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Calcul test exact de Fisher pas à pas à la main

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test - Calcul test exact de Fisher pas à pas à la main Empty Calcul test exact de Fisher pas à pas à la main

Message par franckled le Mer 27 Nov 2019 - 8:26

Bonjour
Je cherche a calculer (et comprendre) comment le test exact de Fisher calcule le p.
On est d'accord que le rapport des factorielles des données observées tota!totb!totc!totd!/a!b!c!d!tot! donne le seuil.
Ensuite on doit calculer la même chose sur les matrices marginales...
La somme des calculs < ou = a la valeur seuil donne le p.
Ma question : comment determine t on les matrices marginales ?
Je ne comprends pas quelles matrices il faut sélectionner et calculer ??
Je souhaiterais réaliser un programme pour automatiser le calcul mais impossible de retrouver les bonnes valeurs en comparant avec BiostatTGV par exemple.
Merci pour votre aide.

Franck

franckled

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Message par Eric Wajnberg le Mer 27 Nov 2019 - 15:51

Même si je ne suis pas un amoureux fou de Wikipédia, pourquoi ne pas regarder la page Wikipédia correspondante ici qui donne un exemple de calcul. Ceci devrait répondre à votre question, il me semble.

Eric.
Eric Wajnberg
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Message par franckled le Jeu 28 Nov 2019 - 8:32

Merci Eric
Oui j'ai bien vu sur le net et en particulier wikipedia malheureusement rien n'est très clair. Il est fait mention du nombre de tables nécessaires pour calculer les differentes matrices. Ma question est donc, quelles sont les matrices extrêmes a prendre en compte dans le calcul ? Prend t on toujours le total de la ligne 1 comme référence ? (somme des Vrais positifs et des Faux positifs) ??

franckled

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Message par Eric Wajnberg le Ven 29 Nov 2019 - 10:19

franckled a écrit:Ma question est donc, quelles sont les matrices extrêmes a prendre en compte dans le calcul ?
La page de Wikipédia dont je parle explique ceci, je pense assez clairement :
Il y a en tout quatre tables aussi éloignées ou plus éloignées de l'indépendance que la table observée. Il n'y a en tout ...
Les tables dites "plus éloignées " sont celles - parmi toutes les tables possibles - qui donnent une proba plus faible d'obtenir la table observée en calculant la probabilité d'observée une telle table sous l'hypothèse d'une loi hypergéométrique.

Je pense qu'on devrait facilement trouver sur le web d'autres exemples numériques, y compris même du code qui fait le calcul correspondant.

HTH, Eric.
Eric Wajnberg
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Message par Eric Wajnberg le Ven 29 Nov 2019 - 10:25

Le détail du calcul sur Excel est donné ici. Une fois encore, je suis loin de faire ici de la propagande pour Excel qui est un logiciel mal foutu, je trouve, mais bon.

Eric.
Eric Wajnberg
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