statistiques pour une nulle (enfin biologiste)

Bonjour à tous,
Voilà comme vous le savez en bio on a beaucoup de retard en statistique et très peu de cours!! J'écris en ce moment un rapport et aimerais y glisser quelques stats de bases et s'y possible pas trop faux (je suis en master1)... J'ai besoin de votre aide... (bon je vous jalouse aussi un peu, j'aimerais être meilleure en stats )

Voici un premier problème auquel je me heurte ! Nous avons dans notre petit labo deux lignée cellulaire : une KO OPA1 ayant la particularité d'avoir un réseaux mitochondrial fragmenté et une autre Rescue qui récupère partiellement un réseau mitocondrial filamenteux! Génial !
Bon nous voilà donc sous nos microscope à fluo pour compter : nous avons 4 lames de cellules KO et 4 lames Rescue. chaque binôme a sa lame et nous comptons chacun 100 cellules soit 200 cellules par lames que nous classons dans "réseaux filamenteux ou non" en pourcentage. Je veux savoir ensuite s'il y a bien une récupération du réseaux mitochondrial filamenteux pour mes cellules rescue, soit une réelle différence entre la moyenne des cellules KO filamenteuses et celle des cellules Rescue filamenteuses.
J'utiliseeeee quoi comme test ? Je considère que mes deux échantillons contiennent 4 lames (avec un pourcentage de cellules à réseaux filamenteux) donc n=4 , test non paramétrique et je compare les moyennes avec le test Mann-Whitney ?

Et pour la représentation graphique comme mes échantillons ne suivent pas une loi normale je dois faire des boîtes à moustaches ? ou un histogramme pourrait convenir avec une barre KO séparée en deux couleur : une pour pourcentage de cellules filamenteuses l'autre pour le pourcentage de cellules fragmentées, et à côté la même barre pour Rescue ?? mais du coup pour les barres d'erreurs je ne peux pas mettre d'erreur standard s.e.m (puisque pas de loi normale) ?



Merci beaucoup de votre aide, si je ne suis pas claire dite le moi, je réexpliquerais (en mieux)

Salut,

Voilà comme vous le savez en bio on a beaucoup de retard en statistique et très peu de cours!!

ça commence très mal, je suis un pur biologiste et j'ai dû m'approprier un gros bagage statistique. Le mythe des étudiants qui choisissent la bio pour éviter les maths est une grossière erreur. Maths et bio sont indissociables.

Bon passons au sujet. Tu donnes trop de détails spécialisés, il faut apprendre à simplifier pour présenter son sujet. Dis toi bien qu'en face de toi il ya beaucoup plus de personnes qui ne comprennent rien à ce que tu fais que de personnes qui comprennent réellement. Par exemple le nom des lignées de cellules n'a aucune importance pour l'analyse : tu peux les nommer A et B ou encore témoin et test. Bref un vocabulaire qui n'introduit pas de confusion. Si tu veux faire un master 2, je te conseilles fortement de savoir présenter tes expériences et leurs résultats.
Pour qu'on comprenne bien, il faut que tu nous dises quelles est la question posées par l'expérience et en quoi le protocole est sensé y répondre. Pourquoi 4 lames par exemple, est ce important ou est ce juste par commodité pédagogique ?

Sinon à priori, une simple comparaison de pourcentage de réseau filamenteux entre tes deux lignées en prenant ton effectif de cellules comme base (200 x 4 ?) devrait répondre à la question.
La normalité on s'en moque avec un tel effectif et surtout pour une simple comparaison de pourcentage.

Nik

PS : j'ajoute un dernier truc, en bio on est pas nul en stat c'est juste qu'on a pas encore compris à quel bio et stat s'accordent parfaitement pour répondre aux questions qui nous intéressent.

