Les posteurs les plus actifs de la semaine
Eric Wajnberg
 
mvergnat
 
zezima
 
Florent Aubry
 
c@ssoulet
 
fmachou
 
adri6666
 
Nik
 
Aeelim
 
Kouakakou
 


Modèle de Cox !

Voir le sujet précédent Voir le sujet suivant Aller en bas

Modèle de Cox !

Message par Watichaman le Sam 21 Jan 2017 - 13:50

Bonjour à tous !

Je fais actuellement des analyses de survie avec un modèle de Cox. J'ai 3 facteurs indépendant, le traitement, la taille du groupe, et la colonie (je teste des pathogènes sur des groupes de fourmis de différentes tailles).
Seulement j'ai 19 colonies et pour la publication j'aimerai éviter d'avoir dans le tableau de résultat 18 comparaisons (18 colonies comparées à une colonie de référence).
Est-ce qu'une bonne âme qui connaîtrait mieux que moi ce genre de modèle statistique pourrait m'aiguiller sur un moyen (s'il en existe un) pour éviter la multitude inutile de ligne statistique (surtout qu'il n'y a aucune différence significative entre les colonies).

Par avance merci à celui qui pourra m'aider !

JB

Watichaman

Nombre de messages : 5
Date d'inscription : 21/01/2017

Voir le profil de l'utilisateur

Revenir en haut Aller en bas

Re: Modèle de Cox !

Message par Eric Wajnberg le Sam 21 Jan 2017 - 14:58

Je connais bien l'analyse de survie et ne comprend pas la question. L'ajustement d'un modèle de Cox - en supposant que les conditions d'applications soient respectées - avec les trois facteurs (et éventuellement leurs interactions) vous informera s'il y a un effet traitement, taille et colonie. Il n'y a pas de tableaux avec une multitude de lignes dans cette histoire. Juste comme dans le cas d'une ANOVA. Ou bien j'ai loupé quelque chose.

HTH, Eric.
avatar
Eric Wajnberg

Nombre de messages : 664
Date d'inscription : 14/09/2012

Voir le profil de l'utilisateur

Revenir en haut Aller en bas

Re: Modèle de Cox !

Message par Watichaman le Dim 22 Jan 2017 - 9:18

Bonjour,

tout d'abord un grand merci pour votre réponse !
Je ne suis pas un expert en statistique :/ mais d'après ce que j'ai compris le modèle de Cox, le "cox proportional hazard model" est basé sur le risque relatif qu'un événement survienne dans un groupe (par exemple le risque de décès chez les hommes) comparativement au risque que cet événement survienne dans un autre groupe (par exemple chez les femmes). Le "hazard ratio" qui résulte nous donne donc une valeur de risque relative, par exemple un HR de 2 nous informera que le risque de décès chez les hommes est deux fois plus grand que chez les femmes. Ai-je bien compris ?
Donc, pour chaque facteur, il faut définir une catégorie de référence, et les risques de décès seront relatifs à cette catégorie de référence.
Dans mon modèle:
-J'ai le facteur "taille de groupe" (GR300, GR150 et GR50), avec comme catégorie de référence le groupe 50
-j'ai le facteur "colonie" (de 1 à 7), avec comme catégorie de référence la colonie 7
-j'ai le facteur "Rice" (=traitement), avec comme catégorie de référence le contrôle.

Donc le tableau me donne les paramètres d'estimation ainsi que les hazard ratio dans chaque catégorie relativement à celle de référence.

Par contre si j'indique au programme que tous mes facteurs sont des covariables, alors oui effectivement je me retrouve qu'avec une seule ligne de résultats par facteur, m'indiquant simplement un effet groupe, un effet colonie et un effet traitement.

je vous joins dans les tableaux de résultats. Merci beaucoup pour votre aide, je suis un peu perdu :/
Fichiers joints
Cox model1.png Groupe, colonie et traitement commeVous n'avez pas la permission de télécharger les fichiers joints.(67 Ko) Téléchargé 2 fois
Cox model2.png Groupe, colonie et traitement commeVous n'avez pas la permission de télécharger les fichiers joints.(30 Ko) Téléchargé 2 fois

Watichaman

Nombre de messages : 5
Date d'inscription : 21/01/2017

Voir le profil de l'utilisateur

Revenir en haut Aller en bas

Re: Modèle de Cox !

Message par Eric Wajnberg le Lun 23 Jan 2017 - 5:47

Oui, vous avez bien compris comment ceci fonctionne. Vous n'avez aucun effet significatif qui ressort.

Cordialement, Eric.
avatar
Eric Wajnberg

Nombre de messages : 664
Date d'inscription : 14/09/2012

Voir le profil de l'utilisateur

Revenir en haut Aller en bas

Re: Modèle de Cox !

