir des assemblages de génomes plus rapidement, à
moindre coûts ou pour obtenir des informations sur des génomes
partiellement séquencer jusque-là disponibles uniquement manuellement
(via PCR ou marche sur l’ADN).

Notre présentation montre des résultats d’assemblages obtenus avec
différentes technologies, les compare et démontre l’intérêt
d’association de technologies ensemble. En outre, nous discuterons
également des technologies Illumina HiSeq 2000 et Roche 454 au
travers d’applications spécifiques telles que le reséquençage de génomes
entiers, le séquençage de transcriptomes (RNAseq) et le ChipSeq.

Contact : sophie.gallina@univ-lille1.fr


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Sophie Gallina
GEPV - Laboratoire de Génétique & Évolution des Populations végétales
CNRS UMR 8198 - Bâtiment SN2 - Université Lille 1 - Sciences et Technologies
59655 Villeneuve d'Ascq Cedex
Tel : 33 (0)3 20 33 62 45 Fax : 33(0)3 20 43 69 79
sophie.gallina@univ-lille1.fr
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