ACP?

Voir le sujet précédent Voir le sujet suivant Aller en bas

ACP?

Message par Nathly le Dim 4 Oct 2015 - 23:46

Bonjour à tous,

Alors je vous écris car j'aurais besoin d'un conseil sur l'utilisation de l'ACP. En gros, j'ai des données de gonad index de 15 individus, par mois sur une durée de un an, sur trois sites différents. Je voudrais étudier la relation entre ces gonad index de ces trois populations, par mois, avec différentes variables environnementales telles que la température, la salinité, etc. Du coup, je me demande si cela est possible avec l'analyse en composante principale?

Qu'est-ce que vous en pensez? Merci beaucoup de votre avis!

Nathly

Nombre de messages : 7
Date d'inscription : 05/04/2011

Voir le profil de l'utilisateur

Revenir en haut Aller en bas

Re: ACP?

Message par Nik le Lun 5 Oct 2015 - 7:48

Bonjour,

Oui c'est possible. Mais "étudier" ça ne veut pas dire grand chose. Il faut que tu précises les questions auxquelles tu cherches à répondre et ensuite seulement tu pourras réfléchir à savoir si l'ACP est l'analyse que tu recherches ou non.

L'ACP te donneras une première analyse de manière très exploratoire. A priori, vu tes données, je dirais que ce n'est pas ce que tu cherches car tu as clairement une variable à expliquer avec une batterie de variable explicative. Tu es plus dans le champs de la régression multiple ou plus généralement d'un modèle avec plusieurs variables explicatives.

Nik

PS: au passage avec les variables morpho attention à la corrélation avec la taille notamment si tu travailles sur des organismes ectothermes et que tu prends en compte la température (+ chaud = organismes plus grands)

Nik

Nombre de messages : 1501
Date d'inscription : 23/05/2008

Voir le profil de l'utilisateur

Revenir en haut Aller en bas

Re: ACP?

Message par Nathly le Lun 5 Oct 2015 - 8:27

Bonjour Nik,

Un grand merci pour votre réponse. Je voudrais en fait déterminer quels sont les paramètres environnementaux qui influencent le plus l'indice gonadique sur mes trois sites étudiés. Je me disais qu'avec l'ACP j'aurais pu éventuellement voir quels sont les paramètres les plus importants qui expliquent déjà cette variabilité. Cependant, je ne sais pas si c'est possible de tenir des trois sites et des différents mois car il faudrait que l'indice gonadique des individus du mois x pour le site soit comparé à celui des individus y pour le même mois x. Il n'y a aucune sens à comparer différents mois entre sites car la variabilité est grande par mois. Est-ce toujours possible de "commencer" par une ACP ou cela n'a vraiment aucun sens?

Autrement, quel genre d'analyse je peux faire avec une régression multiple? J'avais éventuellement penser à faire un GAMs mais cela à l'air tellement compliqué à réaliser que je ne sais pas si je pourrais le faire. Qu'en-pensez vous?

Merci beaucoup!


Nathly

Nombre de messages : 7
Date d'inscription : 05/04/2011

Voir le profil de l'utilisateur

Revenir en haut Aller en bas

Re: ACP?

Message par Nik le Lun 5 Oct 2015 - 11:19

tu as un plan du type: 1 variable à expliquer, plusieurs variables explicatives -> donc on est plutôt sur un ensemble de variable déséquilibré (toutes les variables n'ont pas le même rôle).

Mais si tu veux faire une ACP, pour explorer, je te conseille alors de faire une ACP sur toutes les variables sauf le "gonad index". Une fois l'ACP réalisée tu te sert de cette variable pour voir graphiquement où sont les fortes valeurs sur le(s) plan(s) factoriel(s) que tu souhaites analyser. Idem, le regroupement des valeurs sur un plan factoriel peut être fait uniquement de manière graphique. Cela t'aidera sans doute à y voir un peu plus clair dans l'organisation de tes données.

D'un point de vue modèle, je ne sais pas pourquoi tu veux partir directement sur un GAM car ce n'est pas forcément la première technique à envisager. Un GLM est sans doute une première étape plus abordable et généralement satisfaisante. En outre, il y a déjà suffisamment d'options possibles dans les GLM pour avoir de quoi s'occuper.

