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Analyse de tendance

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Message par PtiLutin le Lun 7 Mar 2016 - 15:11

Bonjour bonjour,
Je suis toute nouvelle sur le forum et les stats me paraissaient simple jusqu'à devoir vraiment les utiliser pour un stage.. Comme quoi entre la théorie en cours et la pratique réelle il y a un fossé... Embarassed  Et alors si on rajoute par dessus le logiciel R c'est sympa quoi...

Voilà, je démarre un stage de fin d'étude où je vais devoir travailler sur un énorme jeu de données concernant le suivis d'oiseaux sur une Réserve naturelle.
Je dois donc me débrouiller à montrer la tendance évolutive des données depuis la création de la Réserve, et tout ce qui s'en suit en gestion.
La je m'attaque au fichier de baguage des oiseaux, où il y a 3 niveaux dans la variable "action" (l'oiseau a été bagué B, un oiseau capturé qui était déjà bagué C, et un oiseau mort trouvé avec une bague R) + tout un tas de dates où ont été mesuré ces informations.
Chaque ligne du tableau correspond à un individus qui a été soit B, soit C, soit R, à une date donnée. (il y a donc plusieurs fois les mêmes dates)

Je voudrais montrer sur le temps l'évolution du nombre de chaque modalité action (B,C,R), selon le temps et donc faire un joli graphique du nombre de B,C et R en fonction du temps.

Je n'arrive pas sur R à sortir les effectifs des actions ni à regrouper les dates entre elles (par jour de capture ça serait déjà pas mal).. et alors comparer les deux ensemble.. piou piou les pti oiseaux... il n'y a plus personne confused

Je vous remercie pour toute l'aide que vous voudrez bien m'accorder ! Et surtout n'hesitez pas à me demander des précisions, je ne sais pas bien quoi écrire de plus là comme ça..

Merci

Clémence

PtiLutin

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Message par droopy le Lun 7 Mar 2016 - 15:45

Bonjour,

donne nous un aperçu de ton jeu de données qu'on puisse te donner un coup de main. A priori les librairies dplyr et ggplot2 sont pour toi.

cdlt
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Message par PtiLutin le Lun 7 Mar 2016 - 16:04

Déjà merciii pour une réponse aussi rapide, ça rassure vous imaginez même pas !!!
Je ne m'avoue pas vaincue !! Laughing

Donc voilà quelques lignes du tableau, exactement les deux colonnes qui m'intéresse pour l'instant !! J'ai des données de 1978 à fin 2015 (très peu sur les premières années).

Code:
9888      B 14/08/2006
9889      C 14/08/2006
9890      B 14/08/2006
9891      C 14/08/2006
9892      B 14/08/2006
9893      C 14/08/2006
....
10753      R 25/08/2007
10754      B 25/08/2007
10755      B 25/08/2007
10756      B 25/08/2007
10757      B 25/08/2007
10758      B 25/08/2007
10759      B 25/08/2007
10760      B 25/08/2007
10761      B 25/08/2007
10762      B 25/08/2007
10763      B 25/08/2007
10764      C 25/08/2007

Les deux codes que je fais toujours pour connaître un peu comment est la base de données quand celle ci est un peu grande (juste 17416 observations.. juste Razz ) :

Code:
> str(test)
'data.frame':  17416 obs. of  2 variables:
 $ ACTION: Factor w/ 3 levels "B","C","R": 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...
 $ DATE  : Factor w/ 590 levels "01/01/2007","01/04/2003",..: 497 324 324 158 356 356 356 356 356 356 ...

> summary(test)
 ACTION            DATE     
 B:15343  07/09/2005:  510 
 C: 2041  22/08/2003:  298 
 R:  32  02/09/2004:  250 
          26/08/2007:  249 
          25/08/2007:  231 
          17/08/2004:  221 
          (Other)  :15657

Je crois que je me suis surtout un peu paumée au milieu de tout ça... En recherchant quoi faire et en vadrouillant un peu partout, j'ai vu un joli graphique de tendance sur plusieurs années avec les mois séparé, avec plusieurs courbes de l'effectif de chaque modalité qui les intéressait dans l'étude en fonction du temps, c'est ça que je cherche à faire.. je sais pas si c'est plus clair..

Je vais chercher des infos sur les deux truc dont tu m'as parlé !!

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Message par droopy le Lun 7 Mar 2016 - 20:16

re,

voici une possibilité de graph qu'il est tout a fait possible de customiser par la suite.

Code:
# 1ere etape transformée tes dates en format Date
tab$DATE <- as.Date(as.character(tab$DATE), format="%d/%m/%Y")

# 2. charger les librairies
library(dplyr)
library(ggplot2)

# 3. nombre d’occurrences par Annee-Mois (nouvelle colonne Date) et par ACTION :
tab2 <- tab %>% mutate(Date = format(DATE, "%Y-%m")) %>%
  group_by(ACTION, Date) %>% summarise(N=n())

# 4. un graph possible :
ggplot(tab2, aes(Date, N, group=ACTION, color=ACTION)) + geom_line()

# séparer par ACTION :
ggplot(tab2, aes(Date, N, group=ACTION, color=ACTION)) + geom_line() +facet_wrap(~ACTION) +  theme(axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust=0.5))
Après il est tout aussi possible à partir de tab2 de ne faire qu'un graphique par fenêtre au lieu de tous les mettre sur le même graph.

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Message par PtiLutin le Mar 8 Mar 2016 - 14:30

waaah ça c'est de la réponse Laughing
Merci beaucoup !! ça faisait un moment que je cherchais comment mettre en format date, et impossible de trouver la bonne syntaxe :/ Quand on est débutant dans R et inculte en code informatique, c'est vraiment pas ce qu'il y a de plus simple.. Mais quand on y arrive et qu'on voit les résultats, qu'est ce que c'est biiien !!! Very Happy

Après avoir téléchargé tout ce qu'il fallait.. eh oui je me suis rendu compte que j'avais un vieille version de R, ce qui bloquait pas mal les choses, mais bon problème résolu Smile J'ai donc réussi à faire tes deux jolis graphiques !! Et sur le principe ça rend comme je l'imaginais !!  Very Happy

Je ne connaissais pas la fonction ggplot même si j'avais pu en entendre parler sur certain forum où j'ai cherché des infos !
Je vais bidouiller un peu tout ça pour réussir à faire ce que je veux exactement ! En tout cas encore merci, que ce soit pour l'aide ou pour la rapidité de la réponse !! Je reviendrais vers vous si je me retrouve à nouveau bloquée !!

PtiLutin

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