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test rapport de vraisemblance - p-valeur nulle [RESOLU]
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test rapport de vraisemblance - p-valeur nulle [RESOLU]
Bonjour,
je travaille avec R sur des modèles GLM.
Afin de tester l'effet de chaque variable, je réalise des tests de rapport de vraisemblance sur les modèles emboîtés.
Tout va bien pour l'ensemble de mes variables, sauf pour une variable (qualitative, à 4 modalités) où le résultat est 0 !
Pas 10^-7, mais bien 0
Ma question est peut-être ridicule mais pensez-vous qu'il s'agisse d'une limite dans la précision du logiciel?
J'ai toujours vu des p-valeurs éventuellement très petites (par exemple, SAS indique quelque chose du genre "< 10^(-15) ")...mais jamais 0.
Pourriez-vous, svp, me dire si vous avez déjà vu de tels résultats et s'ils sont interprétables de la même façon qu'une p-valeur très petite?
Merci d'avance
PS: pour information, le tracé indique qu'il faudrait ~80 ddl pour avoir une valeur non nulle
je travaille avec R sur des modèles GLM.
Afin de tester l'effet de chaque variable, je réalise des tests de rapport de vraisemblance sur les modèles emboîtés.
Tout va bien pour l'ensemble de mes variables, sauf pour une variable (qualitative, à 4 modalités) où le résultat est 0 !
Pas 10^-7, mais bien 0
Ma question est peut-être ridicule mais pensez-vous qu'il s'agisse d'une limite dans la précision du logiciel?
J'ai toujours vu des p-valeurs éventuellement très petites (par exemple, SAS indique quelque chose du genre "< 10^(-15) ")...mais jamais 0.
Pourriez-vous, svp, me dire si vous avez déjà vu de tels résultats et s'ils sont interprétables de la même façon qu'une p-valeur très petite?
Merci d'avance
PS: pour information, le tracé indique qu'il faudrait ~80 ddl pour avoir une valeur non nulle
Dernière édition par lilly74 le Mar 21 Déc 2010 - 15:20, édité 1 fois
lilly74- Nombre de messages : 22
Date d'inscription : 14/12/2008
Re: test rapport de vraisemblance - p-valeur nulle [RESOLU]
Salut,
il faut nous dire ce que tu utilises comme fonction car dans R, les sorties ne dépendent pas du logiciel lui même mais des packages et fonctions utilisés.
Mais de toute façon, si au delà d'une certaine limite (par exemple 10^-9) l'auteur a préféré afficher 0 dans les sorties du test il n'y a pas une grande perte. De toute façon 99% des utilisateurs ne considèrent qu'au mieux des p-values de 0.001 pour sortir la sacro-sainte significativité .
Comme cela a été déjà dit ici et ailleurs, la valeur de la p-value n'a aucune relation avec le degré de significativité. On choisi un seuil qui est purement arbitraire et qui ne repose sur aucun fondement théorique.
nik
il faut nous dire ce que tu utilises comme fonction car dans R, les sorties ne dépendent pas du logiciel lui même mais des packages et fonctions utilisés.
Mais de toute façon, si au delà d'une certaine limite (par exemple 10^-9) l'auteur a préféré afficher 0 dans les sorties du test il n'y a pas une grande perte. De toute façon 99% des utilisateurs ne considèrent qu'au mieux des p-values de 0.001 pour sortir la sacro-sainte significativité .
Comme cela a été déjà dit ici et ailleurs, la valeur de la p-value n'a aucune relation avec le degré de significativité. On choisi un seuil qui est purement arbitraire et qui ne repose sur aucun fondement théorique.
nik
Nik- Nombre de messages : 1606
Date d'inscription : 23/05/2008
Re: test rapport de vraisemblance - p-valeur nulle [RESOLU]
Nik a écrit:Salut,
il faut nous dire ce que tu utilises comme fonction car dans R, les sorties ne dépendent pas du logiciel lui même mais des packages et fonctions utilisés.
