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Message par Julie507 le Ven 20 Mai 2016 - 14:59

Bonjour,

j'ai un petit problème avec mes statistiques sur R et notamment les AFCM.
Je vous explique rapidement mon sujet pour mieux comprendre. J'ai des plantes qui sont mes individus et leurs caractéristiques qui sont mes différentes variables. J'ai aussi un certain nombre d'espèces de primates qui dispersent ces plantes.
Je dois effectuer une AFCM pour évaluer "la préférence" des primates envers tel ou tel fruits et évaluer les différents groupes que la ségrégation provoque (lesquels se ressemblent le plus, sur la base des caractéristiques des fruits).. Mais chaque primate disperse plusieurs fruits. Je n'arrive donc dans un premier temps déjà pas à créer mon tableau correctement afin d'avoir mes plantes, les caractéristiques et les primates.
J'ai mis mes plantes en ligne et mes caractéristiques en colonne, aux intersections les différentes modalités. Par exemple, pour la première colonne, "type de fruit" j'ai différentes modalités qui peuvent être "baie", "drupe", "gousse"... jusque là tout va bien, mais lorsque je veux insérer mes primates, c'est là que ce pose mon problème. Comme je suis censée avoir plusieurs primates par ligne, je ne sais pas comment les insérer. Si quelqu'un a une petite idée. Smile

Merci pour votre aide Smile

Julie507

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Message par joyeux_lapin13 le Mar 24 Mai 2016 - 8:26

La difficulté doit être que pour un type de fruit vous pouvez avoir plusieurs primates non?

Vous pouvez rajouter autant de colonne que vous avez de type de primate et remplir par oui/non en fonction du primate qui mange à cet arbre. Maintenant si le but est de projeter vos primates comme des informations sur le plan, alors il faudra repenser toute la base en considérant en ligne vos primates et remanier vos variables pour qu'elles aient un sens.
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Message par Julie507 le Mar 24 Mai 2016 - 9:00

Bonjour, merci pour votre réponse.
J'ai déjà essayé de faire mon tableau avec une colonne pour chaque primate et remplir prés/abs mais cela ne fonctionne pas. En effet, je veux projeter mes primates sur le plan, mais justement je ne vois pas comment faire mon tableau du coup.

J'ai aussi essayer de mettre mes primates en ligne avec en colonne mes variables (une colonne par modalité), et aux intersections le nombre de fois où mon primate disperse cette modalité.
Par exemple, voilà un bout du tableau que j'ai pu faire :
AFCM Dfd10
mais là j'obtiens quelque chose comme ceci :
AFCM Dggd10
Or sur ce graphe tout se met sur le côté gauche et ce n'est pas bon, cela devrait "s'éparpiller" partout. Et en plus, plutôt que de me mettre le nom de mes espèces, il me met des chiffres et je n'arrive pas à modifier cela (je suis pas très très forte avec R). Et j'aimerai aussi virer les cadres pour y voir plus clair...

Merci encore pour votre aide




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Message par joyeux_lapin13 le Mar 24 Mai 2016 - 9:50

Il y a de forte chance que vos chiffres correspondent à la projection de vos observations, donc de vos lignes, donc de vos plantes.

Si tout se met du côté gauche c'est du faut qu'une opposition peut être observé entre les profils. De plus il ne faut pas raisonner uniquement comme ça, mais également haut vs bas du plan.

Si vous souhaitez considérer vos primates comme des individus et donc des observations et voir comment ils se répartissent en fonction de vos autres variables, vous devez reconsidérer la configuration de votre base de données en les faisant configurer comme des lignes décrites selon les caractéristiques de vos colonnes (variables).

Pour ce qui est de virer le cadre, je vous conseille de faire tourner l'exemple facilement accessible sur la page d'aide de la fonction R dont vous vous servez pour cibler la fonction qui le permet (de mémoire ça doit être un truc du genre s.scatter).
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Message par Julie507 le Mar 24 Mai 2016 - 15:41

Mais du coup si je mets mes primates en lignes, je ne vois pas comment mettre mes colonnes avec mes caractéristiques.
Je vais regarder pour le cadre, merci.

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Message par joyeux_lapin13 le Mer 25 Mai 2016 - 12:01

En effet, tout dépend de si vous cherchez à décrire l'attitude des primates ou des plantes, l'un où l'autre devra composer vos lignes.
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Message par Julie507 le Mer 25 Mai 2016 - 16:54

Je veux comparer mes primates sur la base des caractéristiques des fruits. Mais en les mettant en ligne je n'arrive pas à mettre mes variables correctement

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