Plot me retourne un message d'erreur

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Plot me retourne un message d'erreur Empty Plot me retourne un message d'erreur

Message par jeannelher le Sam 6 Fév 2016 - 22:05

Bonjour, j'ai un soucis avec la fonction plot, qui fonctionne très bien habituellement et me renvoie aujourd'hui, avec un code déjà utilisé, un message d'erreur. Comme je m'imagine que l'erreur peut provenir de n'importe où, je vous mets la totalité du code, sachant que l'erreur sort à la fin.

Code:
#Chargement du tableau de données
M101014 <- read.table("Tableau résultat 1.csv", header= T, sep=";")
M101014
summary(M101014)

#Séparation selon les températures
T1.4 <- M101014[M101014$Température==4,]
T1.20 <- M101014[M101014$Température==20,]

T1.4[,c(1,3:11)]
T1.4<-as.matrix(T1.4)

T1.20[,c(1,3:11)]
T1.20<-as.matrix(T1.20)

acp4 <- prcomp(T1.4, cor = T, scores = T)
acp20 <- prcomp(T1.20, cor = T, scores = T)

plot(acp4$vectors[,1:2], pch=".", main = "Ordination en espace réduit", xlab= "ACoP1", ylab="ACoP2")
plot(acp4$scores[,1],acp4$scores[,2], axes= T, type="n",xlab="Comp.1 - 74%",ylab="Comp.2 - 14%")

Les erreurs proviennent donc des deux dernières lignes qui me retournent :
Code:
Error in plot.window(...) : 'xlim' nécessite des valeurs finies
De plus : Warning messages:
1: In min(x) : aucun argument trouvé pour min ; Inf est renvoyé
2: In max(x) : aucun argument pour max ; -Inf est renvoyé
3: In min(x) : aucun argument trouvé pour min ; Inf est renvoyé
4: In max(x) : aucun argument pour max ; -Inf est renvoyé

J'espère que vous pourrez m'aider.
Merci d'avance.

Jeanne


Dernière édition par A.D. le Lun 8 Fév 2016 - 10:21, édité 1 fois (Raison : ajout des balises "code")

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Message par Florent Aubry le Lun 8 Fév 2016 - 9:58

Page d'aide de prcomp :
Code:
prcomp returns a list with class "prcomp" containing the following components:

sdev : the standard deviations of the principal components (i.e., the square roots of the eigenvalues of the covariance/correlation matrix, though the calculation is actually done with the singular values of the data matrix).

rotation : the matrix of variable loadings (i.e., a matrix whose columns contain the eigenvectors). The function princomp returns this in the element loadings.

x : if retx is true the value of the rotated data (the centred (and scaled if requested) data multiplied by the rotation matrix) is returned. Hence, cov(x) is the diagonal matrix diag(sdev^2). For the formula method, napredict() is applied to handle the treatment of values omitted by the na.action.

center, scale : the centering and scaling used, or FALSE.

Conclusion les membres vectors et scores n'existent pas dans acp4.

Florent Aubry

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Message par jeannelher le Lun 8 Fév 2016 - 13:35

Bonjour, merci pour la réponse, c'est vrai que j'utilise habituellement la fonction pco() et princomp()...
J'ai galéré un peu, mais votre réflexion m'a débloqué la situation, je sais maintenant que il fallait utiliser x et pas vector ou score.
Merci


Dernière édition par jeannelher le Lun 8 Fév 2016 - 14:05, édité 1 fois

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Message par Florent Aubry le Lun 8 Fév 2016 - 14:03

Le résultat de summary( acp4) est un affichage à la console structuré pour être lisible, c'est-à-dire qu'il ne représente pas la structure de l'objet acp4 tout comme si donnees est un data.frame, summary( donnees) visualisera des informations synthétiques sur le data.frame.

PC1, PC2 ... ne sont pas des membres de la liste acp4, ce sont des noms de colonnes du membre rotation qui est une matrice. Il doivent donc être appelés par : acp4$rotation[,"PC1"] ...

Florent Aubry

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