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commande dendrogramme sous R

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commande dendrogramme sous R Empty commande dendrogramme sous R

Message par fanfan_fred le Jeu 3 Déc 2009 - 22:02

bonjour petite question technique sur les commandes à taper ss R:

on a n espece avec des masses de cerveau et de corps( variables quantitatives)
et un indice de prédation ( variable qualitative) avec pour valeur soit 1, soit 2 soit 3 soit 4 soit 5.
On veut réaliser une classification hiérarchique ascendante(
dendrogramme) par la distance obtenue par le rapport( masse du cerveau
et masse du corps)=cela on y arrive, mais on arrive pas à colorer le
nom des sp : bleu: indice valant 1;rouge:indice valant 2 etc... quelle commandes sont nécessaire pour réaliser cela?

2eme partie: on veut faire un autre dendrogramme avec la distance
obtenue par masse cerveau/masse du corps et indice. afin d'etudier
l'effet du rapport sur l"indice...
Merci de votre patience

fanfan_fred

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commande dendrogramme sous R Empty Re: commande dendrogramme sous R

Message par droopy le Lun 7 Déc 2009 - 8:33

bonjour,

1) ce genre de trucs n'est pas évident a faire dans R. Il te faut regarder du côté de : http://forums.cirad.fr/logiciel-R/viewtopic.php?t=1802&highlight=hclust et de http://addictedtor.free.fr/graphiques/RGraphGallery.php?graph=79.

Avec le dernier lien tu vas pouvoir récupérer le code des fonctions nécessaires pour pouvoir faire le graph suivant:
commande dendrogramme sous R Graph_79

Le seul truc c'est qu'il te faut récupérer le package A2R qui n'est plus mis a jour depuis longtemps.

Tu peux le récupérer à cette adresse en version .gz :
http://addictedtor.free.fr/packages/A2R/

Si tu n'arrives pas à l'installer tu peux directement récupérer le code des fonctions avec le code suivant:
source("http://addictedtor.free.fr/packages/A2R/lastVersion/R/A2R")
Avec cette commande tu auras charger toutes les fonctions du package dans R et tu pourras reproduire l'example du haut et l'adapter a tes données.
droopy
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