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Message d'erreur Saphiro test

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Message d'erreur Saphiro test

Message par LILOUFB le Sam 6 Mai 2017 - 16:39

Bonjour,

Je cherche à faire des tests de normalité mais pour certaines variables (Chfru et Chcig) j'ai un message d'erreur qui s'affiche :

> tapply(mydata$Chfru, mydata$SSR, shapiro.test)
Error in FUN(X[[i]], ...) : all 'x' values are identical


Je ne comprend pas d'où vient l'erreur dans mes données ?


Chcig Chalc Chfru Chspo Chsel
0 2 0 0 0
2 0 0 0 0
0 0 1 0 1
0 0 0 4 0
4 0 2 2 0
3 0 0 0 0
3 0 0 0 0
1 1 1 3 2
3 1 0 0 2
0 0 0 0 0
0 0 1 4 1
0 3 2 3 0
3 1 0 0 0
0 NA 0 1 2
3 2 1 4 3
0 0 0 1 1
3 2 1 4 2
0 0 1 4 0
4 0 2 4 3
0 0 0 1 4
3 2 0 0 1
3 0 2 2 3
0 1 0 1 2
0 0 2 2 0
0 1 0 0 1
0 0 0 0 0
NA NA 0 0 1
3 1 0 0 1
0 0 0 0 0
3 2 1 4 4
2 1 0 1 0
NA NA 0 0 0
0 0 0 0 0
0 0 0 3 0
1 0 1 2 1
3 0 0 4 0
0 0 0 0 0
3 0 0 2 1
2 1 NA NA NA
1 1 0 0 NA
2 1 1 1 1
4 0 1 0 1
0 0 0 1 1
0 1 0 1 0
2 0 0 2 0

LILOUFB

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Re: Message d'erreur Saphiro test

Message par Eric Wajnberg le Dim 7 Mai 2017 - 13:06

Il n'y a pas de variable de nom SSR dans votre dataset. Il y a problème dans votre syntaxe, donc.

Par ailleurs, merci d'utiliser les balises de code dans vos post ici.

HTH, Eric.
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Eric Wajnberg

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Re: Message d'erreur Saphiro test

Message par LILOUFB le Lun 8 Mai 2017 - 13:09

Bonjour,

En fait, je voudrais tester la normalité des données de Chcig et Chfru en fonction de la VI "SSR", mais le message d'erreur s'affiche. Pourtant, le test fonctionne lorsque je le fais avec les autres Ch :
Code:
tapply(mydata$Chspo, mydata$SSR, shapiro.test)
Code:
tapply(mydata$Chsel, mydata$SSR, shapiro.test)
Code:
tapply(mydata$Chalc, mydata$SSR, shapiro.test)

Voici mes données (mieux présentées j'espère):
Code:


  AC.11 AC.12 AC.13 AC.14 AC.15 AC.16 AC.17 AP.cig AP.alc AP.fru AP.spo AP.sel Sexe Age SSR Tps
1      4     5     3     2     2     3     4      5      4      4      4      1    H  82 Oui   1
2      4     2     2     4     2     2     2      5      3      4      4      1    H  56 Non  72
3      3     2     2     1     1     2     2      5      3      4      3      3    H  57 Non  72
4      2     2     2     4     2     2     2      5      3      5      5      1    H  69 Oui   8
5      4     4     1     4     1     4     3      5      5      5      5      1    H  43 Non   1
6      2     2     2     4     3     3     2      5      2      3      4      2    H  46 Non 132
7      5     5     4     5     3     5     5      5      3      3      5      1    F  33 Non   2
8      4     4     3     5     2     3     3      5      3      5      4      4    H  59 Non   3
9      2     1     3     5     1     1     1      5      3      2      1      3    H  55 Non   2
10     4     1     1     1     1     1     1      5      3      4      4      1    F  49 Non   3
11     4     4     1     1     1     4     3      5      2      5      5      2    F  61 Non   5
12     1     3     5     3     1     1     3      5      5      5      5      1    H  47 Non   2
13    NA     2     1     4     1     1     1      5      4      5      3      1    H  56 Non   1
14     1     1     1     1     1     1     1      5     NA      5      5      3    H  54 Non   3
15     4     4     5     5     5     3     4      4      5      4      5      4    H  42 Non   2
16     4     4     3     1     1     1     1      5      3      4      4      5    F  55 Non   5
17     4     2     4     5     1     3     4      5      4      3      5      3    H  56 Non   2
18     3     1     1     1     1     1     3      5      5      3      5      1    H  47 Non   1
19     4     1     2     5     1     1     1      5      5      5      5      4    H  36 Non   1
20     3     4     1     1     1     3     3      5      2      3      5      5    H  54 Non   3
21     5     4     2     4     1     4     1      5      3      5      5      5    F  68 Non   4
22     2     4     4     5     1     2     1      5      5      4      4      4    H  46 Non   1
23     3     5     3     1     2     2     1      5      3      5      5      3    H  71 Oui   3
24     4     3     3     3     2     2     4      5      5      5      4      5    F  68 Non 252
25     1     1     1     1     1     1     1      5      3      4      1      2    H  78 Non 288
26     1     1     1     1     1     1     1      5      5      5      3      4    F  76 Oui  13
27     5     1     1     1     1     5     1     NA     NA      3      2      5    H  82 Non 240
28     4    NA     3     5     3     4     4      5      5      4      4      4    H  81 Non  60
29     1     1     1     1     1     1     1      5      2      3      3      2    H  71 Oui 336
30     1     4     4     5     1     1     1      5      4      5      5      5    H  58 Non   1
31     4     4     1     4     1     4     1      5      4      3      5      1    H  63 Non   1
32     1     4     2     1     1     2     2      5      3      4      5      1    H  69 Non   1
33     4     1     1     1     1     1     1      5      3      4      1      3    F  70 Non  20
34     3     5     1     1     1     1     1      5      2      4      5      3    F  74 Non   2
35     4     5     2     4     2     4     3      5      3      4      4      2    H  61 Non   2
36     4     4     1     4     1     1     1      5      2      5      5      1    F  54 Non   2
37     4     4     3     1     1     1     4      5      4      4      3      1    H  67 Non   6
38     5     4     3     5     5     3     3      5      1      4      4      4    H  64 Non   5
39     4     2     4     4     2     1     3      3      3     NA     NA     NA    H  42 Non   1
40     3     3     3     3     3     3     3      5      3      3      3     NA    H  69 Non   2
41     1     4     3     3     1     4     1      5      4      5      5      5    H  72 Non 192
42     4     4     3     5     1    NA    NA      5      3      4      2      2    H  63 Non   2
43     3     3     1     1     1     1     1      5      5      5      5      5    H  53 Non   1
44     1     4     4     4     3     4     2      5      3      5      4      2    H  57 Non   1
45     1     3     2     4     1     4     4      5      4      5      5      1    H  56 Non   2
   Diab Obes Hyper Autres Lieu Chcig Chalc Chfru Chspo Chsel Score.c Score.i Score.s    zc    zi
1   Oui  Non   Oui    Non  MDM     0     2     0     0     0      13      24      14  0.36  1.07
2   Non  Non   Non    Non  MDM     2     0     0     0     0      14      18      20  0.61 -0.13
3   Non  Non   Non    Non  MDM     0     0     1     0     1       8      18      16 -0.86 -0.13