Message par Watichaman le Lun 23 Jan 2017 - 6:37

Merci !

Oui l'interprétation des P-values je connais quand même^^, je suis en fin de doctorat. Ce sont les résultats du contrôle donc pas de différence (ouf) mais j'en obtiens pour l'expérience suivante (sauf pour le facteur colonial).
Ma question était surtout de savoir s'il existait un moyen statistique pour éviter d'inclure dans la publication toutes les comparaisons inutiles entre les colonies et celle de référence.
Après avoir pas mal lu hier, j'ai finalement fait des Tests type 3 pour tester les effets globaux des facteurs, pour ensuite développer dans le modèle que les facteurs qui avaient un impact significatif sur la survie (et donc de "virer" le facteur colonial). Pensez-vous que c'est une bonne démarche ?

Encore merci pour votre aide !

JB

Watichaman

Nombre de messages : 5
Date d'inscription : 21/01/2017

Voir le profil de l'utilisateur

Revenir en haut Aller en bas

Re: Modèle de Cox !

Message par Eric Wajnberg le Lun 23 Jan 2017 - 8:52

Les tests de rapport de vraisemblance que vous donnez dans votre fichier attaché sont valides, corrects (asymptotiquement) et suffisants. Il n'y a pas d'effet. Ca tient en 3 lignes (une par facteur testé).

Cordialement, Eric.
avatar
Eric Wajnberg

Nombre de messages : 664
Date d'inscription : 14/09/2012

Voir le profil de l'utilisateur

Revenir en haut Aller en bas

Re: Modèle de Cox !

Message par Watichaman le Lun 23 Jan 2017 - 9:15

Mais comment interpréter alors le hazard ratio pour le facteur "démographie" qui comprends 3 niveaux ? Et le facteur colonial qui en comprend 7 ?
Si je ne m'abuse, on ne peut traiter en covariable que les facteurs quantitatifs, le hazard ratio donnant alors l'augmentation du risque à chaque "pas" (si la variable est l'âge, le HR représente l'augmentation du risque lorsque l'âge augmente de 1).
Comment interpréter le HR du facteur colonie alors qu'il y a 7 colonies... et qui est une variable nominale.. En toute logique je ne peux pas la classer comme covariable, ça n'a pas de sens biologique.

Cordialement,

JB

Watichaman

Nombre de messages : 5
Date d'inscription : 21/01/2017

Voir le profil de l'utilisateur

Revenir en haut Aller en bas

Re: Modèle de Cox !

Message par Watichaman le Lun 23 Jan 2017 - 11:41

Après entretien avec un biostatisticien, je confirme que les 3 facteurs ne peuvent pas être considérés comme des covariables. Le tableau de 3 lignes est donc non valide sur le plan statistique comme biologique...
Type 3 tests pour effets globaux + construction du modèle de Cox avec les facteurs significatifs, avec à l'arrivée des HR relatifs à une catégorie de référence (rien à voir avec les HR des covariables qui ne sont pas des rapports de vraisemblance mais des augmentations de risque à chaque "pas" quantitatif de la covariable).
Bref, merci beaucoup pour votre tentative d'aide mais j'ai failli soumettre une grosse bêtise.

Bien à vous,

JB

Watichaman

Nombre de messages : 5
Date d'inscription : 21/01/2017

Voir le profil de l'utilisateur

Revenir en haut Aller en bas

Re: Modèle de Cox !

Message par Eric Wajnberg le Lun 23 Jan 2017 - 17:12

Un modèle de Cox n'est rien d'autre qu'une sorte d'ANOVA. Aussi bien dans un modèle de Cox que dans une ANOVA, on peut évidement avoir des covariables qualitatives qui sont des facteurs. C'est même le cas le plus courant. Ca implique que plus d'un paramètre est estimé par facteur, mais on retombe sur un test de rapport de vraisemblance comme dans le cas d'une ANOVA. Aucun problème de ce côté. Le tableau de 3 lignes (comme vous l'appelez) est correct et valide, aussi bien sur le plan statistique que biologique. Si vous regardez les ddl des Chi2 que vous rapportez, ils devraient être égaux dans chaque cas au nombre de modalités du facteur moins un.

Cordialement, Eric.
avatar
Eric Wajnberg

Nombre de messages : 664
Date d'inscription : 14/09/2012

Voir le profil de l'utilisateur

Revenir en haut Aller en bas

Re: Modèle de Cox !

Message par Contenu sponsorisé


Contenu sponsorisé


Revenir en haut Aller en bas

Voir le sujet précédent Voir le sujet suivant Revenir en haut

- Sujets similaires

 
Permission de ce forum:
Vous ne pouvez pas répondre aux sujets dans ce forum