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R - test de wilcoxon (ou mann whitney?)

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R - test de wilcoxon (ou mann whitney?)

Message par giby le Jeu 16 Avr 2009 - 14:36

Bonjour

étant en thèse de bio, j'ai besoin de faire des stat, je me décide à me mettre à R, après plusieur tuto auquelle je n'ai rien compris.... je demande un peu d'assistance...

j'essaye de faire un test non parametrique sur deux échantillon non appareillé, j'ai créé des fichier texte avec mes données, et je demande mon teste voici la réponce...

Code:

benjamin@linux-1tbl:~> R

R version 2.7.2 (2008-08-25)
Copyright (C) 2008 The R Foundation for Statistical Computing
ISBN 3-900051-07-0

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> a<-read.table('/home/benjamin/Documents/Cémagref/Synthèse/teststat/BL17.txt')
> b<-read.table('/home/benjamin/Documents/Cémagref/Synthèse/teststat/BL22.txt')
> c<-read.table('/home/benjamin/Documents/Cémagref/Synthèse/teststat/BL26.txt')
> a
      V1
1  0.1664
2  0.2177
3  0.1283
4  0.1598
5  0.1188
6  0.1703
7  0.1661
8  0.1150
9  0.2662
10 0.0868
11 0.1313
12 0.1270
13 0.1104
14 0.1860
15 0.0772
16 0.1420
17 0.2371
18 0.1090
19 0.1990
20 0.1158
21 0.1647
22 0.1903
23 0.1361
24 0.0593
25 0.1424
26 0.1785
27 0.2212
28 0.0999
29 0.2123
30 0.1292
31 0.1375
32 0.1464
33 0.0918
34 0.1536
35 0.1035
36 0.1382
37 0.1710
38 0.0958
39 0.3005
40 0.0947
41 0.1235
42 0.1974
43 0.1189
44 0.0383
45 0.1080
46 0.1214
47 0.2062
48 0.1294
49 0.2280
50 0.1160
> b
    V1
1  0.15
2  0.14
3  0.14
4  0.15
5  0.11
6  0.13
7  0.10
8  0.12
9  0.14
10 0.11
11 0.17
12 0.12
13 0.12
14 0.16
15 0.08
16 0.11
17 0.14
18 0.10
19 0.15
20 0.12
21 0.16
22 0.15
23 0.13
24 0.09
25 0.15
26 0.12
27 0.10
28 0.11
29 0.09
30 0.08
31 0.12
32 0.12
33 0.13
34 0.10
35 0.09
36 0.13
37 0.12
38 0.09
39 0.13
40 0.12
41 0.07
42 0.15
43 0.10
44 0.14
45 0.10
46 0.13
47 0.13
48 0.08
49 0.14
50 0.11
> c
      V1
1  0.1984
2  0.1643
3  0.1483
4  0.1513
5  0.1305
6  0.1122
7  0.1725
8  0.1174
9  0.1148
10 0.4201
11 0.1649
12 0.2188
13 0.1486
14 0.1566
15 0.1241
16 0.1403
17 0.1681
18 0.1263
19 0.1449
20 0.1022
21 0.1473
22 0.2058
23 0.1444
24 0.1834
25 0.1538
26 0.1126
27 0.1520
28 0.1187
29 0.1197
30 0.1375
31 0.1100
32 0.1319
33 0.1107
34 0.1120
35 0.1200
36 0.1023
37 0.1198
38 0.0895
39 0.0734
40 0.1070
41 0.0978
42 0.1703
43 0.0937
44 0.1247
45 0.1059
46 0.1437
47 0.1457
48 0.0826
49 0.2105
50 0.1156
> wilcox.test(a,b)
Erreur dans wilcox.test.default(a, b) : 'x' doit être numérique
>

Ou est l'erreur, et comment la coriger?

giby

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Re: R - test de wilcoxon (ou mann whitney?)

Message par Nik le Sam 18 Avr 2009 - 12:01

Salut,

Tes deux objets, a et b, sont des data.frame donc la fonction wilcox ne peut pas fonctionner puisqu'il lui faut des vecteurs. Essaye ceci :

Code:
wilcox.test(a[,1],b[,1])

Voir l'aide de wilcox.test (?wilcox.test), et l'exemple traité pour comprendre quelle doit être la forme des données.
R, comme tout langage de programmation n'admet pas qu'on lui donne des objets dont le format ne correspond pas à celui requis par la fonction.

Nik

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Re: R - test de wilcoxon (ou mann whitney?)

Message par giby le Lun 20 Avr 2009 - 6:37

ça marche, merci beaucoup Smile

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Re: R - test de wilcoxon (ou mann whitney?)

Message par Bibo le Ven 17 Mai 2013 - 8:28

Bonjour,

J'ai plus ou moins le même problème que gilby.
Je tente des comparaison de moyennes pour données non appareillés avec ce bon vieux wilcoxon.
J'ai essayé plusieurs choses :
- importer mes 2 jeux de données séparément comme gilby (et ai tenté la technique de Nik) sans résultat.
- importer les données sous un tableau générale dans lequel je veux faire mes comparaison entre colonnes, sans résultats (j'ai utilisé "attach" pour identifier mes colonnes qui restent malgrés tout non-numériques).
- j'ai tenté de passer par Rcmdr, mais il ne me propose pas de wilcoxon test bivarié...
- j'ai tenté de faire venir les données de fichier text, excel, de copier ("clipboard")...

Je suis démunis!
Une solution ?
Comment faire en sorte de rendre ses données numériques et non pas data.frame ?

Bibo

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Re: R - test de wilcoxon (ou mann whitney?)

Message par Nik le Ven 17 Mai 2013 - 9:13

Salut,

on ne peut pas deviner ce que tu as comme données donc fais nous des copié/collée des pbs que tu rencontre car là on est un peu trop dans le flou.

Nik

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Re: R - test de wilcoxon (ou mann whitney?)

Message par Bibo le Ven 17 Mai 2013 - 13:06

Salut!
Désolé de t'avoir dérangé pour un problème aussi minime...
Je n'avais pas vérifier la base, mes données contenaient toujours des "," et non des "." ...
Merci malgré tout de ta réponse rapide!
A une prochaine peut être!

Bibo

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Re: R - test de wilcoxon (ou mann whitney?)

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