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Manhattan plot

Message par natu le Lun 3 Déc 2018 - 20:57

Bonsoir,
Je voudrai savoir ce que signifie -log10(p) sur l'axe des ordonnées sur le graphe pangénomique des intensités de signal montrant les valeurs p d’association de chaque SNP avec le phénotype étudié, en fonction de leur position sur le génome. Le seuil de significativité p < 5 x 10-8.
5 signifie la correction de Bonferroni ?
Merci de m'éclaircir.

natu.

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Re: Manhattan plot

Message par Ayana le Mar 4 Déc 2018 - 9:37

Bonjour,
p est la p-value et -log10(p) est simplement une transformation permettant de rendre les choses plus lisibles: les p-values d'association les plus faibles deviendront les plus larges valeurs sur l'axe des ordonnees, permettant de voir a quelles positions l'evidence d'association est la plus forte.
Pour le seuil de significativite, en revanche, sans plus d'info difficile de dire comment il a ete choisi.
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Re: Manhattan plot

Message par natu le Mar 4 Déc 2018 - 22:22

Bonsoir Ayana,
Merci de votre réponse rapide.
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Re: Manhattan plot

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