Mais de toute façon, si au delà d'une certaine limite (par exemple 10^-9) l'auteur a préféré afficher 0 dans les sorties du test il n'y a pas une grande perte. De toute façon 99% des utilisateurs ne considèrent qu'au mieux des p-values de 0.001 pour sortir la sacro-sainte significativité .
nik
Bonjour et merci
Oui, je sais que le seuil est arbitraire...Ce qui me choque est de voir R écrire "O" et non pas, comme je l'ai dit, " < 10^-9", par exemple
J'utilise une fonction glm.
Pour obtenir les p-valeurs, je prends:
1-pchisq(dev1-dev2, nb_ddl)
Je pense de plus en plus que c'est simplement une approximation de quelque chose de très petit.
Peut-être y a-t-il moyen de demander à R d'être plus précis
Merci d'avance pour votre aide
lilly74- Nombre de messages : 22
Date d'inscription : 14/12/2008
Re: test rapport de vraisemblance - p-valeur nulle [RESOLU]
Salut,
Pour en avoir le coeur net tu peux faire :
Et peut être pourrais tu donner les valeurs que tu soumets dans le pchisq pour qu'on se rende compte. Par exemple si tu lui met une valeur de 10000 pour 1 ddl, c'est sûr que le 1-pchisq va être arrondi à 0 .
Dans R tu peux au mieux lui demander d'afficher plus ou moins de décimales avec un appel à options(digits=...)
Dans certaines fonctions tu peux aussi spécifier la tolérance mais ce n'est pas toujours le cas. il me semblait que tu pouvais modifier globalement la tolérance mais je ne retrouve plus. Peut être qu'on ne peut plus maintenant. Mais de toute façon je crois que c'était réglé à la valeur la plus basse.
Pour conclure encore une fois cela n'a pas de réelle importance et donc pas besoin de demander à R d'être plus précis
Pour en avoir le coeur net tu peux faire :
- Code:
str(1-pchisq(dev1-dev2, nb_ddl))$tol
Et peut être pourrais tu donner les valeurs que tu soumets dans le pchisq pour qu'on se rende compte. Par exemple si tu lui met une valeur de 10000 pour 1 ddl, c'est sûr que le 1-pchisq va être arrondi à 0 .
Dans R tu peux au mieux lui demander d'afficher plus ou moins de décimales avec un appel à options(digits=...)
Dans certaines fonctions tu peux aussi spécifier la tolérance mais ce n'est pas toujours le cas. il me semblait que tu pouvais modifier globalement la tolérance mais je ne retrouve plus. Peut être qu'on ne peut plus maintenant. Mais de toute façon je crois que c'était réglé à la valeur la plus basse.
Pour conclure encore une fois cela n'a pas de réelle importance et donc pas besoin de demander à R d'être plus précis
Nik- Nombre de messages : 1606
Date d'inscription : 23/05/2008
Re: test rapport de vraisemblance - p-valeur nulle [RESOLU]
Bonjour et encore merci à toi
La différence des déviances est de 130.49 pour 2 ddl, différence assez grande donc...
C'est exactement ce que je cherche: comment lui demander x chiffres après la virgule dans une pchisq ?
Mais si c'est déjà au max..
ou si cela venait bien des arrondis.
Mais je suppose qu'au delà d'un certain nombre, on ne peut plus trop lui en demander!!!
Encore merci pour ton aide et bonne journée
C'est fait, il affiche:Nik a écrit:Salut,
Pour en avoir le coeur net tu peux faire :ça te donnera en gros la valeur du 0 dans R.
- Code:
str(1-pchisq(dev1-dev2, nb_ddl))$tol
- Code:
num 0
Nik a écrit:Et peut être pourrais tu donner les valeurs que tu soumets dans le pchisq pour qu'on se rende compte. Par exemple si tu lui met une valeur de 10000 pour 1 ddl, c'est sûr que le 1-pchisq va être arrondi à 0 .
La différence des déviances est de 130.49 pour 2 ddl, différence assez grande donc...
Oui, en fait, j'aurais peut-être dû poser ma question dans le forum "logiciel"Nik a écrit: Dans R tu peux au mieux lui demander d'afficher plus ou moins de décimales avec un appel à options(digits=...)
