Allégement de protocole expérimental

Bonjour à tous,
Je suis actuellement en stage de Master professionnel sur l’étude spatio temporelle des flux larvaires de poisson avec les techniques de PCC (post larval capture and culture)
Au niveau Temporelle :
Je dispose à ce jour de 14 séries de captures muensuelles( 1 année et deux mois de pêche) composées chacune de 6 jours de collecte.
Au niveau Spatial :
L’étude a été mené sur deux sites géographiquement éloignées composées eux même de 3 pièges relativement éloignés.
Je dispose :
-De l’abondance et du nombre de famille

-Il m’a été imposé de travailler avec les familles de poissons(~40) faute de précision liée à l’identification.
Une des questions posée par ma tutrice :
Est-il possible où non d’alléger le protocole lié à l’échantillonnage ? en terme de piège (réduire le nombre de piège de 3 à moins (combien ?)) et en terme du nombre de jour (réduire de 6 à moins (combien ?))
Je dois alors comparer les pièges et les jours pour toutes les série de captures (abondance et nombre de famille)
Je dois également vérifier que les familles rencontrés (assemblages) soient les même entre les pièges et les jours entre les différentes séries

Peu initié aux statistiques, je suis parti un peu dans tout les sens, me laissant bercer par les différentes publications:
J’ai alors éffectué du Kruskall Wallis pour comparer les abondance (sans considération nominative des familles), ANOSIM+SIMPER sur les données d’abondance( entre les pièges et jours) , Khi 2 pour vérifier la distribution de fréquence de l’abondance entre les différent (pièges,Jours) ,Test.t sur Indice de Shannon pour comparer les sites et les Jours (un peu modifiée puisqu’il s’agit de famille)+indice d’Equitabilité de Pielou, Indice de Jaccard pour comparer les assemblages entre les (pièges et les Jours)
Avez-vous des idées ou des suggestions ?

Je vous remercie d’avance

1-As tu des échanges réguliers avec ta tutrice ?
2-Tu pars dans tous les sens car tu n'as pas identifier les questions de fond de ton sujet.
Pose les hypothèse clairement et ensuite attaque toi à la partie stat.

Quant à la question de ta tutrice c'est une question très classique en écologie : en diminuant l'effort d'échantillonnage, quelle quantité d'information on perd et est ce acceptable au regard du coût de l'échantillonnage?
Il faudrait déjà savoir à quoi est sensé répondre ce protocole pour savoir où peut se situer une éventuelle perte d'information. Ensuite il faut aussi savoir si on peut calibrer l'information pour se rendre compte de la perte d'information. Par exemple, si tu réduit le nombre de piège et que tu n'obtiens plus que 35 familles sur les 40 initiales, c'est beaucoup ou peu ? Et c'est beaucoup ou peu au regard de quoi ? de la liste taxonomique ? De notre perception du fonctionnement de l'écosystème ?

Comme tu peux le voir il est facile de partir dans de multiples questions. Tu dois les sérier, les classer par ordre d'importance et aller voir ta tutrice pour savoir ce qui est le plus pertinent de regarder dans le temps imparti par le master.

Nik

Salut Nik,
A vrai dire je suis assez libre pour travailler sur ce sujet et je ne pense pas trop avoir de soucis pour répondre aux différentes questions classiques de la colonisation du type facteurs d'influence, Pics de colonisations, Période de colonisation, Abondance et Richesse spécifiques.
Sa question me turlupine un peu et tes remarques sont très pertinentes:

"Il faudrait déjà savoir à quoi est sensé répondre ce protocole pour savoir où peut se situer une éventuelle perte d'information. Ensuite il faut aussi savoir si on peut calibrer l'information pour se rendre compte de la perte d'information. Par exemple, si tu réduis le nombre de piège et que tu n'obtiens plus que 35 familles sur les 40 initiales, c'est beaucoup ou peu ? Et c'est beaucoup ou peu au regard de quoi ? de la liste taxonomique ? De notre perception du fonctionnement de l'écosystème ?"

C’est exactement ça… En faite plus je voudrais juste savoir si il était possible via un test de quantifier une perte d'information (en terme d’abondance et du nombre de famille). Si en échantillonnant un piège au hasard (ou un jour) par rapport aux autres pièges cumulés(ou jours d’une même série).
Si je choisis le piège Lambda au hasard je risque de perdre tant d’abondance et tant de famille par rapport à ce que j’ai obtenu sur les trois pièges cumulés.

« Par exemple, si tu réduis le nombre de piège et que tu n'obtiens plus que 35 familles sur les 40 initiales, c'est beaucoup ou peu ? »

Après dire si c’est beaucoup ou pas, ma tutrice « chef de projet » en jugera d’elle-même, notamment si cela représente un trop gros aux risque de perdre l’information liée aux espèces cibles qu’elle est sensé récoltée.

Merci Nik

A vrai dire je suis assez libre pour travailler sur ce sujet et je ne pense pas trop avoir de soucis pour répondre aux différentes questions classiques de la colonisation du type facteurs d'influence, Pics de colonisations, Période de colonisation, Abondance et Richesse spécifiques.

je ne vois pas trop ce que tu veux dire par là...tu réponds à quoi en écrivant ça ?

En faite plus je voudrais juste savoir si il était possible via un test de quantifier une perte d'information (en terme d’abondance et du nombre de famille)

Tu peux par exemple faire un test t pour savoir si la différence de richesse à 1 ou 2 pièges (par exemple) est significativement différente de 0. Mais pour ce que tu as à traiter ça te dis quoi ?...à peu près rien. Ce que tu sembles prendre avec légèreté en le laissant aux bons soins de ta tutrice, est la question que tu dois traiter. On s'en moque d'afficher des p-values et des différences soit disant significatives. Ce qu'il faut asavoir c'est ce qu'on est prêt à perdre et dans quel cas ça risque de se présenter et dans quels cas on risque de perdre bien plus que ce qu'on souhaite.
C'est pour ça qu'il est important d'identifier la question de fond car ce que tu vas regarder en dépend. Si pour ta tutrice le but est de capturer certaines espèces en particulier à certaines densités alors il faut évaluer l'évolution de la probabilité de capture et de la densité selon chaque modification du protocole.


nik