Méthodes d'ajustement pour tests multiples

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Message par Jane M le Lun 27 Fév 2012 - 15:47

Bonjour à tous,

Je m'intéresse aux méthodes d'ajustement pour tests multiples et en particulier à leur différence. J'en ai besoin car je fais plusieurs milliers de tests (exacts de Fisher) pour la recherche de mutations chez des patients atteints de leucémie.

J'ai vu qu'il existe 2 types de correction :
- FWER (family wise error type) qui calcule la proba de faire 1 ou plusieurs fausses découvertes parmi toutes les hypothèses
- FDR (false discovery rate) qui contrôle la proportion attendue d'hypothèses nulles rejetées à tort dans une liste d'hypothèses rejetées
Avec ces deux définitions, je ne vois pas concrètement la différence entre ces 2 types de méthodes. Est-ce que quelqu'un peut m'éclairer ?

Dans FWER, on trouve Bonferroni, Hommel, Hochberg, Holm et avec FDR, on a BH ou BY.

Pour mon problème biologique, j'aimerais avoir un nombre limité de mutations détectées, une méthode serait d'utiliser la méthode de Bonferroni qui est la plus stringente si j'ai bien compris, mais je cherche de "vraies raisons" pour choisir une méthode plutôt qu'une autre.

Je voudrais comprendre les différences entre les méthodes et comment faire mon choix.
Les info que j'ai trouvées sont les suivantes :
- Hochberg et Hommel sont assez similaires, Hommel étant plus puissante que Hocherberg, mais les p-valeurs de Hochberg sont plus rapides à calculer.
- la méthode la moins stringente est BH
- Bonferroni est la plus stringente et la première méthode implémentée pour ce problème d'ajustement

Merci d'avance pour l'aide que vous pourrez m'apporter Smile
Jane





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Message par Ayana le Mar 28 Fév 2012 - 11:40

Bonjour,

J'ai simplement une petite question : est-ce que ça se fait de faire des corrections pour des tests de fisher exact? Je m'explique : les tests standards utilisent des distributions connues, alors que le test exact de Fisher utilise la vraie distribution des données. La p-value étant "exacte" par rapport à l'échantillon, à quoi correspondrait la correction? Avant de parler de la méthode à utiliser, est-ce que des articles mentionnent l'intérêt des corrections dans ce contexte?
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Message par Jane M le Mar 28 Fév 2012 - 16:27

Bonjour,

J'ai du mal à voir pourquoi on garderait le contrôle sur le taux de faux positifs sur des milliers de tests parce que l'on utilise un test exact de Fisher... Je veux bien quelques précisions sur ce point...

Pour moi, la correction garde son rôle, elle consiste à garder un taux de FDR inférieur à un certain seuil malgré un nombre important de tests, impliquant la perte de vrais positifs. Mais peut-être que je me trompe.

J'ai cherché, je n'ai pas trouvé d'articles sur la correction pour tests multiples dans le cas du EFT, tout comme je n'ai pas trouvé d'articles sur les différentes méthodes de correction.


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Message par droopy le Mar 28 Fév 2012 - 20:39

Les méthodes FWER contrôlent l'erreur de première espèce de sorte que la probabilité de faire au moins une erreur, rejeter H0 alors que H0 est vrai, est d'alpha. Ce qui revient en pratique a considérablement reculer le seuil à partir duquel tu rejettes H0. Par conséquent, tu vas avoir tendance à toujours accepter H0. Par conséquent tu augmentes grandement le risque de 2eme espèce qui est d'accepter H0 alors qu'elle est fausse.

Les méthodes FDR contrôlent la proportion d'hypothèse nulles incorrectement rejetées. Ces méthodes sont plus puissantes que les méthodes FWER.

Après tout dépend de ce que tu souhaites faire.
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Message par Jane M le Mer 29 Fév 2012 - 8:30

Merci pour cette réponse.
Je recherche des mutations chez des patients atteints de leucémie. Je ne veux rien rater d'important bien sûr, mais je ne veux pas avoir trop de résultats non plus car chaque potentielle mutation détectée doit être vérifiée biologiquement. Et les biologistes de mon labo ne seront pas d'accord pour faire plusieurs centaines de vérifications !

Voici un exemple concret :
Je pars d'un patient qui a 911 variants (potentielles mutations somatiques). Après avoir effectué un filtre sur un certain biais, il m'en reste 418. De là, je regarde le résultat du EFT avec pour seuil alpha 0.05.
Sans ajustement, je garde 300 variants.
Avec Bonferroni : 89
Avec Holm : 92
Avec Hochberg 92
Avec Hommel : 95
Avec BY : 146
Avec BH : 275

Je pense plutôt choisir une méthode qui contrôle le FDR car ce n'est pas très grave si j'ai quelques faux positifs puisqu'ils seront vérifiés biologiquement après, mais c'est embêtant de perdre de vraies mutations... Mais comment choisir entre BH et BY ?
Je ne peux pas choisir BY sur le critère qu'il me donne "moins" de variants et que les biologistes veulent le moins de résultats possibles. Ce n'est pas très solide comme argument...

Jane M

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