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biostatistiques: test de viabilité

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biostatistiques: test de viabilité

Message par bharal le Jeu 10 Mar 2016 - 9:30

Bonjour,
Je suis actuellement en stage en recherche contre le cancer et je ne trouve malheureusement pas de référent en stat c'est pourquoi je me tourne vers ce forum.
Mon travail actuel consiste à vérifier l'hypothèse selon laquelle les cellules cancéreuses produisant une certaine protéine (appelée MAGEA1) résistent à un agent chimiothérapeutique (la doxorubicine). Pour ce faire je teste différentes concentrations en doxorubicine sur des cellules produisant MAGEA1 (appelées MAGEA1) et des cellules ne le produisant pas (appelées VIDE). Je réalise ensuite un test (test MTS) qui donne la viabilité des cellules en % (100% étant la viabilité des cellules non mise en contact avec la doxorubicine). Ce test MTS peut être réalisé à 2 ou 3h d'incubation (j'ai donc testé les 2 temps). J'ai réalisé 3 fois ce test avec à chaque fois 4 répétitions aussi bien pour les cellules MAGEA1 que les cellules vides.
J'ai rentré mes résultats dans GraphPad Prism (voir annexe) et les graphiques semblent confirmer mon hypothèse en montrant une meilleure viabilité de mes cellules MAGEA1.
Pourriez-vous m'indiquer:
-Quel test serait le plus probant pour confirmer que les cellules MAGEA1 ont bien une meilleure viabilité que les VIDE.
-Comment pourrais-je sélectionner la concentration à laquelle cette résistance est la mieux marquée.
-Comment pourrais-je choisir le meilleur temps d'incubation (2 ou 3h).

J'espère avoir été plus ou moins clair. Je vous remercie d'avance et vous implore de pardonner mes lacunes en statistiques. Wink
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Re: biostatistiques: test de viabilité

Message par bharal le Lun 14 Mar 2016 - 15:21

Re Bonjour,
Je vois que personne ne peut me répondre et c'est dommage parce que je bloque vraiment... Je vais essayer de simplifier ma demande j'aurai peut-être plus de succès Wink En résumé je cherche comment faire pour:
-Prouver que sur mon graphique (voir post précédent) les carrés ont une meilleure viabilité que les ronds
-Trouver sur lequel des mes 2 graphes la différence est la plus marquée
-Trouver à quelle concentration cette différence est la plus marquée

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Re: biostatistiques: test de viabilité

Message par niaboc le Mar 15 Mar 2016 - 12:10

Bonjour,

1-je pense que tu dois pouvoir y arriver avec un test du khi deux.
2 et 3- peut-être que par observation ça suffit si le test de la 1ère question est validé.

Niaboc

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Re: biostatistiques: test de viabilité

Message par c@ssoulet le Mar 15 Mar 2016 - 12:30

Si je comprends bien ton % est un résultat donné par la machine sous la forme d'un nombre réel compris entre 0 et 100, donc assimilable à une variable continue.

si c'est ca, 2 façons de faire
- la "classique" : anova en mesures répétées
- la "labo style" : comparer à chaque temps les 2 groupes avec un ttest. Je sais, c'est pas correct, mais énormément de publis labo passent avec ca.

Pour choisir le meilleur temps d'incubation, un simple coup d'oeil suffit à dire que c'est kif-kif. Si tu veux etre jusqu'au boutiste tu introduis le terme "temps d'incubation" dans ton anova et tu regardes l'interaction concentration*magea1*temperature, qui sera non significative

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Re: biostatistiques: test de viabilité

Message par bharal le Mar 15 Mar 2016 - 13:06

Un grand merci à vous! Je vais tester tout ça et voir un peu e que ça donne! En effet juste avec des ttests ça me semblait bizarre mais je vais tester et voir ce que dit le jury! Bonne fin de journée.

bharal

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Re: biostatistiques: test de viabilité

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