(Novice) Ancova et post hoc sur R

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(Novice) Ancova et post hoc sur R

Message par Jean-Pierre Jacus le Dim 25 Juin 2017 - 13:06

Bonjour à toutes et tous,
Je cherche la commande pour obtenir le post hoc d'une ANCOVA (sum of square de type III)
Code:
mod = lm(variable quantitative ~ variable qualitative + covariable quantitative 1 + ..., datas)
summary(mod)
drop1 (mod, test = "F")
donne la valeur de F pour une somme des carrés de type 3. Mais comment fait-on le post hoc en tenant compte des covariables ?
Merci pour vos réponses.
JP Jacus
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Re: (Novice) Ancova et post hoc sur R

Message par Eric Wajnberg le Dim 25 Juin 2017 - 17:35

Qu'appelez-vous un test post hoc? Vous voulez dire des comparaisons multiple sur vos variables qualitatives explicatives ?

TukeyHSD() fait ce genre de calcul, par exemple.

HTH, Eric.
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Re: (Novice) Ancova et post hoc sur R

Message par Jean-Pierre Jacus le Dim 25 Juin 2017 - 18:06

Oui, c'est bien cela.
1) Pour la fonction TukeyHSD:
le problème est que la fonction TukeyHSD ne fonctionne pas avec une fonction lm.
Or, si je veux une somme des carrés de type 3, j'utilise la fonction lm, puis drop1 (voir le message initial), car, les fonctions aov ou anova donnent la somme des carrés de type 1
2) Pour la fonction pairwise t.test
le problème est qu'elle ne tolère pas de covariables

Donc existe-t'il un post hoc permettant des comparaisons multiples des variables explicatives, tenant compte des co-variables ? ou le post hoc d'une ANCOVA se fait'il sans les covariables?
Merci pour la réponse
bien à vous
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Re: (Novice) Ancova et post hoc sur R

Message par Eric Wajnberg le Lun 26 Juin 2017 - 5:43

la fonction glm() (plutot que lm() ou aov()) ne fait pas ça ? Il me semble que si.

Eric.
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Re: (Novice) Ancova et post hoc sur R

Message par Jean-Pierre Jacus le Lun 26 Juin 2017 - 19:58

Merci beaucoup pour votre aimable attention, mais... La fonction glm fait a peu près la même chose que lm pour l'ANCOVA et donc... ne tolère pas la fonction TukeyHSD.
Y a t'il à votre connaissance un post-hoc + spécifique à l'ANCOVA?
Bien à vous
J. Pierre
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Re: (Novice) Ancova et post hoc sur R

Message par Eric Wajnberg le Mar 27 Juin 2017 - 4:43

Bon, alors il y a des packages qui font ce genre de calculs dans R. Notamment multcomp, et agricolae.

Et l'ANCOVA n'est juste qu'un cas particulier du modèle linéaire général, et ne nécessite donc pas d'outils spécifiques.

HTH, Eric.
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Re: (Novice) Ancova et post hoc sur R

Message par Jean-Pierre Jacus le Mar 27 Juin 2017 - 5:30

Merci beaucoup à vous. Je vais essayer cela
J. Pierre
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