4   Oui  Non   Oui    Non   HL     0     0     0     4     0      10      16      10 -0.37 -0.53
5   Non  Non   Non    Oui   HL     4     0     2     2     0      13      20      11  0.36  0.27
6   Non  Non   Non    Non   HL     3     0     0     0     0      11      21      15 -0.12  0.47
7   Non  Non   Non    Non   HL     3     0     0     0     0      18      34      20  1.59  3.07
8   Non  Non   Oui    Non   HL     1     1     1     3     2      15      22      22  0.85  0.67
9   Non  Non   Non    Non   HL     3     1     0     0     2      12      18      17  0.12 -0.13
10  Non  Non   Non    Non   HL     0     0     0     0     0       7      11      11 -1.10 -1.53
11  Non  Non   Non    Non   HL     0     0     1     4     1       7      26      19 -1.10  1.47
12  Non  Non   Non    Non   HL     0     3     2     3     0      18      23       7  1.59  0.87
13  Non  Non   Non    Non   HL     3     1     0     0     0      11      10      13 -0.12 -1.73
14  Non  Non   Non    Non   HL     0    NA     0     1     2       7      14      10 -1.10 -0.93
15  Non  Oui   Oui    Non   HL     3     2     1     4     3      19      24      17  1.83  1.07
16  Non  Non   Non    Non   HL     0     0     0     1     1      12      15      21  0.12 -0.73
17  Non  Non   Non    Non   HL     3     2     1     4     2      18      17      14  1.59 -0.33
18  Non  Non   Non    Oui   HL     0     0     1     4     0       4      16      10 -1.83 -0.53
19  Non  Oui   Oui    Non   HL     4     0     2     4     3      17      17      18  1.34 -0.33
20  Non  Non   Non    Non   HL     0     0     0     1     4      10      24      16 -0.37  1.07
21  Non  Non   Oui    Non   HL     3     2     0     0     1      11      24      20 -0.12  1.07
22  Non  Non   Oui    Oui   HL     3     0     2     2     3      18      19      13  1.59  0.07
23  Oui  Non   Non    Non   HL     0     1     0     1     2       9      22      18 -0.61  0.67
24  Non  Non   Non    Oui   CA     0     0     2     2     0      14      22      16  0.61  0.67
25  Non  Non   Oui    Oui   CA     0     1     0     0     1       6      16       4 -1.35 -0.53
26  Oui  Non   Non    Non  CA      0     0     0     0     0       8      12      13 -0.86 -1.33
27  Non  Non   Non    Non   CA    NA    NA     0     0     1       6      15      10 -1.35 -0.73
28  Non  Non   Non    Oui   CA     3     1     0     0     1      14      NA      16  0.61    NA
29  Oui  Non   Non    Non   CA     0     0     0     0     0      10      15       7 -0.37 -0.73
30  Non  Non   Non    Non   HL     3     2     1     4     4      15      13      13  0.85 -1.13
31  Non  Non   Non    Non   HL     2     1     0     1     0      11      17      20 -0.12 -0.33
32  Non  Non   Non    Non   HL    NA    NA     0     0     0       6      20      10 -1.35  0.27
33  Non  Non   Non    Non   HL     0     0     0     0     0       7      11      16 -1.10 -1.53
34  Non  Non   Non    Oui   HL     0     0     0     3     0       6      15      17 -1.35 -0.73
35  Non  Non   Non    Non   HL     1     0     1     2     1      14      24      19  0.61  1.07
36  Non  Non   Non    Oui   HL     3     0     0     4     0       7      14      11 -1.10 -0.93
37  Non  Non   Non    Oui   HL     0     0     0     0     0       9      14      18 -0.61 -0.93
38  Non  Non   Non    Oui   HL     3     0     0     2     1      14      27      19  0.61  1.67
39  Non  Non   Non    Non   HL     2     1    NA    NA    NA      15      14      14  0.85 -0.93
40  Non  Non   Non    Non   HL     1     1     0     0    NA      12      24      15  0.12  1.07
41  Non  Non   Oui    Non   HL     2     1     1     1     1      13      20      13  0.36  0.27
42  Non  Non   Oui    Non   HL     4     0     1     0     1      16      NA      18  1.10    NA
43  Non  Non   Non    Non   HL     0     0     0     1     1       5      16      12 -1.59 -0.53
44  Non  Non   Non    Non   HL     0     1     0     1     0      16      22      11  1.10  0.67
45  Non  Non   Oui    Non   HL     2     0     0     2     0      12      18      17  0.12 -0.13

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Re: Message d'erreur Saphiro test

Message par Eric Wajnberg le Lun 8 Mai 2017 - 16:25

La réponse à votre question est donc simple, et est indiquée dans le message d'erreur. Vous ne pouvez (évidement) pas demander un test de shapiro sur un échantillon qui a toutes ses valeurs égales.

Code:
> shapiro.test(rep(0,10))
Error in shapiro.test(rep(0, 10)) : all 'x' values are identical

Or c'est ce que vous avez dans vos données. Par exemple, pour la variable Chcig vous n'avez que des 0 lorsque SSR vaut Oui.

HTH, Eric.
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Re: Message d'erreur Saphiro test

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