Analyse des variations intra et inter patient...

Bonjour,

Je tente de synthetiser au max :
Je veux decrire la variabilite intra et inter patients du proteome d'un echantillon biologique.

On a recrute : 3 hommes controles: pour analyser la variation inter.
Chacun est venu donne de son echantillon biologique 3 fois (6 mois d'intervalle) pour analyser la variation intra.
Chacun de ces echantillons biologique est analyse en TRIPLICAT. Et j'obtiens 600 proteine detectees.

Ayant un niveau de base plus qu ebas en stat, je fais des recherches dans pubmed sur le type de stats realisees pour ce type d'etude et la oh quelle surprise, hahah, personne n'utilise la meme strategie (selon mon savoir hein...)
Je lis du wilcoxon, du pearson, du GLM sur SAS. Bref ca me destabilise, alros je fait mes recherches encore a droite et a gauche bref, je me lance tel que:

Pour la variation INTRA: entre T=1, 2 et 3.
Je dois considerer une proteine a la fois, cherchant a montrer sa variabilite "naturelle"
Je fais la moyenne des valeurs donnees par le triplicat, je fais leur SD (SDEV sur excel) puis je calcule leur IC (confidence sur excel)
En me disant que si les valeurs de l'echantillons du temps T=2 (par ex) tombe dans l'intervalle de confiance de celui du temps T=1, il n'y a pas de difference significative entre eux donc que la difference est due au hasard.
Je me dis que je fais mon premier tri comme ca.

SAuf que n=3 donc pas de loi normal respectee (je suppose) donc je dois faire des tests non parametriques: mais lesquels ?
Comment fait on pour verifier la normalite des valeurs ? et comment chaque replicat(=9) ou les moyennes (=3) seulement ?

Et apres ca quel test utiliser : je dois faire une comparaison intra, donc 3 groupes non independants (? car meme homme?) je pensais a l'equivalent non parametrique d'ANOVA...

Et pour les variations inter : je prends la moyenne des 3 moyennes des 3 temps, et je les compare de la meme maniere ? avec le meme test non parametrique ?

Me-de je m'ecrase, me-de !!!!!!

Bonsoir.

Comme la démarche de base n'est pas pensée avant l'expérimentation, il est difficile de tirer des conclusions. Faire des statistiques avec 3 valeurs, ce n'est pas sérieux.
Désolé d'être franc, mais les résultats concernent ces trois personnes, et il est quasiment impossible d'extrapoler. Autrement dit, les calculs n'ont aucun intérêt.
Il ne reste qu'à traiter ces valeurs pour ce qu'elles sont : trois séries de valeurs.

Cordialement.

aucun pb avec la franchise, ca me constipera pas lol

Mais en bio tu fais pas ce que tu veux surtout avec des echantillons biologiques ! tu crois que je pourrai demander a 100 hommes de me donners de leur echantillons ? c'est delicats et ia des regles ethique (tu ne peux pas les payer par ex pour les stimuler a venir etc)
Et meme quand tu bosses avec des animaux la aussi heureusement ia des regles qui font que tu peux pas en prendre beaucoup pour ton experience.

Bref c'est la vie du biologiste. Et je precise que les publis se font avec 1 patient souvent... on est je dirai plus serieux que certains.

Alors pour la serie de valeur je veux bien mais je vois meme pas ce que tu veux dire! juste les decrire ?

D'apres mes comparaison de IC ien a certains qui ne sont pas significativement different, pour les autres je compte juste apres donner une table decrivant le fold change, pour demontrer que certaines proteine fluctue trop pour etre consideree comme potentiellement modifiee par un traitemetn anticancereux quoi. QUe si on la trouve modifiee de 1.5 fold, ben on ne peut pas l'associer au traitement car ca peut arriver en cas normal.

Bref on a bien entendu compris que c'etait peu, mais encore une fois c'est la vie du biologiste, je ne fais pas de l'epidemiologie, ni de la meta-analyse.

Y-a t'il un test non parametrique equivalent a ANOVA (qui permet de comparer 3 groupes) ? et ia des pieges a eviter ?

Meme si j'ai bien compris : mes resultats ne sont pas serieux je dois les faire, les analyser et les publier je suis payee pour ca et on m'a pas demande mon avis quand chui arrivee au labo

ou alors je ne fais que dire le nombre de proteines qui fluctue selon un taux t et c'est tout ?