Bonjour Nik merci de ta réponse !!

oui c'est plus claire en appelant les lignées A et B, en gros nous avons compté 800 cellules pour la lignée A et 800 pour la lignée B, je voulais juste savoir s'il y avait une différence significative entre le pourcentage de cellules filamenteuses dans ma lignée B et celui de ma lignée A. quel test dois je utiliser ? et sur mon histogramme dois je mettre des barres d'erreurs ? écrat type, s.e.m par rapport au variabilité de nos pourcentage ?
Maths et BIO sont indissociables je suis bien d'accord, et je n'ai pas dit que TOUS les biologistes étaient nuls en stats, mais ceux qui sont bons ont du faire des cours, formations, piocher à droite à gauche pour rattraper le retard... parce que ce n'est pas les quelques cours que l'on a qui peuvent nous donner un bagage suffisant !!

Bonjour.

Un test de comparaison de pourcentages (t de Student) devrait fonctionner si tes taux ne sont pas trop proches de 0 ou de 100%. C'est en fait un classique test de comparaison de moyenne, puisque le pourcentage des filamenteuses est la moyenne de la variable statistique qui vaut 1 pour les filamenteuses et 0 pour les autres.

Cordialement.

Merci beaucoup gg !!!
Aie problème ça s'approche de 0% pour ma lignée A (et c'est le but recherché). Voici mes résultats ça sera plus simple : 1ère expérience lignée A : 0% de filamenteuses , lignée B : 32%
2ème expérience : lignée A : 10% filamenteuses (bon je pense qu'il y a eu un pb ^^) lignée B : 58%
3ème expérience lignée A : 2.6 % et lignée B: 47%.

en plus on a compté chacun 200 cellules et y'a de grosses variabilité de % selon la personne qui compte. Par exemple pour l'expérience 1, lignée B : un groupe compte 21%, l'autre 48%, l'autre 16%, l'autre 42%...

J'ai moyenné les pourcentage mais pour indiquer la variabilité sur mon histogramme je fais quoi ? un écrat type ?
En tous cas merci beaucoup pour vos réponses !!

PS je n'ai pas compris ta phrase "le pourcentage des filamenteuses est la moyenne de la variable statistique qui vaut 1 pour les filamenteuses et 0 pour les autres."
en fait dans mon expérience c'est tout ou rien (filamenteux ou non) donc 1 ou 0 ? donc rien à voir avec chercher si l'échantillon suis une loi normale ou pas patati patata.

Ok !

Pour tes résultats, je ne vois pas l'intérêt d'un test statistique : Ils sont nettement différents : fréquence faible (événements rares) contre fréquence de 1/3 à 1/2. Il faudrait être malsain pour demander un calcul pour confirmer que c'est différent. par contre, s'il y a variabilité des résultats (elle est quand même très forte (de 0 à 10% pour les A, de 16 à plus de 50% pour les B), il est bien plus intéressant de chercher les raisons de cette variabilité (par exemple travail mal fait, qui remet en cause l'expérimentation - ou réalité différente de ce qu'on attendait), avant de faire toute exploitation statistique : Faire des stats sur des données illusoires n'est pas très utile !
Pour la moyenne, j'explique : Tu as 10 personnes dont 4 ont une caractéristique A. Les A sont 40%=0,4. Maintenant, si tu donnes la valeur 1 aux A et la valeur 0 aux autres, la moyenne de ces valeurs est 4/10 = 0,4. En fait, on a fait 2 fois le même calcul : la fréquence est une moyenne !

Cordialement.

waouw d'accord.
Bon alors je peux dire que mes résultats sont significatifs sans faire aucuns tests. La variabilité provient du fait que les expériences n'ont pas été faite dans exactement les mêmes conditions. Par contre pour la variabilité intra expérience je ne peux pas expliquer... Peut être que nous ne comptions pas de la même manière, ou que nous n'avons pas compté assez de cellules pour "réduire l'effet du hasard". m'enfin 200 cellules c'est pas mal^^ donc cette variabilité je me dois de la représenter sur l'histogramme non ? je fait un histogramme par expérience en tous cas merci pour ton aide qui m'a été précieuse