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Question test du Khi2

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Message par valval35 le Mar 13 Juin 2017 - 12:38

Bonjour,

J'ai une question sur le test du khi2.

J'ai un tableau de contingence avec beaucoup de 0, comme celui-ci :

Mod1a Mod2a Mod3a Mod4a
Mod1 0 30 27 61
Mod2 0 22 42 23
Mod3 43 11 0 0
Mod4 64 0 0 31
Mod5 0 2 0 0

J'aimerai donc vérifier la corrélation de mes deux variables. Un test du Khi2 peut-il se faire malgré autant de valeur nulles ? Dois-je faire un test de Fisher ? Ou autre ?

Sinon, j'aimerai savoir la différence entre un prop.test et un chisq.test.

Qqn pour m'aider ?
Merci !



valval35

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Message par zezima le Mar 13 Juin 2017 - 13:06

Bonjour,

A ce niveau-là, tu dois vérifier quel est l'effectif théorique le plus faible de ton jeu de données.

S'il est inférieur à 3, il est conseillé de faire un test exact de fisher.
Entre 3 et 5, un test de Yates.
Au delà de 5, tu peux faire un Chi2.

Pour calculer un effectif théorique d'une cellule de ton tableau, tu dois prendre l'effectif total de la ligne multiplié par l'effectif total de la colonne, le tout divisé par ton nombre total de données.

Par exemple pour la première cellule, ce sera 118*107/356=38,8.
Il semblerait que l'effectif de la dernière ligne, avant-dernière colonne soit égale à 0,3.
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Message par valval35 le Mar 13 Juin 2017 - 13:11

Merci beaucoup pour ta réponse.

Et la différence entre un prop.test et un chisq.test sur R ?

valval35

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Message par valval35 le Mar 13 Juin 2017 - 13:27

J'ai donc fais un test de fisher sur R mais il me donne cette erreur :

Error in fisher.test(tableTest) : FEXACT error 5.
The hash table key cannot be computed because the largest key
is larger than the largest representable int.
The algorithm cannot proceed.
Reduce the workspace size or use another algorithm.

Je n'arrive pas à comprendre à quoi ça peut être du...

valval35

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Message par zezima le Mar 13 Juin 2017 - 13:55

Tu peux essayer une astuce si tu n'as pas un workspace assez grand, avec des tests simulés mais il me semble que le test n'est pas exactement le même :

Code:
fisher.test(m,simulate.p.value=TRUE,B=1e7)
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Message par valval35 le Mar 13 Juin 2017 - 16:17

ça ne marche pas, j'ai la valeur de B comme p-value :/

valval35

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Message par droopy le Mer 14 Juin 2017 - 13:31

Bonjour,

si ça marche, le fait que tu es B comme p-value veut dire que ton test est significatif, que toutes les valeurs F simulées sont inférieures au F observé et que par conséquent la p-value est égale à 1/B. Ce qui n'est pas étonnant vu le déséquilibre entre tes modalités.

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