Modele multi-état (msm package)

Bonjour,

Je travail sur les données issues d’une cohorte, avec un modèle multi état, en utilisant le package msm.

En bref, ~12500 individus (variable ID) répondent à un questionnaire annuel.
Leurs réponses permettent de définir l’état 1 et 2 (variable state).
On peu passer de l’état 1 à 2, on connait la date de réponse (variable time) mais pas la date exact de transition.
Dans les deux cas les individus peuvent mourir (état 3). Dans ce cas on connait la date exacte de décès.

J’utilise un modèle classique "illness-death with recovery"  ; avec une matrice de transition de la forme suivante :

Code:

Q <- rbind (c(0, 0.25, 0.25),
             c(0.166, 0, 0.166),
             c(0, 0, 0))

et la commande:

Code:

M0 <- msm(state~time, subject= ID , data=DB,qmatrix = Q, control=list(fnscale=5000,maxit=500000),  covariates =~ polymedication3C, na.action = na.omit, gen.inits=TRUE, obstype = obs.schem)

Où obs.schem = 1 (= date de transition exacte inconnue) pour les états 1 & 2 ;
Et obs.schem = 3 (=date de transition exacte connue) pour l’état 3.

J’ai du mal à comprendre la sortie R prevalence.msm.

Les individus avec un état 1 ou 2 semblent censurés lors de leur dernière réponse.
Ils ne sont plus comptés dans le total d’individus.
Dans mes données, même si on observe des transitions d’états, leurs prévalences sont relativement constantes (~85% état 1, ~15% état 2, <1% de décès).

Code:

$Observed
      State 1 State 2 State 3 Total
0       10798    1724       0 12522
106.2   10787    1715      18 12520
212.4   10762    1706      41 12509
318.6   10646    1692      64 12402
424.8   10331    1643      93 12067
531     10220    1635     121 11976
637.2    9938    1579     139 11656
743.4    1373     274     168 1815
849.6     388      77     200   665
955.8      29       9     235   273
1062        0       0     262   262

$Expected
         State 1    State 2   State 3 Total
0     10798.0000 1724.00000   0.00000 12522
106.2 10709.7375 1771.60607  38.65643 12520
212.4 10622.0197 1809.65826  77.32201 12509
318.6 10460.2194 1826.80849 114.97215 12402
424.8 10113.5297 1804.05627 149.41405 12067
531    9976.9367 1813.32117 185.74212 11976
637.2  9658.8302 1780.80525 216.36450 11656
743.4  1482.1394  289.09944  43.76114  1815
849.6   531.6043  112.33780  21.05787   665
955.8   209.4605   51.45201  12.08749   273
1062    199.0509   49.95398  12.99511   262

J’ai essayé de modifier les paramètres de obstype / deathexact / exacttimes sans mieux spécifier le modèle. J’ai essayé d’utiliser le paramètre censtime=Inf dans le calcul de la prévalence sans aboutir à de meilleurs résultats.

Comment peut-on paramétrer le modèle pour qu’il prenne en compte le schéma des observations et les prévalences vraies ?

Merci.