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librairie limma

Message par Cracramon le Dim 28 Mai 2017 - 22:46

Bonjour, je ne suis pas encore très habitué à R et je viens d'installer la libraire limma car j'aimerais utiliser la fonction voom qui normalise des données génétiques.

source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("limma")

Cependant, quand j'éxecute ma fonction voom :
v <- voom(mrna, design, plot=TRUE)

Il me dit qu'il ne trouve pas la fonction voom.

Error: could not find function "voom"

Pourtant ??voom me renseigne bien une page d'aide
Help pages:

limma::voom Transform RNA-Seq Data Ready for Linear Modelling
limma::voomWithQualityWeights Combining observational-level with sample-specific quality weights for RNA-seq analysis
limma::vooma Convert Mean-Variance Trend to Observation-specific Precision Weights for Microarray Data

Merci d'avance....

Cracramon

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Re: librairie limma

Message par droopy le Lun 29 Mai 2017 - 8:37

Bonjour,

biocLite c'est pour installer la librairie mais si tu veux faire appel aux fonctions de cette librairie il te faut faire library(limma).

cdlt
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droopy

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Re: librairie limma

Message par Cracramon le Lun 29 Mai 2017 - 16:50

Merci beaucoup droopy... Je me sens un peu bête pour le coup.

Cracramon

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