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Comment changer les couleurs d'un dendrogramme

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Comment changer les couleurs d'un dendrogramme Empty Comment changer les couleurs d'un dendrogramme

Message par Khroutchev le Jeu 6 Juin 2013 - 8:05

Bonjour, je souhaiterais juste savoir comment procéder pour changer les couleurs d'un dendrogramme.
Sachant que j'utilise FactoMineR et la fonction HCPC. J'ai testé l'argument col = x : y mais sans résultats.

Merci d'avance Razz

Khroutchev

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Message par zezima le Jeu 6 Juin 2013 - 8:20

Il n'y a pas de fonction il me semble.

Le seul moyen que j'ai trouvé c'est de créer une variable cluster, d'habiller les points avec la fonction plot et l'option habillage et de mettre l'option col.
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Comment changer les couleurs d'un dendrogramme Empty Re: Comment changer les couleurs d'un dendrogramme

Message par droopy le Jeu 6 Juin 2013 - 8:36

Il suffit de modifier la palette de couleurs par défaut :
Code:
palette(c("yellow", "pink", "purple"))
Et tu refais ton graph.
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Comment changer les couleurs d'un dendrogramme Empty Re: Comment changer les couleurs d'un dendrogramme

Message par Khroutchev le Jeu 6 Juin 2013 - 8:42

C'est cool merci pour l'astuce droopy ... zezi tu restes toujours mon posteur préféré cheers

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Comment changer les couleurs d'un dendrogramme Empty Re: Comment changer les couleurs d'un dendrogramme

Message par zezima le Jeu 6 Juin 2013 - 9:02

Autant pour moi Sad

Et merci droopy, dire que je galérais depuis le début.
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Comment changer les couleurs d'un dendrogramme Empty Re: Comment changer les couleurs d'un dendrogramme

Message par Khroutchev le Jeu 6 Juin 2013 - 9:25

Ouais mais ta méthode au final zezi est meilleure. Car en changeant les couleurs de la palette directement, on n'a pas accès à des packages tels que RColorBrewer pour avoir plus de couleurs.

Changer les couleurs de la palette nous obliges à garder les couleurs basiques ... light, dark ... enfin je crois Question

Khroutchev

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Message par zezima le Jeu 6 Juin 2013 - 9:31

Avec ma méthode on a accès à toutes les couleurs utilisables avec la fonction plot et l'option col Razz

Par contre, je te préviens c'est un peu fastidieux au début. Je peux t'expliquer la méthode et le code mais faut me laisser le temps car la je dois finir un boulot.
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Comment changer les couleurs d'un dendrogramme Empty Re: Comment changer les couleurs d'un dendrogramme

Message par droopy le Jeu 6 Juin 2013 - 9:34

Changer les couleurs de la palette nous obliges à garder les couleurs basiques ... light, dark ... enfin je crois Question
Si je peux me permettre tu crois mal.
Code:
require(RColorBrewer)
require(FactoMineR)
mypalette <- brewer.pal(3, "BrBG")
palette(mypalette)
data(iris)
# Principal Component Analysis:
res.pca <- PCA(iris[,1:4], graph=FALSE)
# Clustering, auto nb of clusters:
hc <- HCPC(res.pca, nb.clust=-1)
Ici ce sont bien des couleurs générés par brewer.pal qui sont utilisées par la suite.
Toutes les couleurs sont bien entendues utilisable dans la palette.
Il suffit juste de savoir la spécifier correctement ou de prendre le temps de chercher Exclamation
droopy
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Comment changer les couleurs d'un dendrogramme Empty Re: Comment changer les couleurs d'un dendrogramme

Message par zezima le Jeu 6 Juin 2013 - 9:50

Si je peux me permettre, si tu aimes bien le coloriage, je te conseille de colorier les variables selon tes individus :
Code:

complete=imputeMCA(data[,c(anti-n)],ncp=1)
res=MCA(data,quali.sup=c(n),tab.disj=complete$tab.disj)

par(mfrow=c(3,1))
plot(res,invisible=c("var","quali.sup"),habillage=39)
plot(res,invisible=c("var","quali.sup"),habillage=39,axes=c(1,3))
plot(res,invisible=c("var","quali.sup"),habillage=39,axes=c(2,3))

cela te permet pour chaque variable de voir la répartition des modalités selon les individus, c'est très utile.
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Comment changer les couleurs d'un dendrogramme Empty Re: Comment changer les couleurs d'un dendrogramme

Message par Khroutchev le Jeu 6 Juin 2013 - 11:37

Merci beaucoup ! J'ai bien spécifié "je crois" clown . J'avais tort donc ...

Khroutchev

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