Fonction TPA package pastecs

Bonjour à tous,
dans le cadre d'une AFCM effectuées sur des abondances d'espèces en fonction de variables qualitatives, j'aurai souhaité tout d'abord effectuer un tri de mes espèces en fonction de leur abondance afin de conserver les espèces dominantes. Les abondances sont variables de 0.5 à 80 et représentent des % de recouvrement.
Pour cela j'utilise la méthode TPA du package pastecs
## Importation de la BD
BDD_sp<-read.csv("BDD_18.csv", sep=";", header=TRUE)
## selection des espèces (en colonne et stations en ligne)
BDDsp<-BDD_sp[,c(3:154)]

library(pastecs)

##Transformation log des abondances d'sp
spp<-log1p(spp)
phy.abd <- abund(spp, f=1) #Application de la méthode TPA
plot(phy.abd, dpos=c(40,100),xlab="Genres",ylab= "Abondances relatives", main="Méthode
TPA f=0.4" ) #Représentation graphique
phy.abd$n <- identify(phy.abd) # Un petit plateau est visible, cliquer sur la fin du plateau
###Number of variables extracted: 37 on a total of 152

phy2 <- extract(phy.abd, phy.abd$n) # Nouvelle base de données avec 37 genres
str(phy2)

Quand je vérifie les espèces abondances de la nouvelle base de données, des espèces fortement abondantes ne sont pas présentes dans la nouvelle base de données simplifiées, et des espèces rares sont toujours présentes. Comment y remédier ?
Merci à vous