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GLM sur des composantes

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GLM sur des composantes

Message par Elysire le Mar 27 Déc 2016 - 15:43

Bonjour,

J'ai la table suivante :

Code:
  >table
 FID       IID     SOL         C1          C2          C3          C4     plaques
1   1 14ECH066461   0  0.00332472 -0.001356090  0.002745680  0.008173650 VAC1
2   1 14ECH066463   0 -0.00154285 -0.004884730 -0.003524890  0.002837350 VAC1
3   1 14ECH066465   0 -0.00176076 -0.005117190 -0.004900510 -0.000811059 VAC3
4   1 14ECH066467   0 -0.00184660  0.000915694 -0.000871116  0.002627990 VAC8
5   1 14ECH066469   0 -0.00464714 -0.002031440  0.004694130 -0.001061150 VAC1
6   1 14ECH066471   0 -0.00045940 -0.004421730 -0.002843800 -0.004413810 VAC2

Je souhaite décrire la répartition des valeurs des composantes (C1 à C4) en fonction des plaques. Pour cela je veux faire un GLM pour chaque composante et ainsi voir les plaques les plus différentes.
La fonction à utiliser serait donc la suivante :

Code:
> glm(variable à expliquer ~ variable(s) explicative(s))

Seulement voilà, je ne sais pas quelles variables utilisées. J'ai plus de mal dans la construction de mon modèle que sa réalisation sous R à priori.
J'ai essayé :

Code:
model <- glm(table$C1+table$C2+table$C3+table$C4 ~ table$plaques)
Ou bien séparément :
Code:
modelC1 <- glm(table$C1 ~ table$plaques)
modelC2 <- glm(table$C2 ~ table$plaques)
modelC3 <- glm(table$C3 ~ table$plaques)
modelC4 <- glm(table$C4 ~ table$plaques)

J'obtiens alors une pvalue pour chaque plaque, certaines significatives d'autres non mais je ne suis pas certaine du sens de ces résultat. D'autant qu'on m'avait conseillé de "faire attention que la plaque de référence soit constituée d'un nombre d'individus suffisant" (je peux avoir cette info dans une autre table) OR dans mon modèle, je n'utilise pas de plaque de référence et c'est bien ce qui me laisse penser que je m'y prend mal.

En espérant avoir été relativement clair sur mon problème.

Merci d'avance pour toute aide.

Elysire

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Re: GLM sur des composantes

Message par Eric Wajnberg le Mer 28 Déc 2016 - 6:29

Comme point de départ, ce semble correct. Sans le savoir (apparemment), vous êtes juste en traire de faire de simple analyses de la variance (ANOVA). Les p-values significatives que vous obtenez indiquent que la valeur moyenne de la variable (composante) correspondante diffère d'une plaque à l'autre. Ceci semble réponse à votre question, si je l'ai bien comprise.

HTH, Eric.
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Re: GLM sur des composantes

Message par Elysire le Mer 28 Déc 2016 - 8:52

Merci Eric pour votre aide, ça répond bien à ma question.
J'ai également compris que la fonction GLM prenait une plaque en référence, par défaut la première si rien n'est précisé.
Tout est plus clair,
Bonne journée.

Elysire

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Re: GLM sur des composantes

Message par Eric Wajnberg le Jeu 29 Déc 2016 - 8:18

Elysire a écrit:J'ai également compris que la fonction GLM prenait une plaque en référence, par défaut la première si rien n'est précisé.
Dans R, c'est la première effectivement par défaut, mais la première par ordre alphabétique. Mais prendre une catégorie de référence n'est pas le propre de la fonction glm() (qui - en passant - s'écrit en minuscules). Tout schéma d'ANOVA est construit comme ça, quel que soit le logiciel. Mais ceci c'est de la cuisine calculatoire, qui n'a aucun intérêt pour l'interprétation des résultats, ou bien il y a quelque chose d'important qui vous échappe.

Cordialement, Eric.
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Re: GLM sur des composantes

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