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mixed model avec R

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mixed model avec R

Message par DA le Dim 19 Fév 2017 - 19:43

Bonsoir,
J'ai un probleme concernant l'analyse de mes donnees avec R.
Voici un peu les donnees, 4 especes d'arbre ont ete choisis dans un champ paysan, pour chaque espece d'arbre j'ai 3 repetitions et sous chaque arbre des echantillons de sol ont ete pris pour l'analyse du pHwater.
je voulais utilizer mixed model avec R pour l'analyse des donnees en pregnant repetition comme random effect et species et Depth_class comme des effets fixes.
lm4(pHwater~(species*Depth_class + 1 + (1/repetition), data=t)
summary(lm4)
aov(lm4)

Mais je ne sais si j'utilise la bonne formule si je voulais la difference entre les 4 especes d'arbre.

Merci


DA

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Re: mixed model avec R

Message par Eric Wajnberg le Lun 20 Fév 2017 - 16:31

Oui, mais, rapidement, il faut remplacer
Code:
pHwater~(species*Depth_class + 1 + (1/repetition)
par
Code:
pHwater~species*Depth_class  + (1|repetition)

-Il y a un problème de parenthèse.
-Le terme "+1" seul ne sert à rien.
- Le facteur aléatoire s'écrit avec "|" et pas avec "/" (en tout ca généralement, je n'utilise pas lm4).

HTH, Eric.
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Re: mixed model avec R

Message par DA le Lun 20 Fév 2017 - 17:50

Bonsoir,
Merci Eric pour votre reponse et les corrections.
Vous disiez que generalement vous n'allez pas utilizer lm4 pour l'analyse. Je debutante avec le logiciel R et j'ai pu lire le document de Douglas M. Bates with R (25 Juin 2010). Dans ce document, l'auteur dit que les modeles mixtes sont des modeles statistiques qui integrent a la fois des parametres a effets fixes et des effets aleatoires.
Donc, les propositions de modele d'analyse seront aussi les bienvenues.

Merci

DA

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Re: mixed model avec R

Message par Eric Wajnberg le Lun 20 Fév 2017 - 18:43

Je n'ai pas dit que je n'ajustais pas de modèles mixtes. Au contraire, je fais ceci très souvent ! Je dis que je n'utilise pas lm4. D'ailleurs je ne sais même pas ce que c'est. J'utilise en revanche le package lme4 et la fonction lmer(). Ca ne semble pas correspondre à ce que vous utilisez. Je ne dis que cela.

Eric.
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Re: mixed model avec R

Message par DA le Lun 20 Fév 2017 - 19:39

Ok, merci.
J'ai fais une erreur d'ecrire, voila pourquoi sa m'indique error.

DA

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