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Comparer différentes fréquences d'administrations d'une drug

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Comparer différentes fréquences d'administrations d'une drug

Message par zezima le Mer 11 Oct 2017 - 12:30

"Comparer différentes fréquences d'administrations d'une drogue" (longueur du titre trop grande)

Bonjour,

Je suis en train de tester une drogue qui est administrée à mes animaux de manière quotidienne, bi-quotidienne et tri-quotidienne.
J'ai un critère continu qui est significativement plus élevé dans les lots d'animaux ayant reçu de la drogue plutôt que dans les lots ayant reçu un placebo (quel que soit la fréquence d'administration).

Au final mes 3 fréquences d'administration semblent être efficaces mais j'aimerais savoir si elles sont équivalentes ou si la fréquence tri-quotidienne est significativement plus intéressante que les deux autres fréquences d'administration. Si la quotidienne est équivalente à la tri-quotidienne, je garderais la fréquence quotidienne pour le reste de mon expérience.
Je suis malheureusement obligé de retourner une p-valeur au directeur du service de pharmacologie. Mon ancienneté étant trop faible, je n'ai pas réussi à le convaincre de prendre sa décision à l'aide de graphiques plutôt qu'avec une p-valeur.

J'avais pensé faire une simple One-Way ANOVA avec un test post-hoc de Tukey qui comparerait toutes les fréquences d'administration entre elles.

Tout d'abord je voulais savoir, pensez-vous que cette approche est judicieuse ?

Ensuite, je me demandais s'il était statistiquement juste de mettre les comparaisons du Tukey en unilatéral étant donné que le résultat du critère continu ne peut pas être meilleur dans le group quotidien par rapport aux autres groupes (plus la fréquence d'administration de la drogue est élevée, plus le critère continu est censé être élevé).

Merci d'avance
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Re: Comparer différentes fréquences d'administrations d'une drug

Message par zezima le Mer 11 Oct 2017 - 13:24

J'ai également pensé à une autre approche qui permettrait de prendre en compte les valeurs des placebos correspondant aux différents groupes d'administration.

Il s'agirait d'une ANCOVA de ce type :

critère_continue ~ drug_frequency + placebo_frequency
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Re: Comparer différentes fréquences d'administrations d'une drug

Message par Eric Wajnberg le Mer 11 Oct 2017 - 16:04

zezima a écrit:J'avais pensé faire une simple One-Way ANOVA avec un test post-hoc de Tukey qui comparerait toutes les fréquences d'administration entre elles.
Qu'est-ce qui serait rentré dans l'ANOVA ici? La valeur poolée sur tous les jours pour chaque individu? J'ai l'impression de comprendre que ce sont les mêmes individus qui sont traités chaque jour (une deux ou trois fois par jour). Pourquoi ne pas mettre l'effet jour comme un facteur aléatoire dans un modèle mixte, ou bien de faire une ANOVA sur données répétées? Ca me semble une démarche plus puissante. A réfléchir en tout cas.
zezima a écrit:Ensuite, je me demandais s'il était statistiquement juste de mettre les comparaisons du Tukey en unilatéral étant donné que le résultat du critère continu ne peut pas être meilleur dans le group quotidien par rapport aux autres groupes (plus la fréquence d'administration de la drogue est élevée, plus le critère continu est censé être élevé).
Travailler en unilatéral ou bilatéral n'est ni juste ni faux. Ca dépend de la question posée initialement. C'est un choix, par une règle.

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Re: Comparer différentes fréquences d'administrations d'une drug

Message par Eric Wajnberg le Mer 11 Oct 2017 - 16:05

zezima a écrit:J'ai également pensé à une autre approche qui permettrait de prendre en compte les valeurs des placebos correspondant aux différents groupes d'administration.

Il s'agirait d'une ANCOVA de ce type :

critère_continue ~ drug_frequency + placebo_frequency
C'est possible oui. L'alternative est de dériver un critère qui est calculé en tenant compte du contrôle/placebo.

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Re: Comparer différentes fréquences d'administrations d'une drug

Message par zezima le Jeu 12 Oct 2017 - 12:38

Je me suis mal exprimé au niveau de mes données et le fait d'avoir proposé une ANCOVA était erroné étant donné que mes données du groupe "drug" et du groupe "placebo" n'ont rien d'apparié.

Mes données sont issues de 3 expériences différentes avec des animaux différents dans chacune des expériences.

La One-Way ANOVA serait de la forme : critère_continue ~ drug_frequency
et elle me donnerait une information globale sur le fait qu'il y a un des groupes de fréquence d'administration qui est différent d'un autre.
Si la One-Way ANOVA sort significative, je ferais alors des comparaisons ajustées de Tukey pour savoir quels groupes sont théoriquement statistiquement différents.

Je vais garder de l'unilatéral, même si je ne suis pas sûr à 100%, car comme le dit c@ssoulet, l'unilatéral n'est à utiliser que lorsqu'une différence ne peut aller que dans un sens, pas lorsqu'on pense que la différence va aller dans un sens.

Je pense que l'approche du test d'équivalence est ce qu'il y a de plus juste pour cette problématique.
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Re: Comparer différentes fréquences d'administrations d'une drug

Message par Eric Wajnberg le Jeu 12 Oct 2017 - 15:54

Il reste que les administrations se font de manière quotidienne. Je comprends bien que les animaux sont différents dans chaque expérience, mais à l'intérieur d'une expérience, sont-ce les mêmes animaux qui reçoivent des doses quotidiennes ? Y a t'il une structure de données répétées ? Et puis comment est calculé le critère continue à partir des doses quotidiennes ?

C'était mes deux questions au début de cette discussion, et ces deux questions sont encore sans réponse.

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Re: Comparer différentes fréquences d'administrations d'une drug

Message par zezima le Ven 13 Oct 2017 - 6:36

Après relecture, oui ce n'est pas forcément très clair.

Chaque expérience correspond à une fréquence d'administration différente.
Expérience 1 : fréquence quotidienne sur un groupe d'animaux placebo et fréquence quotidienne sur un groupe d'animaux drogués
Expérience 2 : fréquence bi-quotidienne sur un groupe d'animaux placebo et fréquence bi-quotidienne sur un groupe d'animaux drogués
Expérience 3 : fréquence tri-quotidienne sur un groupe d'animaux placebo et fréquence tri-quotidienne sur un groupe d'animaux drogués

On a donc 6 groupes d'animaux différents au total.

Les données du critère continu sont récupérées de manière quotidienne pour chaque animal.
Oui les données sont répétées pour chaque animal.
Au terme de l'expérience, pour chaque animal, un AUC est calculé sur le critère continu.
On se retrouve donc avec 6 groupes d'AUC (correspondant aux 6 groupes d'animaux).

L'AUC est au final la variable que je souhaite comparer entre mes différents groupes d'animaux drogués (3 au total car il y a 3 fréquences d'administration).
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Re: Comparer différentes fréquences d'administrations d'une drug

Message par Eric Wajnberg le Sam 14 Oct 2017 - 3:17

Il y a donc bien, comme je l'avais compris initialement, une structure de données répétées et il faut prendre la variable de répétition (le temps) en compte avec une ANOVA sur données répétées ou un modèle mixte, il me semble. Ca revient à mon commentaire initiale.

HTH, Eric.
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