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Message par 31Cindy le Jeu 18 Juil 2019 - 7:05

Bonjour à tous,

Ca fait maintenant plusieurs semaines que je me retourne le cerveau sur R afin de trouver un moyen d'afficher les differences significatives sur mon Boxplot en facet, en vain... Je viens donc chercher de l'aide.

Voici ce que je parviens à faire :

Differences significatives sur Boxplot en Facet - 2 variable Facet_10
Differences significatives sur Boxplot en Facet - 2 variable Forum10

Je parviens donc à faire mon boxplot en facet  et mes 2 variables mesurées avec ggplot, également à afficher les différences significatives ( kruskal + willcoxon) sur un graph mais qui n'est pas en facet, et qui contient une seule variable mesurées.
Je voudrais pouvoir afficher les differences significatives de la meme manière, mais sur mon graph en facet que vous pouvez voir sur la photo.

Code pour boxplot en facet :

dat.m2 <- melt(pheno,id.vars=c("fusion","Genotype","Hormone"),
              measure.vars=c('FF','MF'))

dat.m2$fusion<-factor(dat.m2$fusion, levels=c("Control", "CK 20 mg/L", "CK 100 mg/L", "CK 500 mg/L", "GA 20 mg/L", "GA 100 mg/L", "GA 500 mg/L"))
levels(dat.m2$fusion)

ggplot(dat.m2) +
 geom_boxplot(aes(x=fusion, y=value, colour=variable))+
 facet_wrap(~Genotype)


Code pour afficher les differences significative sur un graph simple:

mymat <-tri.to.squ(pp$p.value)
mymat

myletters <- multcompLetters(mymat,compare="<=",threshold=0.05,Letters=letters)
myletters

myletters_df <- data.frame(fusion=names(myletters$Letters),letter = myletters$Letters )
myletters_df


ggplot(pheno, aes(x=fusion, y=FF, colour=fusion))+
 geom_boxplot()+
 geom_text(data = myletters_df, aes(label = letter, y = 30 ), colour="black", size=5)


Si jamais vous acceptez de m'aider, sachez que vous aurez ma reconnaissance éternelle !

31Cindy

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Message par François Collin le Lun 22 Juil 2019 - 8:04

Bonjour,

[clavier qwerty, sorry].

Je me suis recemment pose la meme question, comment soumettre deux (ou plus) jeux de donnees differents a ggplot? Comme aucun exemple executable minimum n'est fourni, voici une proposition a tester, qui a resolu mon probleme il y a quelques semaines. Le principe est de passer les arguments `data` et `mapping` non pas dans la fonction `ggplot()` mais independamment dans les fonctions graphiques `geom_boxplot()` et `geom_text()`.

Attention, le code ci-dessous suppose que la colonne "Genotype" existe dans `dat.m2` et `myletters_df`.


Code:


gg <- {
    ggplot() +
    geom_boxplot(
         data =  dat.m2,
         mapping = aes(x=fusion, y=value, colour=variable)
    ) +
    geom_text(
        data = myletters_df,
        mapping = aes(label = letter, y = 30 ),
        colour="black", size=5
    ) +
   facet_wrap(~Genotype);
}

gg;

François Collin

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Message par 31Cindy le Mer 31 Juil 2019 - 14:18

Bonjour,
Merci pour votre réponse. Après avoir longtemps cherché, j'ai abandonné et décidé de tout faire manuellement ( ajouter les differences significatives sur le graph à la main).

31Cindy

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