Nik

Nik

Nombre de messages : 1501
Date d'inscription : 23/05/2008

Voir le profil de l'utilisateur

Revenir en haut Aller en bas

Re: ACP?

Message par c@ssoulet le Lun 5 Oct 2015 - 11:24

C'est 15 individus au total ou 15 par site ?

c@ssoulet

Nombre de messages : 649
Date d'inscription : 05/05/2008

Voir le profil de l'utilisateur

Revenir en haut Aller en bas

Re: ACP?

Message par Nathly le Lun 5 Oct 2015 - 11:29

J'ai 15 individus par mois sur une période de un an sur trois sites différents

Nathly

Nombre de messages : 7
Date d'inscription : 05/04/2011

Voir le profil de l'utilisateur

Revenir en haut Aller en bas

Re: ACP?

Message par c@ssoulet le Lun 5 Oct 2015 - 12:51

C'est toujours pas clair pour moi.

Je comprends, mais je suis pas sur
- qu'il y a, pour chaque site, une mesure sur 5 individus
- que ce ne sont pas les memes individus suivis durant 1 an (= les 5 individus mesurés au site A mois 1 sont différents des 5 individus mesurés sur le site A mois 2)

c'est ca ?

c@ssoulet

Nombre de messages : 649
Date d'inscription : 05/05/2008

Voir le profil de l'utilisateur

Revenir en haut Aller en bas

Re: ACP?

Message par Nathly le Lun 5 Oct 2015 - 12:53

non, désolée si ce n'est pas clair:

j'ai trois sites sur lesquels j'ai échantillonné pendant 12 mois 15 individus

donc 15 individus par mois / par site

oui les individus échantillonnés par mois sont chaque fois différents (ils ont du être malheureusement tués pour avoir le gonad index)

Nathly

Nombre de messages : 7
Date d'inscription : 05/04/2011

Voir le profil de l'utilisateur

Revenir en haut Aller en bas

Re: ACP?

Message par Nathly le Lun 5 Oct 2015 - 17:23

Nick, je suis désolée mais je n'ai pas bien compris pourquoi il serait plus judicieux de faire l'ACP sur les paramètres environnementaux sans le gonad index. Je veux justement voir si les paramètres environnementaux expliquent la variabilité du gonad index au cours du temps....désolée si ma question parait stupide, comme beaucoup de biologistes, les statistiques sont un vrai cauchemar...
Merci beaucoup!

Nathly

Nombre de messages : 7
Date d'inscription : 05/04/2011

Voir le profil de l'utilisateur

Revenir en haut Aller en bas

Re: ACP?

Message par Nik le Mar 6 Oct 2015 - 6:49

C'est juste une proposition de démarche. Je trouverais bizarre de mettre dans une ACP des variables au même niveau alors que je sais pertinemment que l'une d'entre elles est la variable à expliquer.
Donc je préfère analyser ce qu'on peut appeler le plan d'expérience (les co-variations des variables explicatives) et visualiser sur le plan factoriel obtenu les valeurs de ma variables à expliquer pour voir si les plus fortes valeurs sont toutes en lien avec certaines conditions (ie combinaison de variables explicatives) ou non.

Pour ce qui est au cours du temps ou pour les sites, je ferais pareil, je n'incluerais pas ces variables dans mon analyse (d'ailleurs avec les sites ça te ferais faire ce qu'on appelle une analyse mixte) et je regarderais graphiquement les regroupements par année et par site.

Encore une fois ce n'est qu'une possibilité et rien n'est figé. Tu peux tout mettre dans l'analyse. il te suffit juste d'adapter ton analyse car ce n'est plus une ACP si tu as des variables catégorielles

Nik

Nombre de messages : 1501
Date d'inscription : 23/05/2008

Voir le profil de l'utilisateur

Revenir en haut Aller en bas

Re: ACP?

Message par Contenu sponsorisé Aujourd'hui à 0:16


Contenu sponsorisé


Revenir en haut Aller en bas

Voir le sujet précédent Voir le sujet suivant Revenir en haut


 
Permission de ce forum:
Vous ne pouvez pas répondre aux sujets dans ce forum