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Taux d'incidence stratifiés (Mantel-Haenszel)

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INCIDENCE - Taux d'incidence stratifiés (Mantel-Haenszel)  Empty Taux d'incidence stratifiés (Mantel-Haenszel)

Message par Ayana Mer 11 Sep 2019 - 10:56

Bonjour,

J'ai été mise à contribution pour convertir des TD de statistiques (module de stats pour épidemiologistes) de Stata à R. Aucun probleme pour la majorité des sessions.
Cependant, une session est sur l'estimation de taux d'incidence (et rapport de taux d'incidence) bruts et stratifiés. Avec Stata, il y a la commande stmh, qui permet de calculer ces taux stratifiés d'après la méthode de Mantel-Haenszel, apres avoir utilisé stset pour definir l'événement d'intérêt et les dates d'entrée et sortie de l'étude.

Cependant, dans R, je n'ai pas trouvé d'équivalent au Mantel-Haenszel pour des mesures qui ne sont pas des odds ratio. Ce que j'ai fait, et qui marche très bien, est simplement d'utiliser un modèle de Poisson incluant la variable de stratification puis la fonction emmeans pour calculer les taux par strates et leur IC. Une alternative serait également de calculer ces valeurs "à la main" à l'aide des formules, ce qui ne demanderait que 2 lignes de code.

Mon problème est que les responsables de ce module ne veulent pas avoir à introduire les notions de distribution de Poisson et modèle de Poisson (ce qui est tout de même aberrant pour un cours sur les taux d'incidence, mais enfin bon...). Connaissez-vous des fonctions R permettant de calculer les rates et rate ratios (avec IC), autres que la fonction rateratio du package epitools qui estime les rapports d'incidence mais, étrangement, pas les incidences elles-mêmes...

Merci d'avance pour votre aide.

Ayana
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