Ces alalyses proteomiques ou genomiques, c'est une branche très spécifique des biostats. Très obscur pour le monde extérieur. Il faudrait te mettre en rapport avec quelqu'un d'expérimenté.

Le fond du problème, c'est que tout est interdépendant là dedans. Ton problème ne se limite pas à des variations intra/inter. En plus, les niveaux d'expression de certaines protéines sont très probablement corréles (positivement ou négativement....) entre eux.

Je n'y connais pas grand chose, et quand j'en entend parler je ne comprends pas grand chose de plus que les principes généraux. A mon avis, il faut, comme tu l'as fait, décrire ses données et dans un premier temps rechercher les variations les plus caricaturales. A l'oeil, par forcément en faisant des tests. Quand tu as une idée très caricaturale de tes données, tu prends ca sous le bras et tu cherches un conseil. Ce sont des analyses qui laissent une grande part à l'expérience et au "feeling" du statisticien, donc il ne faut pas s'attendre à ce que tout le monde te donne exactement la même "recette".

Pour ce qui est de l'effectif, certes la biologie et le travail de labo a ses contraintes, mais il faut t'attendre à devoir probablement les repousser un peu si tu veux aller au delà de la simple description. Les statistiques ont aussi leurs contraintes et leurs limites. Et 3 patients par groupe, c'est plus que très peu.

Merci pour votre temps a tous les 2 !

J'ai bien reflechi et je ne veux pas publier du n'importe quoi.
Donc je ne ferai que du descriptif, ca repondra deja a mes questions: quelles proteines se trouvent deja hautement variables chez 3 patients.

Heureusement que j'ai poste sur le forum, je me serai lance dans des trucs pas serieux comme tu dis gg, et ca me serait reste au travers de la gorge tout le temps.

Ia pas de stats faisable de facon serieuse dans ce cas d'etude je n'en ferai pas.

Surtout qu'en plus: je dois me servir de ces resultats descriptifs pour mes etudes suivantes : voir si certaines proteines sont touchees par le traitement anti-cancereux. (l'effectif sera de 10 cette fois )

Merci mile fois !

Bonsoir Elsa.

Je suis tout à fait d'accord avec ton paragraphe sur la difficulté d'avoir des données biologiques (ma soeur travaille en recherche biologique depuis plus de 40 ans). Mais avec un seul individu, ou même trois, on ne fait pas des statistiques sur la variabilité interindividuelle : On n'a pas assez de données pour que les outils statistiques aient un sens. Embaucherais-tu un chercheur qui te dit "mes trois dernières notes sont 15, 12 et 17" ?
Tu as choisi finalement une attitude scientifique (donc raisonnable). Bravo !

Par contre, si je comprends bien, tu vas reprendre la même étude sur 10 malades suivant un traitement. Quel dommage de ne pas avoir fait cette étude au départ, avant le début du traitement. Même s'ils étaient déjà traités autrement, donc ne représentant pas la population générale, il y aurait eu des résultats sur l'effet du traitement.

Autre chose : Avec 10 individus, les tests non paramétriques sont utilisables . Voir par exemple cette page, rubrique "le but du test".

Cordialement.

L'analyse qui suivra aura 10 controles et 10 patients traites. Mais aucun n'est en triplicat, ni a 3 temps differents donc ils voulaient etre surs d'avoir une idee des proteines hautement variables.

J'ai bien compris le soucis, j'en ai touche mot a des "potes" de labo qui me disent "mais oui tu peux faire, meme avec un parametrique(l'hallu), tu baisses alpha a 0.01"
Mais pour moi ca change pas le soucis de base : avec ces faux moyens j'ose dire que les proteines A et C ne bougent pas, et les B et D oui. Alors que tant les potentiels 4ieme et 5ieme hommes controles (que je n'ai pas ) auraient eux, exprimes genre 2 a 3 fois plus les proteines A et C, et donc demontrer que ces prot ne sont pas stables.

Lors des mes etudes suivantes je verrai pet etre que mes prot A et C varient de 2 fois apres le traitement... finalement je vais oser faire un lien qui va de toute facon etre faux vu que des le depart rien n'est juste.

Finalement ils preferent que je publie potentiellement des conneri*s... plutot que de publier ce que j'ai point !

Bref je sais plus sur quel pied danser, je refuse ce mauvais travail, et j'espere etre libre de le faire comprendre le 8 aout lors de la reunion de presentations des resultats devant mon chef... bouuuuuuuuuuuuuuuuuuu

Encore merci

Merci pour le lien