Anova et Chi 2 sur R

Bonjour à tous,

Je suis actuellement en stage et dois faire une analyse de mes résultats.
Je dois étudier l'effet de 3 facteurs
- Conditions de culture : Champs ou serre
- Substrats de culture : terrain sableux ou argileux
- Engrais apportés : Engrais A ou B
Il y a 16 plantes (= répétitions) pour chacune des 8 combinaisons (Champs_sable_A; Champs_sable_B...)

Mon maitre de stage pense qu'une anova serait intéressante mais je suis plus que débutante avec R donc je coince un peu

j'ai rentré mes valeurs pour chaque combinaison depuis un fichier .csv (data=read.table("stage.csv",sep=";",header=T)) et en bidouillant après pour les regrouper par classes :
Champs=c((a+b+c+d)/4)
... Je sais, sans commentaire (si vous avez un moyen plus "officiel" je suis preneuse ça fera plus sérieux!)

Pour l'instant j'ai fais une comparaison de moyennes, de variances, un bon paquet de boxplots et des tests shapiro
mais le problème c'est que pour la suite je bloque complétement et tous les trucs que j'ai trouvé sur les anova (http://www.duclert.org/Aide-memoire-R/Statistiques/ANOVA.php par exemple) me donnent des messages d'erreurs. De plus en essayant de faire des tests de chi2 (> chisq.test(a,b)) j'ai un message d'avis qui revient et qui me dit que "l'approximation du Chi-2 est peut-être incorrecte" (est ce que je dois m'en inquiéter et si oui comment l'arranger ?).

Quelqu'un saurait-il comment me débloquer au sujet de l'anova et du chi2 ou m'indiquer des tests qui pourraient être interressants ?


Merci d'avance

Bonjour,

Tout d'abord, ce que vous indiquez avoir fait pour regrouper les classes n'est pas très clair. Pour faciliter la compréhension des personnes qui pourrait vous aider, il est toujours bienvenu (quand cela est possible) de données un court mais représentatif extrait de votre jeu de données ainsi que du code utilisé (à mettre bien sûr entre les balises codes = bouton "dièse" de la barre de personnalisation des messages ).

Sinon, concernant les anova et test du chi-deux avec R, il y a plétore de documentation sur le net à ce sujet, et si vous avez repris le code d'un tutoriel et que cela ne fonctionne pas, la première question à se poser est : le format de mes données en entrée de la fonction est-il correct? De plus, vous pouvez également indiquer sur le forum le code utilisé ainsi que le(s) message(s) d'erreur obtenu(s).

En ce qui concerne le message d'avis obtenu lors de la réalisation du test du chi-deux ("l'approximation du Chi-2 est peut-être incorrecte" ), il me semble qu'il apparaît lorsque l'effectif de l'une (au moins) des classes considérées est inférieur à 5. Pour remédier à ce problème, il me semble qu'il est possible d'avoir recours à un test exact de Fisher à la place du chi-deux.

Bonne continuation


Cordialement,

A.D.

Merci beaucoup