Dans certaines fonctions tu peux aussi spécifier la tolérance mais ce n'est pas toujours le cas. il me semblait que tu pouvais modifier globalement la tolérance mais je ne retrouve plus. Peut être qu'on ne peut plus maintenant. Mais de toute façon je crois que c'était réglé à la valeur la plus basse.
C'est exactement ce que je cherche: comment lui demander x chiffres après la virgule dans une pchisq ?
Mais si c'est déjà au max..
Ok mais ce que je voulais savoir c'est s'il trouvait une valeur nulle (parce que j'aurais fait une erreur dans un calcul, par exemple )Nik a écrit:Pour conclure encore une fois cela n'a pas de réelle importance et donc pas besoin de demander à R d'être plus précis
ou si cela venait bien des arrondis.
Mais je suppose qu'au delà d'un certain nombre, on ne peut plus trop lui en demander!!!
Encore merci pour ton aide et bonne journée
lilly74- Nombre de messages : 22
Date d'inscription : 14/12/2008
Re: test rapport de vraisemblance - p-valeur nulle [RESOLU]
C'est fait, il affiche:
- Code:
num 0
ça c'est pas normal. Le 0 vrai en informatique n'existe pas. C'est sans doute pour cela qu'il t'affiche un 0 et non pas une p-value très faible.
La différence des déviances est de 130.49 pour 2 ddl, différence assez grande donc...
Oui aucun doute sur la sgnificativité du test qq soit le seuil retenu
l'affichage du nombre de décimale est global, fais :Oui, en fait, j'aurais peut-être dû poser ma question dans le forum "logiciel"
C'est exactement ce que je cherche:
- Code:
options(digits=8)
nik
Nik- Nombre de messages : 1606
Date d'inscription : 23/05/2008
Re: test rapport de vraisemblance - p-valeur nulle [RESOLU]
Merci pour l'intérêt que tu portes à mon problème
Je suis désolée mais j'ai peur de ne pas bien comprendre ta réponse...
J'ai fait:
Est-ce que cela veut dire que le chiffre compte plus de 21 zéros derrière la virgule, d'où l'affichage de 0 "tout simplement"?
Encore merci pour ton aide et ... ta patience
Je suis désolée mais j'ai peur de ne pas bien comprendre ta réponse...
C'est cela qui m'inquiétait. Cela veut donc dire qu'il y a une erreur quelque part?ça c'est pas normal. Le 0 vrai en informatique n'existe pas. C'est sans doute pour cela qu'il t'affiche un 0 et non pas une p-value très faible.
J'ai fait:
- Code:
options(digits=22)
Est-ce que cela veut dire que le chiffre compte plus de 21 zéros derrière la virgule, d'où l'affichage de 0 "tout simplement"?
Encore merci pour ton aide et ... ta patience
lilly74- Nombre de messages : 22
Date d'inscription : 14/12/2008
Re: test rapport de vraisemblance - p-valeur nulle [RESOLU]
Non autant pour moi il n'y a pas de paramètre tol associé à un objet issu de pchisq
J'avais mal lu la sortie.
Si j'utilise tes valeurs j'obtiens bien 0 puisque le pchisq donne une valeur de 1.
Donc cherche pas plus loin, c'est la valeur de ton chi² observé qui détermine ce résultat.
J'avais mal lu la sortie.
Si j'utilise tes valeurs j'obtiens bien 0 puisque le pchisq donne une valeur de 1.
Donc cherche pas plus loin, c'est la valeur de ton chi² observé qui détermine ce résultat.
Nik- Nombre de messages : 1606
Date d'inscription : 23/05/2008
Re: test rapport de vraisemblance - p-valeur nulle [RESOLU]
J'aurais dû vérifier aussiNon autant pour moi il n'y a pas de paramètre tol associé à un objet issu de pchisq
J'avais mal lu la sortie.
OufSi j'utilise tes valeurs j'obtiens bien 0 puisque le pchisq donne une valeur de 1.
Donc cherche pas plus loin, c'est la valeur de ton chi² observé qui détermine ce résultat.
Merci beaucoup pour ton aide
lilly74- Nombre de messages : 22
Date d'inscription : 14/12/2008
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