analyse de Hill et Smith

par alexr Mer 16 Sep 2009 - 15:38

Bonjour,

Je souhaite réaliser une typologie de stations de prélèvement présentant des données quantitatives et qualitatives. Une analyse de Hill et Smith suivie d'une classification ascendante hiérarchisée sous R me parait répondre à ce que je souhaite.

Je fais tourner, à partir d'ade4, l'analyse de Hill et Smith avec le script suivant :

"## Analyse de Hill et Smith
#Liaison tableaux quanti et quali
cbind(bddquanti,bddquali)
total <- cbind(bddquanti,bddquali)
totalhill <- dudi.hillsmith(total)
# Nombre d'axes
2
# Executer l'analyse de Hill et Smith
totalhill
# liste des coordonnées des individus sur les axes
totalhill$li
totalhill$co
# Graphique variables
s.arrow(totalhill$co)
#Graphiques individus
s.arrow(totalhill$li)
score (totalhill,xax = 1,dotchart = TRUE)
# Classification a partir de Hill et Smith
#Calcul des distances
d<-dist(totalhill$li,method="euclidean")
h<-hclust(d,"ward")
plclust(h,hang=-1) "

J'obtiens un graphique variable très confus que je n'arrive pas à interpréter. Comment déterminer les paramètres ayant un rôle déterminant dans mon analyse? Comment évaluer quels variables contribuent le plus à mes axes?

En vous remerciant d'avance pour vos réponses.

Alex Rubin

par droopy Mer 16 Sep 2009 - 15:52

pour tout ce qui est du ressort de ade4 tu as le site http://pbil.univ-lyon1.fr/R/enseignement.html sur lequel tu vas trouver beaucoup d'informations sur les analyses multivariées.

Pour ce qui est de l'analyse du lien entre les variables est-ce que tu as au préalable vérifier qu'une fois réuni dans un même tableau tu conservais bien l'intégrité de tes données : des facteurs et des variables quantitative ?

Pour ce qui est du poids des variables dans ton analyse regarde du côté de la fonction inertia.dudi et ces différents arguments.

Tu peux aussi calculer une matrice de distance directement à partir du triplet statistique de ton analyse en utilisant dist.dudi.

Un post sur l'ade list qui devrait répondre à tes questions :

Daniel Chessel sur l'ade list le 07/11/2003 a écrit:Re: ACP : contribution et cos carre
From: Daniel Chessel (chessel@biomserv.univ-lyon1.fr)
Date: Fri Nov 07 2003 - 08:51:15 MET
Next message: Sara Mouro: "Displaying results"
Previous message: Gael Millot: "ACP : contribution et cos carre"
In reply to: Gael Millot: "ACP : contribution et cos carre"
Next in thread: Gael Millot: "ACP : reperage des individus"
Reply: Gael Millot: "ACP : reperage des individus"
Messages sorted by: [ date ] [ thread ] [ subject ] [ author ]
At 19:54 06/11/2003 +0100, Gael Millot wrote:
>Bonjour.
>
>J'aurai de fait d'autres questions, maintenant que j'ai bien avance sur l'obtention
>des valeurs propres et vecteurs propres (Je debarque tout juste dans l'analyse
>multivariee et dans R, intersection des deux ensembles nuls ;o)).
>
>Probleme mineur (je peux le contourner tous seul):
>1- Existe t'il une fonction dans ade4 qui donne la qualite de la representation Q d'une var initiale
>dans un cercle de correlation sous forme de tableau (Q = rx1,cp1^2+rx1,cp2^2) ?
>2- La contribution des individus a lambda (coord sur cp1^2/lambda1 si donnees centrees) dans un
>tableau ?
>3- La qualite de la projection des ind sur un plan (Qcp1,cp2 = (lambda1+lambda2)/Inertie totale) ?
>
>Probleme plus gros pour moi :
>4- Obtenir les cos ou les cos carres de chaque ind sur un plan de cp avec ade4 et/ou dans R.
Les statistiques d'inertie sont disponibles dans ADE-4 avec :
DDUtil: Rows: Inertia analysis
DDUtil: Columns: inertia analysis
Ces fonctions dans ade4 sont assurées par
inertia.dudi(dudi, row.inertia = FALSE, col.inertia = FALSE)
on obtient la répartion de l'inertie entre les axes et
si row.inertia est vraie les statistques d'inertie des lignes
si col.inertia est vraie les statistques d'inertie des colonnes
on a
abs pour contribution absolue (part de l'inertie d'un axe attribuée à une ligne ou une colonne)
rel pour contribution relative (part du carré de la distance à l'origine projetée sur un axe)
cum pour contribution cumulée ou encore cos^2 entre un point et un sous-espace factoriel
donc tout est disponible dans cette fonction pour un schéma quelconque en particulier en ACP
Cordialement
>
Daniel Chessel

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